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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36262 | |||||||||
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タイトル | FZD3 in inactive state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | FZD3 / complex. / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / establishment of planar polarity / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / motor neuron migration / sympathetic ganglion development ...dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / establishment of planar polarity / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / motor neuron migration / sympathetic ganglion development / filopodium tip / Wnt-protein binding / post-anal tail morphogenesis / negative regulation of execution phase of apoptosis / commissural neuron axon guidance / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / presynaptic active zone / lateral plasma membrane / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / response to electrical stimulus / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / 電子伝達系 / G protein-coupled receptor activity / PDZ domain binding / neuron differentiation / Ca2+ pathway / ペリプラズム / electron transfer activity / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / apical plasma membrane / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / heme binding / 細胞膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu F / Zhang Z | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: A framework for Frizzled-G protein coupling and implications to the PCP signaling pathways. 著者: Zhibin Zhang / Xi Lin / Ling Wei / Yiran Wu / Lu Xu / Lijie Wu / Xiaohu Wei / Suwen Zhao / Xiangjia Zhu / Fei Xu / 要旨: The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. ...The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. Understanding FZD activation mechanism is key to unlock these emerging targets. Here we present the cryo-EM structures of FZD6 and FZD3 which are known to relay non-canonical planar cell polarity (PCP) signaling pathways as well as FZD1 in their G protein-coupled states and in the apo inactive states, respectively. Comparison of the three inactive/active pairs unveiled a shared activation framework among all ten FZDs. Mutagenesis along with imaging and functional analysis on the human lens epithelial tissues suggested potential crosstalk between the G-protein coupling of FZD6 and the PCP signaling pathways. Together, this study provides an integrated understanding of FZD structure and function, and lays the foundation for developing therapeutic modulators to activate or inhibit FZD signaling for a range of disorders including cancers and cataracts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36262.map.gz | 79.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36262-v30.xml emd-36262.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36262_fsc.xml | 9.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36262.png | 24 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36262.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36262_additional_1.map.gz emd_36262_additional_2.map.gz emd_36262_half_map_1.map.gz emd_36262_half_map_2.map.gz | 23.5 MB 45.3 MB 84.5 MB 84.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36262 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36262 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: mask used in the last local refine.
ファイル | emd_36262_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | mask used in the last local refine. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: default sharpened density map after the last local refine
ファイル | emd_36262_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | default sharpened density map after the last local refine | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36262_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36262_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : complex of FZD3 with anti-Bril Fab and anti-Fab Nanobody
全体 | 名称: complex of FZD3 with anti-Bril Fab and anti-Fab Nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of FZD3 with anti-Bril Fab and anti-Fab Nanobody
超分子 | 名称: complex of FZD3 with anti-Bril Fab and anti-Fab Nanobody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Frizzled-3,Soluble cytochrome b562
分子 | 名称: Frizzled-3,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: inactive FZD3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 74.095141 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKHHHHHH HHHHENLYFQ GHSLFSCEPI TLRMCQDLPY NTTFMPNLLN HYDQQTAALA MEPFHPMVN LDCSRDFRPF LCALYAPICM EYGRVTLPCR RLCQRAYSEC SKLMEMFGVP WPEDMECSRF PDCDEPYPRL V DLNLAGEP ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKHHHHHH HHHHENLYFQ GHSLFSCEPI TLRMCQDLPY NTTFMPNLLN HYDQQTAALA MEPFHPMVN LDCSRDFRPF LCALYAPICM EYGRVTLPCR RLCQRAYSEC SKLMEMFGVP WPEDMECSRF PDCDEPYPRL V DLNLAGEP TEGAPVAVQR DYGFWCPREL KIDPDLGYSF LHVRDCSPPC PNMYFRREEL SFARYFIGLI SIICLSATLF TF LTFLIDV TRFRYPERPI IFYAVCYMMV SLIFFIGFLL EDRVACNASI PAQYKASTVT QGSHNKACTM LFMILYFFTM AGS VWWVIL TITWFLAAVP KWGSEAIEKK ALLFHASAWG IPGTLTIILL AMNKIEGDNI SGVCFVGLYD VDALRYFVLA PLCL YVVVG VSLLLAGIIS LNRRIARRQL ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDS PEMK DFRHGFDILV GQIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLERA RSTLNQDKLV KFMIRIGVFS ILYLVP LLV VIGCYFYEQA YRGIWETTWI QERCREYHIP CPYQVTQMSR PDLILFLMKY LMALIVGIPS VFWVGSKKTC FEWASFF HG R UniProtKB: Frizzled-3, Soluble cytochrome b562, Frizzled-3 |
-分子 #2: anti-BRIL Fab Heavy chain
分子 | 名称: anti-BRIL Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.704648 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNVV DFSLHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSGSTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARW GYWPGEPWWK AFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNVV DFSLHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSGSTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARW GYWPGEPWWK AFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSLE VLFQGPHHHH HH |
-分子 #3: anti-Fab Nanobody
分子 | 名称: anti-Fab Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 14.927301 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: HHHHHHENLY FQGQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCAASGR TISRYAMSWF RQAPGKEREF VAVARRSGDG AFYADSVQGR FTVSRDDAK NTVYLQMNSL KPEDTAVYYC AIDSDTFYSG SYDYWGQGTQ VTVSS |
-分子 #4: anti-BRIL Fab Light chain
分子 | 名称: anti-BRIL Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.20982 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |