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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b7d | ||||||
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タイトル | NEUROTOXIN (TS1) FROM BRAZILIAN SCORPION TITYUS SERRULATUS | ||||||
要素 | PROTEIN (NEUROTOXIN TS1) | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / LONG-CHAIN NEUROTOXIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel inhibitor activity / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Tityus serrulatus (サソリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Polikarpov, I. / Sanches Jr., M.S. / Marangoni, S. / Toyama, M.H. / Teplyakov, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of neurotoxin Ts1 from Tityus serrulatus provides insights into the specificity and toxicity of scorpion toxins. 著者: Polikarpov, I. / Junior, M.S. / Marangoni, S. / Toyama, M.H. / Teplyakov, A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Crystallisation and Preliminary Diffraction Data of Neurotoxin Ts-Gamma from the Venom of Scorpion Tityus Serrulatus 著者: Golubev, A.M. / Lee, W.H. / Marangoni, S. / Novello, J.C. / Oliveira, B. / Toyama, M.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b7d.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b7d.ent.gz | 15.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ahoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6901.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tityus serrulatus (サソリ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P15226 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.84 % 解説: DIFFRACTION DATA HAVE BEEN COLLECTED AT THE LABORATORIO NACIONAL DE LUZ SINCROTRON (LNLS), CAMPINAS, BRAZIL | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.01ml protein solution was mixed with 0.005ml reservoir PH range low: 6.5 / PH range high: 5.2 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.37 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: CYLINDRICAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI BENT SINGLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.37 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→13 Å / Num. obs: 5149 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 81.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 13402 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.6 % / Rmerge(I) obs: 0.26 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AHO 解像度: 1.73→13 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→13 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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