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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bxx | ||||||
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タイトル | MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH TGN38 INTERNALIZATION PEPTIDE DYQRLN | ||||||
要素 |
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キーワード | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / ENDOCYTOSIS / ADAPTOR / PEPTIDE COMPLEX / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex ...Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / signal sequence binding / negative regulation of protein localization to plasma membrane / low-density lipoprotein particle receptor binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / clathrin-coated pit / intracellular protein transport / terminal bouton / receptor internalization / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / transmembrane transporter binding / postsynapse / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Owen, D.J. / Evans, P.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: A structural explanation for the recognition of tyrosine-based endocytotic signals. 著者: Owen, D.J. / Evans, P.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bxx.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bxx.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bxx_validation.pdf.gz | 429.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bxx_full_validation.pdf.gz | 437.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bxx_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bxx_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32758.363 Da / 分子数: 1 / 断片: INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE FIRST SEVEN RESIDUES OF THE POLYMER MAKE UP A HIS-TAG 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PMW172H6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): AP50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P84092 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 808.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: HEXAPEPTIDE INTERNALISATION SIGNAL MOTIF FROM TGN38 DYQRLN 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.3 % / 解説: ISOMORPHOUS TO 1BW8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1, vapor diffusion - hanging drop, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.877 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月12日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.877 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→22 Å / Num. obs: 18413 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.9999999 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.99999 / % possible all: 99.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BW8 解像度: 2.7→22 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.32
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原子変位パラメータ | Biso mean: 78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→22 Å
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拘束条件 |
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