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- PDB-1cwq: M INTERMEDIATE STRUCTURE OF THE WILD TYPE BACTERIORHODOPSIN IN CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cwq
タイトルM INTERMEDIATE STRUCTURE OF THE WILD TYPE BACTERIORHODOPSIN IN COMBINATION WITH THE GROUND STATE STRUCTURE
要素BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
キーワードION TRANSPORT / PHOTO CYCLE INTERMEDIATE / 7-HELICAL MEMBRANE PROTEIN / PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / RETINAL PROTEIN (レチナール)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘキサン / オクタン / レチナール / トリデカン / ウンデカン / バクテリオロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sass, H.J. / Berendzen, J. / Neff, D. / Gessenich, R. / Ormos, P. / Bueldt, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structural alterations for proton translocation in the M state of wild-type bacteriorhodopsin.
著者: Sass, H.J. / Buldt, G. / Gessenich, R. / Hehn, D. / Neff, D. / Schlesinger, R. / Berendzen, J. / Ormos, P.
履歴
登録1999年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年2月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.label_alt_id / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.label_alt_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_planes.label_alt_id / _pdbx_validate_torsion.label_alt_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02024年6月12日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.label_alt_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
B: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,56446
ポリマ－53,7772
非ポリマー5,78744
水2,774154
1
A: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
B: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
B: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
B: BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,693138
ポリマ－161,3316
非ポリマー17,362132
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.080, 61.080, 110.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE IN COMBINATION WITH GROUND STATE)


分子量: 26888.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SCHIFF BASE LINKAGE BETWEEN LYS 216 (NZ) AND RET 601 (C15) DIETHER LIPID BILAYER
由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性)
細胞内の位置: TRANSMEMBRANE膜貫通型タンパク質
発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945

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非ポリマー , 6種, 198分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#4: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#6: 化合物
ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ENTRY CONTAINS THE COORDINATES OF THE M INTERMEDIATE (CHAIN B + LIPID RESIDUES 1604-1624 AND ...THE ENTRY CONTAINS THE COORDINATES OF THE M INTERMEDIATE (CHAIN B + LIPID RESIDUES 1604-1624 AND WATERS 1710-1872) AND THE GROUND STATE STRUCTURE (CHAIN A + LIPID RESIDUES 604-624 AND WATERS 710-872). THE GROUND STATE MODEL WAS REFINED WITH AN OTHER CRYSTAL AND KEPT FIXED DURING THE REFINEMENT OF THE M INTERMEDIATE MODEL. THE CRYSTAL WAS EXCITED BY LIGHT SO THAT ABOUT 35% OF THE PROTEIN IS IN ONE CONFORMATION (CHAIN B) AND 65% IN THE OTHER (CHAIN A).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 解説: TWINNING OF 38%
結晶化pH: 5.6 / 詳細: CUBIC LIPID PHASE 2.5M PHOSPHATE, pH 5.60
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.6 / 手法: cubic lipid phase
詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.3 Msodium potassium Pi11
23.5 mg/mlprotein11
30.05 %methylpentandiol11
41.2 %beta-octylglycopyranoside11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.214
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.214 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 10792 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.16 Å2 / Rsym value: 8.2 / Net I/σ(I): 12.05
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 32.8 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→13 Å / 交差検証法: FREE R VALUE, MAXIMUM LIKELIHOOD / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE TWIN RATIO OF 0.38 WAS CONSTANT DURING THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 587 5.3 %SHELLS
Rwork0.167 ---
obs0.167 10756 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 138.6 Å2 / ksol: 0.264 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.907 Å20.123 Å20 Å2
2--0.907 Å20 Å2
3----1.814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3670 0 406 154 4230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0096
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.932.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 69 6.4 %
Rwork0.195 997 -
obs--99.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 13 Å / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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