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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1all | ||||||
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タイトル | ALLOPHYCOCYANIN | ||||||
要素 | (ALLOPHYCOCYANIN) x 2 | ||||||
キーワード | LIGHT-HARVESTING PROTEIN / PHYCOBILIPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arthrospira platensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Brejc, K. / Ficner, R. / Huber, R. / Steinbacher, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Isolation, crystallization, crystal structure analysis and refinement of allophycocyanin from the cyanobacterium Spirulina platensis at 2.3 A resolution. 著者: Brejc, K. / Ficner, R. / Huber, R. / Steinbacher, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1all.cif.gz | 76.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1all.ent.gz | 56.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1all.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1all ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1all | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17107.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHROMOPHORE PHYCOCYANOBILIN / 由来: (天然) Arthrospira platensis (バクテリア) / 参照: UniProt: P72504 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 17273.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHROMOPHORE PHYCOCYANOBILIN / 由来: (天然) Arthrospira platensis (バクテリア) / 参照: UniProt: P72505 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 268 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→999 Å / Num. obs: 17566 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.022 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 68.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 177454 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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