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- EMDB-33450: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33450
タイトルRNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex)
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex)
    • 複合体: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: Elf1,Spt4/5,Spn1 and Paf1C
      • タンパク質・ペプチド: x 9種
    • 複合体: DNA,RNA
      • DNA: x 2種
      • RNA: x 1種
    • 複合体: histone, FACT complex subunitヒストン
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • 複合体: Spt6
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


constitutive heterochromatin formation / FACT complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / histone chaperone activity / DSIF complex / negative regulation of chromosome condensation / Barr body ...constitutive heterochromatin formation / FACT complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / histone chaperone activity / DSIF complex / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / nucleosome organization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / muscle cell differentiation / transcription elongation factor activity / pericentric heterochromatin formation / RPB4-RPB7 complex / inner kinetochore / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / oocyte maturation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / poly(A)+ mRNA export from nucleus / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / : / nucleus organization / : / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / chromosome, centromeric region / spermatid development / tRNA transcription by RNA polymerase III / heterochromatin organization / RNA polymerase III activity / single fertilization / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase I activity / negative regulation of megakaryocyte differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of translational initiation / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II activity / protein localization to CENP-A containing chromatin / translation elongation factor activity / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / nucleosome binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / translation initiation factor binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / 着床 / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / transcription elongation factor complex / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / regulation of DNA-templated transcription elongation / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / lipopolysaccharide binding / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / multicellular organism growth
類似検索 - 分子機能
: / SSRP1 PH domain / Leo1-like protein / : / Leo1-like protein / Spt6, S1/OB domain / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. ...: / SSRP1 PH domain / Leo1-like protein / : / Leo1-like protein / Spt6, S1/OB domain / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / RNA polymerase II associated factor Paf1 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / Paf1 / POB3-like N-terminal PH domain / Transcription elongation factor 1 / FACT complex subunit Spt16 domain / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2ドメイン / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / TFIIS/LEDGF domain superfamily / RuvA domain 2-like / Tetratricopeptide repeat / NusG, N-terminal domain superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4
類似検索 - ドメイン・相同性
FACT complex subunit / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / Transcription elongation factor SPT4 / Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 ...FACT complex subunit / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / Transcription elongation factor SPT4 / Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 / RNA polymerase-associated protein LEO1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / Component of the Paf1p complex / Transcription elongation factor Spt6 / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II / RNAP II-associated protein / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / FACT complex subunit POB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / ヒストンH4 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ehara H / Kujirai T / Shirouzu M / Kurumizaka H / Sekine S
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00449 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101082 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101076 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT.
著者: Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine /
要旨: During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII ...During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII elongation complex (EC) passing through a nucleosome in the presence of the transcription elongation factors Spt6, Spn1, Elf1, Spt4/5, and Paf1C and the histone chaperone FACT (facilitates chromatin transcription). The structures show snapshots of EC progression on DNA mediating downstream nucleosome disassembly, followed by its reassembly upstream of the EC, which is facilitated by FACT. FACT dynamically adapts to successively occurring subnucleosome intermediates, forming an interface with the EC. Spt6, Spt4/5, and Paf1C form a "cradle" at the EC DNA-exit site and support the upstream nucleosome reassembly. These structures explain the mechanism by which the EC traverses nucleosomes while maintaining the chromatin structure and epigenetic information.
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2022年10月12日-
現状2022年10月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.484 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.05203124 - 0.07980707
平均 (標準偏差)6.0728762e-05 (±0.0034444043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 356.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: EC reconstruction

ファイルemd_33450_additional_1.map
注釈EC reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: nucleosome reconstruction

ファイルemd_33450_additional_2.map
注釈nucleosome reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33450_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33450_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (E...

