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- PDB-1bls: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PHOSPHONATE DERIVATIVE OF THE ENT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bls
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PHOSPHONATE DERIVATIVE OF THE ENTEROBACTER CLOACAE P99 CEPHALOSPORINASE: MECHANISTIC INTERPRETATION OF A BETA-LACTAMASE TRANSITION STATE ANALOG
要素BETA-LACTAMASEΒ-ラクタマーゼ
キーワードHYDROLASE (ACTING IN CYCLIC AMIDES)
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Β-ラクタマーゼ / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(P-IODOPHENYLACETYLAMINO)METHYLPHOSPHINIC ACID / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Knox, J.R. / Moews, P.C. / Lobkovsky, E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystallographic structure of a phosphonate derivative of the Enterobacter cloacae P99 cephalosporinase: mechanistic interpretation of a beta-lactamase transition-state analog.
著者: Lobkovsky, E. / Billings, E.M. / Moews, P.C. / Rahil, J. / Pratt, R.F. / Knox, J.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Evolution of an Enzyme Activity: Crystallographic Structure at 2 Angstroms Resolution of the Cephalosporinase from the Ampc Gene of Enterobacter Cloacae P99 and Comparison with a Class a Penicillinase
著者: Lobkovsky, E. / Moews, P.C. / Liu, H. / Zhao, H. / Frere, J.M. / Knox, J.R.
履歴
登録1993年12月17日-
改定 1.01995年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2184
ポリマ－78,5402
非ポリマー6782
水14,214789
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6092
ポリマ－39,2701
非ポリマー3391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6092
ポリマ－39,2701
非ポリマー3391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.500, 83.470, 95.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999993, -0.000825, -0.003734), (0.000865, -0.999943, -0.010627), (-0.003725, -0.01063, 0.999937)
ベクター: 23.3541, 56.1404, 0.9756)
詳細THE *MTRIX* RECORDS BELOW MAY BE USED TO GENERATE APPROXIMATE COORDINATES OF MOLECULE B WHEN APPLIED TO MOLECULE A.

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / Β-ラクタマーゼ


分子量: 39269.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ)
参照: UniProt: P05364, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物 ChemComp-IPP / (P-IODOPHENYLACETYLAMINO)METHYLPHOSPHINIC ACID


分子量: 339.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11INO3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TURN INFORMATION IS EASILY OBTAINED USING THE DSSP ANALYSIS PROGRAM BY KABSCH AND SANDER, ...TURN INFORMATION IS EASILY OBTAINED USING THE DSSP ANALYSIS PROGRAM BY KABSCH AND SANDER, BIOPOLYMERS 22, 2577 (1983).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
250 mMsodium cacodylate11
1PEG800011

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
Num. obs: 28780 / % possible obs: 91 % / Num. measured all: 82494 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.32 Å / 最低解像度: 2.47 Å / % possible obs: 76 % / Num. unique obs: 7904 / Rmerge(I) obs: 0.158

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→8 Å /
Rfactor反射数
obs0.192 27532
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5502 0 50 789 6341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rwork: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.040.017
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.113
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it31.3
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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