+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bx0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ferredoxin:nadp+ oxidoreductase (ferredoxin reductase) mutant e312l | ||||||
要素 | PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ OXIDOREDUCTASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid membrane protein complex / フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADPH dehydrogenase activity / 葉緑体 / 光合成 / 電子伝達系 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Aliverti, A. / Deng, Z. / Ravasi, D. / Piubelli, L. / Karplus, P.A. / Zanetti, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Probing the function of the invariant glutamyl residue 312 in spinach ferredoxin-NADP+ reductase. 著者: Aliverti, A. / Deng, Z. / Ravasi, D. / Piubelli, L. / Karplus, P.A. / Zanetti, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bx0.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1bx0.ent.gz | 57.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bx0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bx0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35413.785 Da / 分子数: 1 / 変異: E312L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 器官: LEAF / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RRIDM15 参照: UniProt: P00455, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop is produced by a 1:1(v/v) mixture of the stored FNR stock with a reservoir | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 27690 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 115494 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.375 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: PDB ENTRY 1FNB 解像度: 1.9→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|