全体名称: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex)
要素
  • 複合体: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex)
    • 複合体: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunitポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit B32RNAポリメラーゼII
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and IIIRNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunitRNAポリメラーゼII
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunitポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and IIIRNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit B12.5RNAポリメラーゼII
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase subunit ABC10-alphaRNAポリメラーゼ
    • 複合体: Elf1,Spt4/5,Spn1 and Paf1C
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor 1 homolog
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT4
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
      • タンパク質・ペプチド: RNAP II-associated protein
      • タンパク質・ペプチド: Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3H3F3A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • 複合体: DNA,RNA
      • DNA: DNA (198-MER)
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3')
      • DNA: DNA (198-MER)
    • 複合体: histone, FACT complex subunitヒストン
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor Spt6
      • タンパク質・ペプチド: Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: Component of the Paf1p complex
      • タンパク質・ペプチド: RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit
      • タンパク質・ペプチド: FACT complex subunitFACT (biology)
      • タンパク質・ペプチド: FACT complex subunit POB3FACT (biology)
    • 複合体: Spt6
      • タンパク質・ペプチド: Leo1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (E...

超分子名称: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex)
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31

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超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

+
超分子 #3: Elf1,Spt4/5,Spn1 and Paf1C

超分子名称: Elf1,Spt4/5,Spn1 and Paf1C / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13, #17-#18, #24-#29
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: DNA,RNA

超分子名称: DNA,RNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14-#16

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超分子 #5: histone, FACT complex subunit

超分子名称: histone, FACT complex subunit / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19-#22, #30-#31
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #6: Spt6

超分子名称: Spt6 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #23
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 194.107422 KDa
配列文字列: MSQFPYSSAP LRSVKEVQFG LLSPEEIRAI SVVKIEYPEI MDESRQRPRE GGLNDPKLGS IDRNFKCQTC GEGMAECPGH FGHMELAKP VFHIGFIPKI KKVCECICMN CGKLLLDETN PTMAQAIRIR DPKKRFNAVW QLCKTKMVCE ADAPVDEYSE Q KVVSRGGC ...文字列:
MSQFPYSSAP LRSVKEVQFG LLSPEEIRAI SVVKIEYPEI MDESRQRPRE GGLNDPKLGS IDRNFKCQTC GEGMAECPGH FGHMELAKP VFHIGFIPKI KKVCECICMN CGKLLLDETN PTMAQAIRIR DPKKRFNAVW QLCKTKMVCE ADAPVDEYSE Q KVVSRGGC GNTQPVVRKD GMKLWGTWKK SGFSDRDAQP ERKLLTPGEI LNVFKHISPE DCFRLGFNED YARPEWMIIT VL PVPPPQV RPSIAMDETT QGQDDLTHKL SDILKANINV QKLEMDGSPQ HIINEVEQLL QFHVATYMDN DIAGQPQALQ KSG RPVKAI RARLKGKEGR LRGNLMGKRV DFSARTVISG DPNLELDQVG VPISIAKTLS YPETVTQYNI HRLTEYVRNG PNEH PGAKY VIRDNGDRID LRYHKRAGDI VLQYGWKVER HLMDDDPVLF NRQPSLHKMS MMAHRVKVMP YSTFRLNLSV TSPYN ADFD GDEMNLHVPQ SEETRAELSQ LCAVPLQIVS PQSNKPVMGI VQDTLCGVRK MTLRDTFIEY EQVMNMLFWV PSWDGV VPQ PAILKPKPLW TGKQLLSIAI PSGIHLQRTD GGNSLLSPKD NGMLIVDGKV MFGVVDKKTV GSGGGGLIHT VMREKGP KI CAELFGNIQK VVNYWLLHNG FSIGIGDAIA DASTMKEITH AISSAKEQVQ EIIYKAQHNE LELKPGMTLR ESFEGEVS R TLNDARDSAG RSAEMNLKDL NNVKQMVSAG SKGSFINIAQ MSACVGQQMV EGKRIAFGFA DRSLPHFTKD DFSPESKGF VENSYLRGLT PQEFFFHAMA GREGLIDTAV KTAETGYIQR RLVKALEDIM VHYDGTTRNS LGDIIQFLYG EDGLDGTQVE RQTIDTIPG SDKAFHKRYY VDLMDEKNSI KPDVIEYAAD ILGDVELQKE LNSEYEQLVS DRKFLREIVF VNGDHNWPLP V NLRRIIQN AQQIFHLDRA KASDLTIPEI IHGVRDLCKK LFVLRGENEL IKEAQQNATS LFQCLVRARL ATRRILEEFR LN RDAFEWV LGTIEAQFQR SLVHPGEMVG VIAAQSIGEP ATQMTLNTFH YAGVSSKNVT LGVPRLKEIL NVAKNIKTPA LTV YLDREI ALDIEKAKVI QSSIEYTTLK NVTSATEIYY DPDPTSTVIE EDFDTVEAYF SIPDEKVEET IDKQSPWLLR LELD RARML DKQLTMNQVA DKISEVFSDD LFVMWSEDNA DKLIIRCRVI RDPKAMDEEL EAEEDQMLKR IEAHMLDLIA LRGIP GISK VYMVKHKVSV PDESGEYKNE ELWALETDGI NLAEVMAVPG VDSSRTYSNS FVEILSVLGI EATRSSLYKE ILNVIA FDG SYVNYRHMAL LVDVMTSRGY LMAITRHGIN RADTGALMRC SFEETVEILF EAGAAAELDD CRGVSENVML GQLAPMG TG AFDVMIDEKL LTSLPADYAP TMPLFKGKAT QGSATPYDNN AQYDDEFNHD DVADVMFSPM AETGSGDDRS GGLTEYAG I QSPYQPTSPG LSATSPGFAP TSPGFAPTSP RYSPTSPGYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPQY SPTSPQYSPT SPQYSPTSPQ YSPTSPQYSP TSPQYSPTSP QYSPTSPQYS PTSPQYSPT SPQYSPTSPQ YSPTSPQYSP TSPQYSPTSP QYSPASPQYS PSRHSPNGES KEGE

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 139.746094 KDa
配列文字列: MSYDPYSIDD TITTEDCWTV ISAFFEEKGL VSQQLDSFDE FMETSIQDLV WEEPRLILDQ PAQHTNEKDN INKRYEIRFG KIYLSRPTM TEADGTTHAM FPQEARLRNL TYSSPVYLDM EKSMFTSIDD EGNPNATLDW QQVHEPIKDG VEEGNKVHIG K VPIMLRSK ...文字列:
MSYDPYSIDD TITTEDCWTV ISAFFEEKGL VSQQLDSFDE FMETSIQDLV WEEPRLILDQ PAQHTNEKDN INKRYEIRFG KIYLSRPTM TEADGTTHAM FPQEARLRNL TYSSPVYLDM EKSMFTSIDD EGNPNATLDW QQVHEPIKDG VEEGNKVHIG K VPIMLRSK FCSLRTLDEV DLYKMKECPY DMGGYFVING SEKVLIAQER SAANIVQVFK KAAPSPISHV AEIRSALEKG SR LISTMQI KLYGREDKGT GRTIKATLPY VKQDIPIVIV FRALGVVPDG EILQHICYDE NDWQMLEMLK PCIEEGFVIQ DKE VALDFI GRRGSAALGI RREKRIQYAK DILQKELLPH ITQEEGFETR KTFFLGYMVN RLLLCALERK DQDDRDHFGK KRLD LAGPL LANLFRILFR KLTREIYRYM QRCIETDRDF NLNLAVKSTT ITSGLKYSLA TGNWGEQKKA MSSRAGVSQV LNRYT YSST LSHLRRTNTP IGRDGKLAKP RQLHNTHWGL VCPAETPEGQ ACGLVKNLSL LSGISIGSPS EPIINFLEEW GMEPLE DYD PAQHTKSTRI FVNGVWTGIH RDPSMLVSTM RDLRRSGAIS PEVSIIRDIR EREFKIFTDV GRVYRPLFIV EDDESKD NK GELRITKEHI RKIQQGYDDD AMNDDSEEQE QDVYGWSSLV TSGVIEYVDG EEEETIMIAM TPEDLQTRSL EQKEIDLN D TAKRIKPEMS TSSHHTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLAKTQAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKRFGISI VEEFEKPTRA TTLRLKHGT YEKLDEDGLI APGVRVSGDD IIIGKTTPIP PDTEELGQRT KYHTKRDAST PLRSTENGIV DQVLLTTNQE G LKFVKVRM RTTKVPQIGD KFASRHGQKG TIGVTYRHED MPFSAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVGSIR GY EGDATPF TDLTVDAVSN LLRDNGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQVFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPVQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAAGF LKERLMEASD AFRVHVCGIC GLMSVIANLK KNQFECRSCK NKTNIYQLHI PYAA KLLFQ ELMAMNIAPR LYTERSGVSM RS

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分子 #3: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

分子名称: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 34.216293 KDa
配列文字列: MSKEPKVNII NAQDDEVELM LSDVNLSLAN SLRRTMLAEV PTLAIDLVEI KMNTSVLADE FISHRLGLIP LVSEDVEEMK YSRDCTCED YCDECSVVLE LSARHEGEEG TTDVYSSSLI KVSGPGNLNV GEPVRRDDYD QGILLCKLRN HQELNIRCIA K KGIAKEHA ...文字列:
MSKEPKVNII NAQDDEVELM LSDVNLSLAN SLRRTMLAEV PTLAIDLVEI KMNTSVLADE FISHRLGLIP LVSEDVEEMK YSRDCTCED YCDECSVVLE LSARHEGEEG TTDVYSSSLI KVSGPGNLNV GEPVRRDDYD QGILLCKLRN HQELNIRCIA K KGIAKEHA KWSPCSAIAF EYDPHNKLKH TDFWFEVDAK KEWPDSKYAT WEEPPKPGEV FDYKAKPNRF YMTVETTGSL KA NQVFSRG IKTLQEKLAN VLFELENSRP ANTTAYGGAT AYGGQTVYGR ETSYGGNTNY GDYNAPY

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分子 #4: RNA polymerase II subunit B32

分子名称: RNA polymerase II subunit B32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 20.62298 KDa
配列文字列:
MNVSTSTVGA RRRRAKQQVD DEENATLLRL GPEFALKQYD HDGNEHDLIA LSLSESRLLI REALKARSRA RNGGVDIESS NGEIDDDEL AKVTSGAVAN GVVKKTLDYL NTFARFKDEE TCTAVDQLLH NSSDCSVLHP FEIAQLSSLG CEDVDEAITL I PSLAAKKE VNLQRILDEL NRLEDPYK

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 24.96268 KDa
配列文字列: MEDNNRIISR LWRSFRTVKE MAADRGYFIS QEEMDQSLEE FRSKICDSMG NPQRKLMSFL ANPTPEALEK YSDLGTLWVE FCDEPSVGI KTMRNFCLRI QEKNFSTGIF IYQNNITPSA NKMIPTVSPA IIETFQESDL VVNITHHELV PKHIRLSDGE K SQLLQRYK ...文字列:
MEDNNRIISR LWRSFRTVKE MAADRGYFIS QEEMDQSLEE FRSKICDSMG NPQRKLMSFL ANPTPEALEK YSDLGTLWVE FCDEPSVGI KTMRNFCLRI QEKNFSTGIF IYQNNITPSA NKMIPTVSPA IIETFQESDL VVNITHHELV PKHIRLSDGE K SQLLQRYK LKESQLPRIQ REDPVARYLG LKRGQVVKII RRSETSGRYA SYRICL

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分子 #6: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

