+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cof | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | YEAST COFILIN, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM | ||||||
要素 | COFILINコフィリン | ||||||
キーワード | ACTIN-BINDING PROTEIN (アクチン結合タンパク質) / ACTIN-BINDING / CYTOSKELETON (細胞骨格) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin cortical patch / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament severing / actin filament depolymerization / actin filament organization / nuclear matrix / エンドサイトーシス / actin filament binding / マイクロフィラメント / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Drubin, D.G. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure determination of yeast cofilin. 著者: Fedorov, A.A. / Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Drubin, D.G. / Almo, S.C. #1: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1995 タイトル: The Adf/Cofilin Proteins: Stimulus-Responsive Modulators of Actin Dynamics 著者: Moon, A. / Drubin, D.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cof.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cof.ent.gz | 26.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cof.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1cof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1cof | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15919.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03048 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
---|---|
結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 4000 SOLUTION., pH 7.2 |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 7 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 20-30 % / 一般名: PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→26.2 Å / Num. obs: 6330 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.33 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.067 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 詳細: N-TERMINAL RESIDUES 1 - 5 AND C-TERMINAL RESIDUES 141 - 143 ARE NOT VISIBLE IN THE MAPS. LOOP 73 - 78 HAS WEAK ELECTRON DENSITY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|