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万見
- PDB-1aio: CRYSTAL STRUCTURE OF A DOUBLE-STRANDED DNA CONTAINING THE MAJOR A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aio
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DOUBLE-STRANDED DNA CONTAINING THE MAJOR ADDUCT OF THE ANTICANCER DRUG CISPLATIN
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*(BRU)P*CP*TP*[PT(NH3)2(GP*GP)]*TP*CP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED
機能・相同性シスプラチン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Takahara, P.M. / Rosenzweig, A.C. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of double-stranded DNA containing the major adduct of the anticancer drug cisplatin.
著者: Takahara, P.M. / Rosenzweig, A.C. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Anticancer Drug Cisplatin Bound to Duplex DNA
著者: Takahara, P.M. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J.
履歴
登録1997年4月23日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え1997年5月15日ID: 1GPG
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*(BRU)P*CP*TP*[PT(NH3)2(GP*GP)]*TP*CP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*(BRU)P*CP*TP*[PT(NH3)2(GP*GP)]*TP*CP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3836
ポリマ－14,7834
非ポリマー6002
水1,11762
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*(BRU)P*CP*TP*[PT(NH3)2(GP*GP)]*TP*CP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6923
ポリマ－7,3922
非ポリマー3001
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*CP*(BRU)P*CP*TP*[PT(NH3)2(GP*GP)]*TP*CP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6923
ポリマ－7,3922
非ポリマー3001
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.270, 35.460, 47.010
Angle α, β, γ (deg.)79.81, 84.75, 82.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*(BRU)P*CP*TP*[PT(NH3)2(GP*GP)]*TP*CP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3630.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 3761.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#3: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum / シスプラチン


分子量: 300.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER水11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4MGCL211
5[CO(NH3)6]CL311
6WATER水12
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 mMDNA1drop
252 mMcacodylate acid1drop
315 mM1dropMgCl2
46 mM1drop[Co(NH3)6]Cl3
53 %MPD1drop
65 %MPD1reservoir
71

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→8 Å / Num. obs: 5797 / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 579 10 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 5797 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 972 6 62 1040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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