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万見
- PDB-1aa2: CALPONIN HOMOLOGY (CH) DOMAIN FROM HUMAN BETA-SPECTRIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aa2
タイトルCALPONIN HOMOLOGY (CH) DOMAIN FROM HUMAN BETA-SPECTRIN
要素BETA-SPECTRIN
キーワードCYTOSKELETON (細胞骨格) / SPECTRIN (スペクトリン) / F-ACTIN CROSS-LINKING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of SMAD protein signal transduction / membrane assembly / central nervous system formation / cuticular plate / スペクトリン / spectrin-associated cytoskeleton / plasma membrane organization / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament capping / M band ...regulation of SMAD protein signal transduction / membrane assembly / central nervous system formation / cuticular plate / スペクトリン / spectrin-associated cytoskeleton / plasma membrane organization / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament capping / M band / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / Nephrin family interactions / ankyrin binding / RHOV GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton / RHOU GTPase cycle / mitotic cytokinesis / axolemma / regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / Signaling by FLT3 fusion proteins / positive regulation of interleukin-2 production / NCAM signaling for neurite out-growth / central nervous system development / cell projection / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / phospholipid binding / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / GTPase binding / 細胞結合 / actin binding / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / postsynaptic density / calmodulin binding / cadherin binding / glutamatergic synapse / 核小体 / RNA binding / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin homology domain, spectrin-type / Pleckstrin homology domain 9 / Pleckstrin homology domain / Spectrin, beta subunit / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Actinin-type actin-binding domain signature 1. ...Pleckstrin homology domain, spectrin-type / Pleckstrin homology domain 9 / Pleckstrin homology domain / Spectrin, beta subunit / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin beta chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Djinovic Carugo, K. / Banuelos, S. / Saraste, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a calponin homology domain.
著者: Djinovic Carugo, K. / Banuelos, S. / Saraste, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Identification of a Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate-Binding Site in Chicken Skeletal Muscle Alpha-Actinin
著者: Fukami, K. / Sawada, N. / Endo, T. / Takenawa, T.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Does Vav Bind to F-Actin Through a Ch Domain?
著者: Castresana, J. / Saraste, M.
#3: ジャーナル: Protein Profile / 年: 1994
タイトル: Actin-Binding Proteins 1: Spectrin Superfamily
著者: Hartwig, J.H.
履歴
登録1997年1月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SPECTRIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5861
ポリマ－12,5861
非ポリマー00
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.471, 53.685, 32.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BETA-SPECTRIN / CALPONIN HOMOLOGY (CH) DOMAIN


分子量: 12586.320 Da / 分子数: 1 / 断片: F-ACTIN BINDING DOMAIN RESIDUES 173 - 281 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Organelle: NON-ERYTHROCYTE / プラスミド: PBAT4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01082
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化pH: 6.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 8000, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.6
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlCH domain1drop
220 mMsodium phosphate1drop
325 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
51 mM1dropNaN3
60.1 Msodium cacodylate1reservoir
70.2 Msodium acetate1reservoir
830 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: NO OPTICS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→14 Å / Num. obs: 6859 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 27400

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→14 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO / 詳細: THE REPORTED RMS VALUES ARE UNWEIGHTED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 506 7.5 %RANDOM
all0.16 6831 --
obs0.16 6831 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER (1975) J. MOL. BIOL. 91, 201-228.
Bsol: 83.74 Å2 / ksol: 0.754 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数887 0 0 130 1017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01918242.4
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.05924642.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d24.11410500
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.009466
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0162588
X-RAY DIFFRACTIONt_it7.6099124
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0452820
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5EA / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.16 / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0096
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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