分子名称: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 17.803588 KDa
配列文字列:
MSEDEAFNEQ TENFENFEDE HFSDDNFEDR STQPEDYAVG VTADGRQIIN GDGIQEVNGT IKAHRKRSNK ELAILKEERT TTPYLTKYE RARILGTRAL QISMNAPVLV DIEGETDPLQ IAMKELSQRK IPLVIRRYLP DGSYEDWGCD ELIVDN

+
分子 #7: RNA polymerase II subunit

分子名称: RNA polymerase II subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 18.802625 KDa
配列文字列:
MFFLKDLSLI LTLHPSYFGP QMNQYLREKL LTDVEGTCTG QFGYIVTVLD GMNIDVGKGR IIPGSGSAEF EVKYRAVVWK PFKGEVVDA IVSNVSPIGF FADVGPLNVF VSTRLIPDNL VYNPSNSPPA YMSNDELITK GSKVRLKVVG TRTDVNEIYA I GSIKEDFL GAI

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分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 16.24922 KDa
配列文字列:
MSSALFDDIF TVQTVDNGRY NKVSRIIGIS TTNSAIKLTL DINNEMFPVS QDDSLTVTLA NSLSLDGEDE SANFSKSWRP PKPTDKSLA DDYDYVMFGT VYKFEEGDED KIKVYVSFGG LLMCLEGGYK SLASLKQDNL YILIRR

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 13.61232 KDa
配列文字列:
MASFRFCLEC NNMLYPKEDK ENQRLLYSCR NCDYTELAED PKVYRHELIT NIGETAGIVD DIGQDPTLPR SDKECPECHS RDCVFFQSQ QRRKDTNMTL FYVCLNCKKT FRDESE

+
分子 #10: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, I...

分子名称: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 8.554064 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFSC GKVVGDKWDA YLRLLEEGKQ EGDALDELKL KRYCCRRMVL THVDLIEKFL RYNPLEKKDF DS

+
分子 #11: RNA polymerase II subunit B12.5

分子名称: RNA polymerase II subunit B12.5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 13.832896 KDa
配列文字列:
MNAPDRFELF ILPDDVPKLK ITPDSRVPNC IIIKFEREDH TLANLLREEL ALYPDVTFVA YKVEHPLFAN FVMRLQTEEG TRPKQALER ACASIINKLK TLDHKFNEEW NIKNFSLND

+
分子 #12: RNA polymerase subunit ABC10-alpha

分子名称: RNA polymerase subunit ABC10-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 7.862048 KDa
配列文字列:
MSREGFVAPS GTDLAAAASG VAPNKHYGVK YTCGACAHNF SLNKSDPVRC KECGHRVIYK ARTKRMIQFD AR

+
分子 #13: Transcription elongation factor 1 homolog

分子名称: Transcription elongation factor 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 12.606896 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPGMGKRKSS ARKPAPKIKQ KLETQFTCLF CNHDNSVVCT LDKKNSIGLL ECKKCNLSFQ APINSLSQPI DIYSDWIDAC EAVAEENAD VNGDNFIEND GADREQDDDY DDEF

+
分子 #17: Transcription elongation factor SPT4

分子名称: Transcription elongation factor SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 12.039614 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MRERACMLCG IVLPGRVFMQ NGCPNCDSVL NLRDSDQATV NECTSSSFEG LVAVGDNEHS WVAKWLRVDR FQPGLYAVRV DGRLPSDIV AALEQYGVYY RPRDGSVID

