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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1chi | |||||||||
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タイトル | STRUCTURAL STUDIES OF THE ROLES OF RESIDUES 82 AND 85 AT THE INTERACTIVE FACE OF CYTOCHROME C | |||||||||
要素 | CYTOCHROME Cシトクロムc | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT(HEME PROTEIN) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Lo, T.P. / Brayer, G.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Structural studies of the roles of residues 82 and 85 at the interactive face of cytochrome c. 著者: Lo, T.P. / Guillemette, J.G. / Louie, G.V. / Smith, M. / Brayer, G.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Oxidation State-Dependent Conformational Changes in Cytochrome C 著者: Berghuis, A.M. / Brayer, G.D. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: High-Resolution Refinement of Yeast Iso-1-Cytochrome C and Comparisons with Other Eukaryotic Cytochromes C 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: A Polypeptide Chain-Refolding Event Occurs in the Gly82 Variant of Yeast Iso-1-Cytochrome C 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystallization of Yeast Iso-2-Cytochrome C Using a Novel Hair Seeding Technique 著者: Leung, C.J. / Nall, B.T. / Brayer, G.D. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Yeast Iso-1-Cytochrome C. A 2.8 Angstrom Resolution Three-Dimensional Structure Determination 著者: Louie, G.V. / Hutcheon, W.L.B. / Brayer, G.D. #6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988 タイトル: Role of Phenylalanine-82 in Yeast Iso-1-Cytochrome C and Remote Conformational Changes Induced by a Serine Residue at This Position 著者: Louie, G.V. / Pielak, G.J. / Smith, M. / Brayer, G.D. | |||||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX THE END OF THE 50 HELIX (RESIDUE 55) IS DISTORTED. | |||||||||
Remark 700 | SHEET RESIDUES IN SHEET S1 FORM A HIGHLY DISTORTED BETA TYPE CONFORMATION. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1chi.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1chi.ent.gz | 25.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1chi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/1chi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/1chi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE HEME GROUP IS COVALENTLY ATTACHED TO THE PROTEIN VIA THIOETHER BONDS FROM THE SG ATOMS OF CYS 14 AND CYS 17, TO THE CAB AND CAC HEME ATOMS, RESPECTIVELY. 2: RESIDUE LYS 72 IS TRIMETHYLATED AT THE AMINO END OF ITS SIDE CHAIN. RESIDUE 72 IS EPSILON-N-TRIMETHYLLYSINE. THE THREE METHYL CARBONS FOR THIS RESIDUE ARE PRESENT AS HETATMS WITH RESIDUE NAME TML ...2: RESIDUE LYS 72 IS TRIMETHYLATED AT THE AMINO END OF ITS SIDE CHAIN. RESIDUE 72 IS EPSILON-N-TRIMETHYLLYSINE. THE THREE METHYL CARBONS FOR THIS RESIDUE ARE PRESENT AS HETATMS WITH RESIDUE NAME TML (FOLLOWING THE HEME). RESIDUE 72 IS IDENTIFIED AS LYS ON THE ATOM AND SEQRES RECORDS. 3: RESIDUES MET 80 AND HIS 18 FORM HEME IRON LIGAND BONDS. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12087.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P00044 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THIS PROTEIN HAS BEEN STABILIZED FOR ANALYSES BY THE MUTATION OF CYSTEINE 102 TO A THREONINE ...THIS PROTEIN HAS BEEN STABILIZED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.98 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. measured all: 6823 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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