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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36024 | |||||||||
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タイトル | Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MCC / Mitochondria (ミトコンドリア) / CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase complex, mitochondrial / メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / Biotin transport and metabolism / L-leucine catabolic process / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / coenzyme A metabolic process ...3-methylcrotonyl-CoA carboxylase complex, mitochondrial / メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / Biotin transport and metabolism / L-leucine catabolic process / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / coenzyme A metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu DS / Su JY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer 著者: Liu DS / Su JY | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36024.map.gz | 62.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36024-v30.xml emd-36024.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36024.png | 109.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36024.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_36024_half_map_1.map.gz emd_36024_half_map_2.map.gz | 116 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36024 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36024 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8j73MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0979 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36024_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36024_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer
全体 | 名称: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer
超分子 | 名称: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
分子 | 名称: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO EC番号: メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 61.406027 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MWAVLRLALR PCARASPAGP RAYHGDSVAS LGTQPDLGSA LYQENYKQMK ALVNQLHERV EHIKLGGGEK ARALHISRGK LLPRERIDN LIDPGSPFLE LSQFAGYQLY DNEEVPGGGI ITGIGRVSGV ECMIIANDAT VKGGAYYPVT VKKQLRAQEI A MQNRLPCI ...文字列: MWAVLRLALR PCARASPAGP RAYHGDSVAS LGTQPDLGSA LYQENYKQMK ALVNQLHERV EHIKLGGGEK ARALHISRGK LLPRERIDN LIDPGSPFLE LSQFAGYQLY DNEEVPGGGI ITGIGRVSGV ECMIIANDAT VKGGAYYPVT VKKQLRAQEI A MQNRLPCI YLVDSGGAYL PRQADVFPDR DHFGRTFYNQ AIMSSKNIAQ IAVVMGSCTA GGAYVPAMAD ENIIVRKQGT IF LAGPPLV KAATGEEVSA EDLGGADLHC RKSGVSDHWA LDDHHALHLT RKVVRNLNYQ KKLDVTIEPS EEPLFPADEL YGI VGANLK RSFDVREVIA RIVDGSRFTE FKAFYGDTLV TGFARIFGYP VGIVGNNGVL FSESAKKGTH FVQLCCQRNI PLLF LQNIT GFMVGREYEA EGIAKDGAKM VAAVACAQVP KITLIIGGSY GAGNYGMCGR AYSPRFLYIW PNARISVMGG EQAAN VLAT ITKDQRAREG KQFSSADEAA LKEPIIKKFE EEGNPYYSSA RVWDDGIIDP ADTRLVLGLS FSAALNAPIE KTDFGI FRM UniProtKB: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1474 |