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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c1c | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH TNK-6123 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hopkins, A.L. / Ren, J. / Tanaka, H. / Baba, M. / Okamato, M. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design of MKC-442 (emivirine) analogues with improved activity against drug-resistant HIV mutants. 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Tanaka, H. / Baba, M. / Okamato, M. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #1: ![]() タイトル: Crystallographic Analysis of the Binding Modes of Thiazoloisoindolinone non-nucleoside Inhibitors to HIV-1 Reverse Transcriptase and Comparison with Modelling Studies 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #2: ![]() タイトル: Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Warren, J. / Balzarini, J. / Stuart, D.I. #3: ![]() タイトル: 3'-azido-3'-deoxythymidine drug resistance mutations in HIV-1 reverse transcriptase can induce long range conformational changes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Jones, E.Y. / Kirby, I. / Keeling, J. / Ross, C.K. / Larder, B.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #4: ![]() タイトル: Continuous and discontinuous changes in the unit cell of HIV-1 reverse transcriptase crystals on dehydration 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Garman, E. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #5: ![]() タイトル: Unique features in the structure of the complex between HIV-1 reverse transcriptase and the bis(heteroaryl)piperazine (BHAP) U-90152 explain resistance mutations for this non-nucleoside inhibitor 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #6: ![]() タイトル: Complexes of HIV-1 reverse transcriptase with inhibitors of the HEPT series reveal conformational changes relevant to the design of potent non-nucleoside inhibitors 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Willcox, B.E. / Jones, E.Y. / Ross, C.K. / Miyasaka, T. / Walker, R.T. / Tanaka, H. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #7: ![]() タイトル: The structure of HIV-1 reverse transcriptase complexed with 9-chloro-TIBO: lessons for inhibitor design 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #8: ![]() タイトル: High Resolution Structures of HIV-1 RT From Four RT-inhibitor Complexes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #9: ![]() タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #10: ![]() タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 Angstrom Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64594.949 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 属: Lentivirus ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 属: Lentivirus ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-612 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: SEE REFERENCE 10, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 詳細: Stammers, D.K., (1994) J.Mol.Biol., 242, 586. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 35239 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / % possible all: 77.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 99833 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80 % / Num. unique obs: 3319 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4 |