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- PDB-156d: REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE DIMERIC QUADRUPLEX FORMED FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 156d
タイトルREFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE DIMERIC QUADRUPLEX FORMED FROM THE OXYTRICHA TELOMERIC OLIGONUCLEOTIDE D(GGGGTTTTGGGG)
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / QUADRUPLEX / OXYTRICHA TELOMERIC OLIGONUCLEOTIDE D(GGGGTTTTGGGG)
機能・相同性デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / SUBSTRUCTURE EMBEDDING, SIMULATED ANNEALING, MATRIX RELAXATION
Model type detailsminimized average
データ登録者Schultze, P. / Smith, F.W. / Feigon, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Refined solution structure of the dimeric quadruplex formed from the Oxytricha telomeric oligonucleotide d(GGGGTTTTGGGG).
著者: Schultze, P. / Smith, F.W. / Feigon, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Strand Orientation in the DNA Quadruplex Formed from the Oxytricha Telomere Repeat Oligonucleotide D(G4T4G4) in Solution
著者: Smith, F.W. / Feigon, J.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Quadruplex Structure of Oxytricha Telomeric DNA Oligonucleotides
著者: Smith, F.W. / Feigon, J.
履歴
登録1994年1月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6112
ポリマ－7,6112
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3805.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細溶媒系: H2O/D20
試料濃度: 0.0052 M / 構成要素: SODIUM CHLORIDE
試料状態イオン強度: .05M / pH: 6.0 / Temperature units: K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: SUBSTRUCTURE EMBEDDING, SIMULATED ANNEALING, MATRIX RELAXATION
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT PROCEDURE STEP (1) SUBSTRUCTURE EMBEDDING ON 20 STRUCTURES STEP (2) TEMPLATE FITTING AND REGULARIZATION BY SIMULATED ANNEALING (20 STRUCTURES) STEP (3) SIMULATED ANNEALING AND ...詳細: REFINEMENT PROCEDURE STEP (1) SUBSTRUCTURE EMBEDDING ON 20 STRUCTURES STEP (2) TEMPLATE FITTING AND REGULARIZATION BY SIMULATED ANNEALING (20 STRUCTURES) STEP (3) SIMULATED ANNEALING AND ENERGY MINIMIZATION (20 STRUCTURES) STEP (4) RELAXATION MATRIX REFINEMENT ON THE BEST 8 OF 20 STRUCTURES. THE DIMER POSSESSES A TWO-FOLD AXIS OF SYMMETRY. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B OF MODEL 1 WHEN APPLIED TO CHAIN A OF MODEL 1. THE COORDINATES OF THE ATOMS OF CHAIN A TRANSFORMED IN THIS MANNER HAVE AN RMSD OF 0.0015 ANGSTROMS FROM THE COORDINATES OF CHAIN B GIVEN IN THIS ENTRY.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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