+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mc8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | POTRA1-3 of the periplasmic domain of Omp85 from Anabaena | ||||||
Components | Alr2269 protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Polypeptide transport associated / POTRA / outer bacterial membrane / protein membrane transport / beta barrel biogenesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Nostoc sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.59 Å | ||||||
Authors | Koenig, P. / Schleiff, E. / Sinning, I. / Tews, I. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010 Title: Conserved properties of polypeptide transport-associated (POTRA) domains derived from cyanobacterial Omp85. Authors: Koenig, P. / Mirus, O. / Haarmann, R. / Sommer, M.S. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mc8.cif.gz | 114.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3mc8.ent.gz | 89.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mc8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mc8 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 34722.551 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Periplasmic POTRA domains (residues 161-467) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nostoc sp. (bacteria) / Strain: PCC 7120 / Gene: alr2269 / Plasmid: pET24a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8YUR6 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.98 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris buffer, 0.8 M Na/K Tartrate, 0.5% PEG-MME 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| ||||||||||||||||||
Detector |
| ||||||||||||||||||
Radiation |
| ||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→50 Å / Num. obs: 15133 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -4 / Redundancy: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 77.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 26.4 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.59→2.65 Å / Redundancy: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: SELENOMETHIONINE SAD PHASED MUTANT (F291M), FOLLOWED BY MR INTO NATIVE DATA. Resolution: 2.59→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 21.572 / SU ML: 0.207 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.28 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.82 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|