+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cmt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE ROLE OF ASPARTATE-235 IN THE BINDING OF CATIONS TO AN ARTIFICIAL CAVITY AT THE RADICAL SITE OF CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
要素 | CYTOCHROME C PEROXIDASEシトクロムcペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (H2O2(A)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Fitzgerald, M.M. / Trester, M.L. / Jensen, G.M. / Mcree, D.E. / Goodin, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: The role of aspartate-235 in the binding of cations to an artificial cavity at the radical site of cytochrome c peroxidase. 著者: Fitzgerald, M.M. / Trester, M.L. / Jensen, G.M. / McRee, D.E. / Goodin, D.B. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Small Molecule Binding to an Artificially Created Cavity at the Active Site of Cytochrome C Peroxidase 著者: Fitzgerald, M.M. / Churchill, M.J. / Mcree, D.E. / Goodin, D.B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: The Asp-His-Fe Triad of Cytochrome C Peroxidase Controls the Reduction Potential, Electronic Structure, and Coupling of the Tryptophan Free Radical to the Heme 著者: Goodin, D.B. / Mcree, D.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cmt.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cmt.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cmt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/1cmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/1cmt | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33458.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P00431, シトクロムcペルオキシダーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.92 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Wang, J.M., (1990) Biochemistry, 29, 7160. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 23952 / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 60429 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.1→5 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|