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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36185 | |||||||||
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タイトル | plant potassium channel SKOR mutant - L271P/D312N | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | voltage-gated potassium channel / outward-rectifier / symmetry reduction / PLANT PROTEIN (植物) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium ion homeostasis / outward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium ion transport 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu S / Li S / Tian C | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure reveals a symmetry reduction of the plant outward-rectifier potassium channel SKOR. 著者: Siyu Li / Yuanxia Wang / Chenyang Wang / Yong Zhang / Demeng Sun / Peng Zhou / Changlin Tian / Sanling Liu / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36185.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36185-v30.xml emd-36185.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36185.png | 98.4 KB | ||
その他 | emd_36185_half_map_1.map.gz emd_36185_half_map_2.map.gz | 115.7 MB 115.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36185 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jecMC 8jetC 8jeuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36185_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36185_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tetrameric comlplex
全体 | 名称: Tetrameric comlplex |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric comlplex
超分子 | 名称: Tetrameric comlplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Potassium channel SKOR
分子 | 名称: Potassium channel SKOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 93.994039 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGGSSGGGVS YRSGGESDVE LEDYEVDDFR DGIVESRGNR FNPLTNFLGL DFAGGSGGKF TVINGIRDIS RGSIVHPDNR WYKAWTMFI LIWALYSSFF TPLEFGFFRG LPENLFILDI AGQIAFLVDI VLTFFVAYRD SRTYRMIYKR SSIALRYLKS T FIIDLLAC ...文字列: MGGSSGGGVS YRSGGESDVE LEDYEVDDFR DGIVESRGNR FNPLTNFLGL DFAGGSGGKF TVINGIRDIS RGSIVHPDNR WYKAWTMFI LIWALYSSFF TPLEFGFFRG LPENLFILDI AGQIAFLVDI VLTFFVAYRD SRTYRMIYKR SSIALRYLKS T FIIDLLAC MPWDIIYKAA GEKEEVRYLL LIRLYRVHRV ILFFHKMEKD IRINYLFTRI VKLIFVELYC THTAACIFYY LA TTLPASQ EGYTWIGSLK LGDYSYSKFR EIDPWTRYTT SMYFAVVTMA TVGYGDIHAV NMREMIFAMV YISFNMILGA YLI GNMTAL IVKGSKTERF RDKMADIMRY MNRNKLGRNI RGQITGHLRL QYESSYTEAA VLQDIPVSIR AKIAQTLYLP YIEK VPLFR GCSSEFINQI VIRLHEEFFL PGEVIMEQGS VVDQLYFVCH GVLEEIGITK DGSEEIVAVL QPDHSFGEIS ILCNI PQPY TVRVAELCRI LRLDKQSFMN ILEIFFHDGR RILNNLLEGK ESNVRIKQLE SDITFHISKQ EAELALKLNS AAFYGD LYQ LKSLIRAGGD PNKTDYDGRS PLHLAASRGY EDITLYLIQE SVDVNIKDKL GSTPLLEAIK NGNDRVAALL VKEGATL NI ENAGTFLCTV VAKGDSDFLK RLLSNGIDPN SKDYDHRTPL HVAASEGFYV LAIQLVEASA NVLAKDRWGN TPLDEALG C GNKMLIKLLE DAKNSQISSF PSGSKEPKDK VYKKKCTVYF SHPGDSKEKR RRGIVLWVPR SIEELIRTAK EQLNVPEAS CVLSEDEAKI IDVDLISDGQ KLYLAVET UniProtKB: Potassium channel SKOR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97194 |