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- PDB-1cne: STRUCTURAL STUDIES ON CORN NITRATE REDUCTASE: REFINED STRUCTURE O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cne
タイトルSTRUCTURAL STUDIES ON CORN NITRATE REDUCTASE: REFINED STRUCTURE OF THE CYTOCHROME B REDUCTASE FRAGMENT AT 2.5 ANGSTROMS, ITS ADP COMPLEX AND AN ACTIVE SITE MUTANT AND MODELING OF THE CYTOCHROME B DOMAIN
要素NITRATE REDUCTASE硝酸レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITROGENOUS ACCEPTOR / NITRATE ASSIMILATING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


硝酸レダクターゼ (NADH) / nitrate reductase (NADH) activity / molybdenum ion binding / nitrate assimilation / nitric oxide biosynthetic process / FAD binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
NADH:cytochrome b5 reductase-like / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain ...NADH:cytochrome b5 reductase-like / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Immunoglobulin E-set / Βバレル / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / Nitrate reductase [NADH] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lu, G. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structural studies on corn nitrate reductase: refined structure of the cytochrome b reductase fragment at 2.5 A, its ADP complex and an active-site mutant and modeling of the cytochrome b domain.
著者: Lu, G. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Dwivedi, U. / Campbell, W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: A Method for Processing Diffraction Data from Twinned Crystals and its Application in the Structure Determination of a Fad(Slash)Nadh Binding Fragment of Nitrate Reductase
著者: Lu, G. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Fad Containing Fragment of Corn Nitrate Reductase at 2.5 Angstroms Resolution: Relationship to Other Flavoprotein Reductase
著者: Lu, G. / Campbell, W. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of the Fad Domain of Corn Nadh:Nitrate Reductase
著者: Lu, G. / Campbell, W. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
履歴
登録1995年2月1日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3602
ポリマ－30,5741
非ポリマー7861
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.200, 145.200, 47.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 115 / 2: CIS PROLINE - PRO 163

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要素

#1: タンパク質 NITRATE REDUCTASE / 硝酸レダクターゼ


分子量: 30574.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P17571, EC: 1.6.6.1
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 5737 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 冗長度: 2.3 % / Num. measured all: 13089 / Rmerge(I) obs: 0.101

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs0.19 8225
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2074 0 53 0 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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