+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cx4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A DELETION MUTANT OF THE TYPE II BETA REGULATORY SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE | ||||||
要素 | CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE REGULATORY SUBUNIT TYPE II BETACAMP-dependent pathway | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / BETA BARREL (Βバレル) / CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE (プロテインキナーゼA) / CAMP-BINDING / REGULATORY SUBUNIT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GPER1 signaling / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 ...GPER1 signaling / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / PKA activation / response to antipsychotic drug / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / fatty acid metabolic process / dendritic shaft / 学習 / regulation of protein phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / postsynapse / 樹状突起スパイン / protein domain specific binding / 中心体 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / 樹状突起 / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Diller, T.C. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Molecular basis for regulatory subunit diversity in cAMP-dependent protein kinase: crystal structure of the type II beta regulatory subunit. 著者: Diller, T.C. / Madhusudan / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. #1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2000 タイトル: Type II beta regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinase: purification strategies to optimize crystallization. 著者: Diller, T.C. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cx4.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cx4.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cx4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/1cx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/1cx4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34157.719 Da / 分子数: 1 / 断片: CAMP BINDING DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: INVITROGEN PRSET B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12369 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 % 解説: PROTEIN RESIDUES PRECEDING ARG 130 AND POSTERIOR TO VAL 413 IN THE AMINO ACID SEQUENCE ARE NOT INCLUDED IN THIS MODEL. ADDITIONALLY, LOOP REGION CONSISTING OF RESIDUES 326 LYS THROUGH 333 GLU ...解説: PROTEIN RESIDUES PRECEDING ARG 130 AND POSTERIOR TO VAL 413 IN THE AMINO ACID SEQUENCE ARE NOT INCLUDED IN THIS MODEL. ADDITIONALLY, LOOP REGION CONSISTING OF RESIDUES 326 LYS THROUGH 333 GLU WERE NOT TRACED IN ELECTRON DENSITY MAPS: NO PEPTIDE BOND EXISTS BETWEEN ARG 325 AND ASN 334 IN THIS STRUCTURAL MODEL. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.75 / 詳細: pH 7.75 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Diller, T.C., (2000) Protein Expression Purif., 20, 357. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300.3 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→25 Å / Num. obs: 21965 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.182 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.94 / % possible all: 97.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.45→23 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY EXISTED IN MAPS TO INCLUDE RESIDUE RANGES 112- 128, 326-333 AND 413-416.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.37 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→23 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|