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- PDB-1ag1: MONOHYDROGEN PHOSPHATE BINDING TO TRYPANOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE IS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ag1
タイトルMONOHYDROGEN PHOSPHATE BINDING TO TRYPANOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASEトリオースリン酸イソメラーゼ
キーワードISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) / ISOMERASE (INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / 糖新生 / glycolytic process / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase superfamily / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase superfamily / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991
タイトル: Anion binding at the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase. Monohydrogen phosphate does not mimic sulphate.
著者: Verlinde, C.L. / Noble, M.E. / Kalk, K.H. / Groendijk, H. / Wierenga, R.K. / Hol, W.G.
履歴
登録1997年3月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
T: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8273
ポリマ－53,7322
非ポリマー951
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.840, 97.600, 46.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / トリオースリン酸イソメラーゼ


分子量: 26865.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / Organelle: GLYCOSOME
参照: UniProt: P04789, トリオースリン酸イソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化pH: 7
詳細: 2.4 M AMMONIUM SULFATE IN 0.2 MOPS BUFFER, PH 7.0 FOLLOWED BY TRANSFER TO 44% PEG-6000 CONTAINING 15 MM PHOSPHATE
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wierenga, R.K., (1984) J. Mol. Biol., 178, 487.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.5 mg/mltriosephosphate isomerase1drop
260 %ammonium sulfate1drop
31 mMEDTA1drop
40.2 MMOPS1drop
51 mMdithiothreitol1drop
61 mMsodium azide1drop
760 %ammonium sulphate1reservoir
80.9 Mammonium sulphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990年3月1日 / 詳細: STANDARD
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.36 Å / Num. obs: 17592 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ISOMORPHOUS- NO NEED FOR SOFTWAREモデル構築
TNT5C精密化
MADNESデータ削減
BIOMOLデータスケーリング
ISOMORPHOUS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6TIM

6tim


解像度: 2.36→6 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数
Rwork0.15 -
obs-17592
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3766 0 5 156 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5C / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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