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Yorodumi- PDB-2o0y: Crystal structure of putative transcriptional regulator RHA1_ro06... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o0y | ||||||
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Title | Crystal structure of putative transcriptional regulator RHA1_ro06953 (IclR-family) from Rhodococcus sp. | ||||||
Components | Transcriptional regulatorTranscriptional regulation | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / Iclr-Family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodococcus sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Chruszcz, M. / Wang, S. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Putative Transcriptional Regul 2 Rha1_Ro06953(Iclr-Family) from Rhodococcus Sp. Authors: Chruszcz, M. / Wang, S. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2o0y.cif.gz | 200.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2o0y.ent.gz | 163 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2o0y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/2o0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/2o0y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27944.258 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus sp. (bacteria) / Gene: RHA00472 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / References: UniProt: Q0S167 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: PEG3350 25%, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97904 Å |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97904 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 75273 / Num. obs: 73258 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 36 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 6874 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 91.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→36.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.304 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.16 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.931 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→36.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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