+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / PROTEIN-DNA INTERACTION (DNA結合タンパク質) / PROTEIN STABILITY (フォールディング) / HYPERTHERMOPHILE (超好熱菌) / ACHAEABACTERIA / ELECTROSTATICS (静電気学) / MOLECULAR MODELING / T-G MISMATCH / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Su, S. / Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Liaw, Y.-C. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of the chromosomal proteins Sso7d/Sac7d bound to DNA containing T-G mismatched base-pairs. 著者: Su, S. / Gao, Y.G. / Robinson, H. / Liaw, Y.C. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c8c.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1c8c.ent.gz | 33.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8c | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2442.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | | 分子量: 7236.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 1617, #1616 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: P39476 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3MM SSO7D, 1.3MM DUPLEX DNA, 2.5 MM TRIS (PH 6.5), 2.5% PEG 400, EQUILIBRATED AGAINST 15% PEG 400 at pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→20 Å / Num. obs: 14498 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 1.52 Å / % possible obs: 63 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AZP 解像度: 1.45→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→8 Å
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 4 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.229 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|