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万見
- EMDB-35725: Cryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35725
タイトルCryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex
    • タンパク質・ペプチド: G subunit alpha (q)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Prostaglandin F2-alpha receptor
  • リガンド: Z-7-[(1R,2R,3R,5S)-3,5-bis(oxidanyl)-2-[(3R)-3-oxidanyl-5-phenyl-pentyl]cyclopentyl]hept-5-enoic acid
キーワードGPCR (Gタンパク質共役受容体) / PTGFR / Latanoprost / Gq / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin F receptor activity / 出産 / Prostanoid ligand receptors / cellular response to prostaglandin D stimulus / : / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor ...prostaglandin F receptor activity / 出産 / Prostanoid ligand receptors / cellular response to prostaglandin D stimulus / : / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / response to estradiol / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / シナプス / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / シグナル伝達 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Prostaglandin F receptor / Prostanoid receptor / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit ...Prostaglandin F receptor / Prostanoid receptor / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostaglandin F2-alpha receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Wu C / Xu Y / Xu HE
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81902085 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Ligand-induced activation and G protein coupling of prostaglandin F receptor.
著者: Canrong Wu / Youwei Xu / Qian He / Dianrong Li / Jia Duan / Changyao Li / Chongzhao You / Han Chen / Weiliang Fan / Yi Jiang / H Eric Xu /
要旨: Prostaglandin F (PGF), an endogenous arachidonic acid metabolite, regulates diverse physiological functions in many tissues and cell types through binding and activation of a G-protein-coupled ...Prostaglandin F (PGF), an endogenous arachidonic acid metabolite, regulates diverse physiological functions in many tissues and cell types through binding and activation of a G-protein-coupled receptor (GPCR), the PGF receptor (FP), which also is the primary therapeutic target for glaucoma and several other diseases. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human FP bound to endogenous ligand PGF and anti-glaucoma drugs LTPA and TFPA at global resolutions of 2.67 Å, 2.78 Å, and 3.14 Å. These structures reveal distinct features of FP within the lipid receptor family in terms of ligand binding selectivity, its receptor activation, and G protein coupling mechanisms, including activation in the absence of canonical PIF and ERY motifs and G coupling through direct interactions with receptor transmembrane helix 1 and intracellular loop 1. Together with mutagenesis and functional studies, our structures reveal mechanisms of ligand recognition, receptor activation, and G protein coupling by FP, which could facilitate rational design of FP-targeting drugs.
履歴
登録2023年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35725.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.073876575 - 0.1226538
平均 (標準偏差)0.00007808622 (±0.004072947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35725_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35725_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex

全体名称: Cryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex
    • タンパク質・ペプチド: G subunit alpha (q)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Prostaglandin F2-alpha receptor
  • リガンド: Z-7-[(1R,2R,3R,5S)-3,5-bis(oxidanyl)-2-[(3R)-3-oxidanyl-5-phenyl-pentyl]cyclopentyl]hept-5-enoic acid

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex

超分子名称: Cryo-EM structure of the latanoprost-bound human PTGFR-Gq complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: G subunit alpha (q)

分子名称: G subunit alpha (q) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.724383 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRKEFVDIST ASG DGRHIC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC KDIILQMNLR EYNLV

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.771367 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLLQSELDQL RQEAEQLKNQ IRDARKACAD ATLSQITNNI DPVGRIQMRT RRTLRGHLAK IYAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYT TNKVHAIPLR SSWVMTCAYA PSGNYVACGG LDNICSIYNL KTREGNVRVS RELAGHTGYL SCCRFLDDNQ I VTSSGDTT ...文字列:
MLLQSELDQL RQEAEQLKNQ IRDARKACAD ATLSQITNNI DPVGRIQMRT RRTLRGHLAK IYAMHWGTDS RLLVSASQDG KLIIWDSYT TNKVHAIPLR SSWVMTCAYA PSGNYVACGG LDNICSIYNL KTREGNVRVS RELAGHTGYL SCCRFLDDNQ I VTSSGDTT CALWDIETGQ QTTTFTGHTG DVMSLSLAPD TRLFVSGACD ASAKLWDVRE GMCRQTFTGH ESDINAICFF PN GNAFATG SDDATCRLFD LRADQELMTY SHDNIICGIT SVSFSKSGRL LLAGYDDFNC NVWDALKADR AGVLAGHDNR VSC LGVTDD GMAVATGSWD SFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Antibody fragment scFv16

分子名称: Antibody fragment scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.277299 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: Prostaglandin F2-alpha receptor

分子名称: Prostaglandin F2-alpha receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.096488 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSMNNSKQLV SPAAALLSNT TCQTENRLSV FFSVIFMTVG ILSNSLAIAI LMKAYQRFRQ KSKASFLLLA SGLVITDFFG HLINGAIAV FVYASDKEWI RFDQSNVLCS IFGICMVFSG LCPLLLGSVM AIERCIGVTK PIFHSTKITS KHVKMMLSGV C LFAVFIAL ...文字列:
MSMNNSKQLV SPAAALLSNT TCQTENRLSV FFSVIFMTVG ILSNSLAIAI LMKAYQRFRQ KSKASFLLLA SGLVITDFFG HLINGAIAV FVYASDKEWI RFDQSNVLCS IFGICMVFSG LCPLLLGSVM AIERCIGVTK PIFHSTKITS KHVKMMLSGV C LFAVFIAL LPILGHRDYK IQASRTWCFY NTEDIKDWED RFYLLLFSFL GLLALGVSLL CNAITGITLL RVKFKSQQHR QG RSHHLEM VIQLLAIMCV SCICWSPFLV TMANIGINGN HSLETCETTL FALRMATWNQ ILDPWVYILL RKAVLKNLYK LAS QCCGVH VISLHIWELS SIKNSLKVAA ISESPVAEKS AST

UniProtKB: Prostaglandin F2-alpha receptor

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分子 #6: Z-7-[(1R,2R,3R,5S)-3,5-bis(oxidanyl)-2-[(3R)-3-oxidanyl-5-phenyl-...

分子名称: Z-7-[(1R,2R,3R,5S)-3,5-bis(oxidanyl)-2-[(3R)-3-oxidanyl-5-phenyl-pentyl]cyclopentyl]hept-5-enoic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 7WT
分子量理論値: 390.513 Da
Chemical component information

ChemComp-7WT:
Z-7-[(1R,2R,3R,5S)-3,5-bis(oxidanyl)-2-[(3R)-3-oxidanyl-5-phenyl-pentyl]cyclopentyl]hept-5-enoic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8hdp

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 437740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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