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万見
- PDB-1d28: CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF A DNA FRAGMENT: D(CGTGAATTCACG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d28
タイトルCRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF A DNA FRAGMENT: D(CGTGAATTCACG)
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / B-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Narayana, N. / Ginell, S.L. / Russu, I.M. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Crystal and molecular structure of a DNA fragment: d(CGTGAATTCACG).
著者: Narayana, N. / Ginell, S.L. / Russu, I.M. / Berman, H.M.
履歴
登録1990年12月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01992年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3252
ポリマ－7,3252
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.780, 40.850, 65.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER水11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4MGCL211
5SPERMINEスペルミン11
6WATER水12
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.22 mMDNA dodecamer1drop
230 mMsodium cacodylate1drop
315 mMmagnesium chloride1drop
42.0 mMspermine1drop
510 %(v/v)MPD1drop
622 %MPD1reservoir
71

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データ収集

回折平均測定温度: 183 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 2075 / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 56 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.0875

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.7→10 Å / σ(I): 2 /
Rfactor反射数
obs0.17 1532
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 0 85 571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d0.038
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.17 / Num. reflection obs: 1532
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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