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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cjw | ||||||
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タイトル | SEROTONIN N-ACETYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH A BISUBSTRATE ANALOG | ||||||
要素 | PROTEIN (SEROTONIN N-ACETYLTRANSFERASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / N-ACETYL TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aralkylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / melatonin biosynthetic process / N-terminal protein amino acid acetylation / cellular response to cAMP / 概日リズム / perinuclear region of cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hickman, A.B. / Namboodiri, M.A.A. / Klein, D.C. / Dyda, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: The structural basis of ordered substrate binding by serotonin N-acetyltransferase: enzyme complex at 1.8 A resolution with a bisubstrate analog. 著者: Hickman, A.B. / Namboodiri, M.A. / Klein, D.C. / Dyda, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cjw.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cjw.ent.gz | 37.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cjw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/1cjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/1cjw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1b6bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18634.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29495 |
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#2: 化合物 | ChemComp-COT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 34.9 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 15197 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 11 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 96003 / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1B6B 解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rfree: 0.231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |