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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b3j | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE MHC CLASS I HOMOLOG MIC-A, A GAMMADELTA T CELL LIGAND | |||||||||
要素 | MHC CLASS I HOMOLOG MIC-A | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / HC I HOMOLOG / HUMAN MICA (雲母) / MICA (雲母) / IMMUNOLOGY (免疫学) / MHC / GAMMA-DELTA-TCR / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / SIGNA IMMUNOGLOBULIN FOLD / T-CELL (T細胞) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immune response to tumor cell / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / gamma-delta T cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity ...immune response to tumor cell / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / gamma-delta T cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to heat / defense response to virus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / 免疫応答 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / DNA damage response / 細胞膜 / extracellular space / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, P. / Willie, S. / Bauer, S. / Morris, D. / Spies, T. / Strong, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the MHC class I homolog MIC-A, a gammadelta T cell ligand. 著者: Li, P. / Willie, S.T. / Bauer, S. / Morris, D.L. / Spies, T. / Strong, R.K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Expression, Purification, Crystallization and Cryst Graphic Charatterization of the Human Mhc Class I R Protein Mica 著者: Bauer, S. / Willie, S.T. / Spies, T. / Strong, R.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b3j.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b3j.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b3j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b3j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31600.236 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 1 - 274 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: EXTRACELLULARGlossary of biology / 遺伝子: MICA-001 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 遺伝子 (発現宿主): MICA-001 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: GenBank: 1708676, UniProt: Q29983*PLUS |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25 Å / Num. obs: 15536 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 70.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 19368 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 130489 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED BULK SOLVENT MODELING. METHOD USED: FLAT MODEL KSOL: 0.30 BSOL: 50.0 (A**2)
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溶媒の処理 | Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. reflection obs: 18416 / Rfactor obs: 0.253 / Rfactor Rfree: 0.293 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS |