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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37251 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (composite) | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATP synthase (ATP合成酵素) / Human (ヒト) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Membrane protein (膜タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex binding / regulation of ATP metabolic process / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / Cristae formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / ATP biosynthetic process / angiostatin binding ...mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex binding / regulation of ATP metabolic process / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / Cristae formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / ATP biosynthetic process / angiostatin binding / mitochondrial depolarization / ATPase inhibitor activity / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Mitochondrial protein import / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / negative regulation of hydrolase activity / 酸化的リン酸化 / proton-transporting ATP synthase complex / cellular response to interleukin-7 / enzyme inhibitor activity / response to muscle activity / response to copper ion / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / heme biosynthetic process / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / mitochondrial nucleoid / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / negative regulation of endothelial cell proliferation / MHC class I protein binding / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / Mitochondrial protein degradation / cellular response to nitric oxide / response to hyperoxia / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport / substantia nigra development / reactive oxygen species metabolic process / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / 赤血球形成 / cellular response to dexamethasone stimulus / generation of precursor metabolites and energy / ミトコンドリア / regulation of intracellular pH / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / lipid metabolic process / ADP binding / osteoblast differentiation / ATPase binding / 核膜 / 血管新生 / response to ethanol / protease binding / ミトコンドリア内膜 / hydrolase activity / calmodulin binding / ミトコンドリアマトリックス / 脂質ラフト / lipid binding / enzyme binding / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lai Y / Zhang Y / Gong H | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase 著者: Zhang Y / Lai Y / Liu F / Rao Z / Gong H | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37251.map.gz | 468.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37251-v30.xml emd-37251.xml | 27.1 KB 27.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37251.png | 41.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37251.cif.gz | 7.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37251 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ki3MC 8j0sC 8j0tC 8j57C 8j58C 8jr0C 8jr1C 8khfC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : human ATP synthase
+超分子 #1: human ATP synthase
+分子 #1: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
+分子 #2: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
+分子 #3: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
+分子 #4: ATPase inhibitor, mitochondrial
+分子 #5: ATP synthase subunit O, mitochondrial
+分子 #6: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
+分子 #7: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
+分子 #8: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
+分子 #9: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
+分子 #10: ATP synthase subunit d, mitochondrial
+分子 #11: ATP synthase subunit a
+分子 #12: ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial
+分子 #13: ATP synthase protein 8
+分子 #14: ATP synthase subunit f, mitochondrial
+分子 #15: ATP synthase subunit g, mitochondrial
+分子 #16: ATP synthase subunit e, mitochondrial
+分子 #17: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
+分子 #18: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #19: MAGNESIUM ION
+分子 #20: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #21: Bedaquiline
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84037 |