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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b59 | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 COMPLEXED WITH OVALICIN | ||||||
要素 | PROTEIN (METHIONINE AMINOPEPTIDASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ANGIOGENESIS INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. / Clardy, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with fumagillin. 著者: Liu, S. / Widom, J. / Kemp, C.W. / Crews, C.M. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b59.cif.gz | 89.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b59.ent.gz | 65.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b59.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b59 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41453.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OVALICIN COVALENTLY LINKED TO HIS 231 NE2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: PROTEIN WAS EXPRESSED IN SF21 INSECT CELLS.. BACULOVIRUS PACSG2 VECTOR 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 属 (発現宿主): Nucleopolyhedrovirus / 細胞株 (発現宿主): SF21 / 発現宿主: Spodoptera frugiperda MNPV (ウイルス) / 株 (発現宿主): SF21 参照: UniProt: P50579, メチオニルアミノペプチダーゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OVA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | pH: 5.4 / 詳細: 15-30% T-BUTANOL, 50MM CITRATE BUFFER PH=5.2-5.4 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 40120 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 97.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BN5 解像度: 1.8→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 2190766.89 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.762 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.303 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.234 |