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分子 #18: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 101.459422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGMSETHKN QLDKVSTVSP DGPSEAVKEH SLQSKDLSKN DGQFIVPLDR NVIEQEEHKQ VKSSAQAHNT TGDAADNEIE DGVPSEDVE FDKFKEDDYD EDDEVEEEGD IRSRKRRRHN QFLDVEAEVD DEEDDDDDDD DVELKHDFIQ DDHIQHETQN E GFIAGHVD ...文字列:
GPGMSETHKN QLDKVSTVSP DGPSEAVKEH SLQSKDLSKN DGQFIVPLDR NVIEQEEHKQ VKSSAQAHNT TGDAADNEIE DGVPSEDVE FDKFKEDDYD EDDEVEEEGD IRSRKRRRHN QFLDVEAEVD DEEDDDDDDD DVELKHDFIQ DDHIQHETQN E GFIAGHVD DDRLHRKLDQ SREKIADQDA QELADEFKQR YGRSASSKYM GSASTTAPQR LLIPTVDDPG IWGVKVRLGK EK DVVRQIL KKKLAREGTK NPLEIYSAFQ RDSFKGHVYI EARKAEAIND ALKGNVNVFS NNSKFLVGIV EYKDLLRPVK SSD VKLTRG SYVRVKNGKF KGDLAQVDEV LENGLEARLK LVPRLDYGKD LSHLSTSSSV DSTKNRRKFY TSKFRPAQRL FSEA EARVH EPTIRRDRDG FVTYGGEEYY EGFLYKTFRL QNLIVNSINP TLNELSLFQS NEESTTIDLS TIADSLKETA KNLVS FQPG DNVEIINGEL NHLTGTVSSV NQSTIVSVRL HSDDDTINSE TVEIPTSDLR KIFNVGDHVR VIHGKHTDDT GLIVEV NGD KVEFISNQTK RTVIVFSNYL IKSTDSTVSI NESGRFELHD LVQVNSDLVG IVIRAQKDSF DVLCSDGKLL SLPPVSI YS KLNLNPNQQI AIDSNGVEVK VGDTVREFTG ERRQGTILHV YRNFLFLRSR EIVENQGVFV TSSNRVKTIT SKSNGTGG Q ISGPDLSRMN PSRVIPPPSI PVANQRMTGR DPTLNKTVKI RQGGYKGKIG IVKEANGDRF RVELHNPNKT IPIPCSFLL IESTHGWVPY EDFVASDRRG GNIPRHEISG HVQQPQHGRA PAWGSGGKTP AWGSGGKTPA WGSGGSGGKT PAWGSGGKTP TWGSGAKTP AWGSGSKTPA WSGLDEEDRR DF

