+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b8x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FUSED WITH THE NUCLEAR MATRIX TARGETING SIGNAL OF THE TRANSCRIPTION FACTOR AML-1 | ||||||
要素 | PROTEIN (AML-1B) | ||||||
キーワード | SIGNAL PROTEIN (信号 (電気工学)) / NUCLEAR MATRIX TARGETING SIGNAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, L. / Guo, B. / Van Wijnen, A.J. / Lian, J.B. / Stein, J.L. / Stein, G.S. / Zhou, G.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Preliminary crystallographic study of glutathione S-transferase fused with the nuclear matrix targeting signal of the transcription factor AML-1/CBF-alpha2. 著者: Tang, L. / Guo, B. / van Wijnen, A.J. / Lian, J.B. / Stein, J.L. / Stein, G.S. / Zhou, G.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b8x.cif.gz | 62.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1b8x.ent.gz | 45.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b8x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b8x | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1gneS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32124.119 Da / 分子数: 1 / 断片: NMTS FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08515 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 85 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→15 Å / Num. obs: 7449 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rsym value: 11 / Net I/σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 25 / % possible all: 87.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.5 % / Rmerge(I) obs: 0.25 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GNE 解像度: 2.7→6 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.81 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.27 |