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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c0t | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH BM+21.1326 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / NON-NUCLEOSIDE INHIBITOR / DRUG DESIGN (医薬品設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / ウイルスのライフサイクル / : / : / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Crystallographic analysis of the binding modes of thiazoloisoindolinone non-nucleoside inhibitors to HIV-1 reverse transcriptase and comparison with modeling studies. 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Warren, J. / Balzarini, J. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: 3'-azido-3'-deoxythymidine drug resistance mutations in HIV-1 reverse transcriptase can induce long range conformational changes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Jones, E.Y. / Kirby, I. / Keeling, J. / Ross, C.K. / Larder, B.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Continuous and discontinuous changes in the unit cell of HIV-1 reverse transcriptase crystals on dehydration 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Garman, E. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Unique features in the structure of the complex between HIV-1 reverse transcriptase and the bis(heteroaryl)piperazine (BHAP) U-90152 explain resistance mutations for this non-nucleoside inhibitor 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #5: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: Complexes of HIV-1 reverse transcriptase with inhibitors of the HEPT series reveal conformational changes relevant to the design of potent non-nucleoside inhibitors 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Willcox, B.E. / Jones, E.Y. / Ross, C.K. / Miyasaka, T. / Walker, R.T. / Tanaka, H. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #6: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The structure of HIV-1 reverse transcriptase complexed with 9-chloro-TIBO: lessons for inhibitor design 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #7: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: High Resolution Structures of HIV-1 RT From Four RT-inhibitor Complexes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #8: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 Angstrom Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c0t.cif.gz | 185.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c0t.ent.gz | 153.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c0t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64594.949 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: HXB2 / プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: HXB2 / プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
#3: 化合物 | ChemComp-BM1 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: see reference 9, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 詳細: Stammers, D.K., (1994) J.Mol.Biol., 242, 586. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.995 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.995 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 26072 / % possible obs: 81.2 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / % possible all: 64.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 64045 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Due to the low ratio between the number of reflections and the number of parameters to be refined, positional restraints were applied to all atoms distant from the NNRTI-binding site (defined ...詳細: Due to the low ratio between the number of reflections and the number of parameters to be refined, positional restraints were applied to all atoms distant from the NNRTI-binding site (defined as greater than 25 anstrom from the CA atom of residue 188) throughout the refinement.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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