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- PDB-1c4q: MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (F30A/W34A) COMPLEXED WITH REC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c4q
タイトルMUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (F30A/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE
要素PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B)
キーワードTOXIN (毒素) / RECEPTOR BINDING (受容体) / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of host virulence by virus / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shiga-like toxin 1 subunit B / Shiga-like toxin 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Ling, H. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Identification of the Primary Receptor Binding Site of Shiga-Like Toxin B Subunits: Structures of Mutated Shiga-Like Toxin I B-Pentamer with and without Bound Carbohydrate
著者: Ling, H. / Bast, D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure of the Shiga-Like Toxin I B-Pentamer Complexed with an Analogue of its Receptor Gb3
著者: Ling, H. / La Boodhoo, J. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
履歴
登録1999年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.52018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B)
B: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B)
C: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B)
D: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B)
E: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,05910
ポリマ－37,5375
非ポリマー2,5225
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10890 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.269, 44.165, 54.007
Angle α, β, γ (deg.)106.24, 106.69, 98.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.339709, -0.926657, -0.160949), (0.931875, 0.308455, 0.190956), (-0.127306, -0.214854, 0.968314)29.116, -39.9257, 4.8519
2given(-0.663922, -0.59307, -0.455496), (0.615463, -0.779338, 0.117636), (-0.424751, -0.20224, 0.882432)73.4746, -26.8361, 18.2715
3given(-0.643159, 0.561526, -0.520611), (-0.582412, -0.800127, -0.143503), (-0.497135, 0.210914, 0.841648)72.8158, 25.0657, 20.7311
4given(0.329328, 0.936505, -0.120421), (-0.930738, 0.300504, -0.208384), (-0.158966, 0.180707, 0.970605)28.1841, 40.248, 7.868

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B)


分子量: 7507.405 Da / 分子数: 5 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 変異: F30A, W34A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08027, UniProt: P69179*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→38.7 Å / Num. obs: 54074 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056
反射 シェル最高解像度: 1.52 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
CNS0.3D精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BOS

1bos


解像度: 1.52→38.7 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1164 2.1 %THIN SHELLS
Rwork0.17 ---
obs0.17 54074 96.7 %-
溶媒の処理Bsol: 30.5 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.034 Å20.906 Å23.008 Å2
2---1.173 Å22.035 Å2
3---0.139 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→38.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 170 389 3232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.8321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.3452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0522.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.54 Å / Total num. of bins used: 23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 241 1.3 %
Rwork0.301 1771 -
obs--82.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.CHOTOPH19.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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