+
分子 #19: Transcription elongation factor Spt6

分子名称: Transcription elongation factor Spt6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 173.241625 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGMSAPSPS VSEEDINETR NSIDADASTV QDLLDQDAQE GSGSDNEGSN IVDSSEEDDD EDDEEEMQKV REGFIVDDDD ENDEDGIPS STKRKHRKKH KKRSAEVVEE VDEDDLQLLM ENSGAVPGQQ QNVKFKRLKR AEQDEKAQDS DSRGLNDMFS D EEGPGGVV ...文字列:
GPGMSAPSPS VSEEDINETR NSIDADASTV QDLLDQDAQE GSGSDNEGSN IVDSSEEDDD EDDEEEMQKV REGFIVDDDD ENDEDGIPS STKRKHRKKH KKRSAEVVEE VDEDDLQLLM ENSGAVPGQQ QNVKFKRLKR AEQDEKAQDS DSRGLNDMFS D EEGPGGVV EEGSEEEGLE DNLTTKTQRS GNLPHDEFDD FIEEDEFSDE DDEARDERLA RMRSAKAAPQ LAGLQGEQYQ EI IEIFGDG TDYQWTLDAE EEMEQPQQDQ EYDEAGEEIK GTTTSLADVF EPSELKEKML TDEDNVIRVT DLPERFQAYR KSI KNYKLS DVDYSNERDW IVEQLKLEKR DFLQHLTQAH SSVAHLEEKF EASVKKIVDF IAIESFEVPF IWNHRRDYAL HTYN DDSNN TIIVKLLNED DLWRIVQLDL DYHSIHDKKA ALSSIYKQLD LDVVDPTYEE FFGSARTLSE LQDIDDYLTF NYSSQ VKNL TAVAELSIEG NGSGEDEEQT TKSSFAEVKM KRKYSKYAIY DRIRQDAIYP VVQSIANISQ MRENLAQSKR LHQVED PIE SPMDMIADIM STEKDKTTFI SSEKAYQAVK QFFSEQLSYE PFIRKTIRTA FQSFGVINIE LTERGKLQIE PESPYFD FK YAKNRPISAL TATPDLYLRM IQAENDGLVN IKVELPMLST VVDHFYNILK SDGTSEISEK WNALRNDAWK QSLDKLIP L VQLNVKESIR RDCERVLYFQ VKNSFTKKID QAPYQPPTYA KGTIPRVLTL SFGEGNRGDA VLGVFMDDSG DVKSQIKFD EDFQSRDFSD SLTRYIKSNN INPDIIGISG FNIHTKKLFD KVNELVNEER LTIEYDNEYG YDREEDGRSD KHLIRVIYVN DETARLYQH SSKSSAEYPN RPQLAKYCIG LAKYIQSPLL EYLALDESMY SLHIHKHQNL LPREKLIDAV QTSIVDIVNL V GVDINEAV RAPYHALALP YVCGLGPRKA AGLIQSIQRI GSNLVNRAHL ITEQLTSKTV FLNMASFVYI VFDPDVERNP QG EMDLLDS TRIHPEDYSL ARKMAADALD IEDIDDDDES AMRNAIYEMV FPRSPPKDED DLTFKLDELI LDDYATELER KHQ LKKRST LQIIKEELQS RYREIRRDFH ILNEAEIFQL LTRETVDSFR KGMVIPVYVR KVESSYMSVS TQSLIAGNIQ RQDI LEPND RRDPREVYSV GQTVRACILD VDYYNFKCQL SLLRQFTENQ VAGLNVNRNP KFWDIESENR DRQEEIDKQR EESRE SRVI KHPFFHNMKS KEAEDYLAAR PVGDVVIRPS SKGSNHITIS WKVAPQLYQH IDVLEENKDD ANAIGRVLLV GKYRYH DLD ELLVEYVNNV ANKVELMVSH DKFMSDSLDY VKEWLERYSK ANGNRSHYIF TFNRKAPGWF FLLFKLNPTS EIKIWNV KA LPDGYLLANN VYPDTNSLCN GFKTLMSSRR QIKQRSNRAG GEYNNSHAGA YDNGYSNAPR Y

+
分子 #20: Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and R...

分子名称: Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 46.907785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGMSDEESE NKKLLDQVLP EKTDQETQPE ADAALAEQEA PENEPNEPAS DDDSDSDLSD ISDVDEEKVA EGLRYLDEQT AASLSKHKA AQPSSTHKKK EPTRRRPKQQ TARETQYEPD VVEDEAARRT RLFEEKLDAA IKRKPNKRKK NDDVDLEQMQ D ELIQQLKL ...文字列:
GPGMSDEESE NKKLLDQVLP EKTDQETQPE ADAALAEQEA PENEPNEPAS DDDSDSDLSD ISDVDEEKVA EGLRYLDEQT AASLSKHKA AQPSSTHKKK EPTRRRPKQQ TARETQYEPD VVEDEAARRT RLFEEKLDAA IKRKPNKRKK NDDVDLEQMQ D ELIQQLKL QMEESAIRDA NNIEQGKPAI FKLKLLPKVK DILLRANLAD SILDNNLLAS VRLWLEPLPD ASLPAYQIQK VL FDAIKSL PIKTSHLRES GLGKVMVFYQ KSKRVEPNLK RTAEKLISDW TRPIMGASDN YKDMRVRTQQ FDPAQFAESL PGR VSVRPQ EAKTLYEEAA ERRKRAAIPQ ARTAAYTIAP QVNTELLMSS ARRTLPSGVG SSLSGEDQYK RLNSRLNTMG TKRK SSAKK GGISIEGRGL PQ

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分子 #21: Component of the Paf1p complex

分子名称: Component of the Paf1p complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 124.979008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDHLIHNHH KHEHAHAEHD YKDDDDKEHL YFQGSSGSSG MSLLDQDYYL SALPEDKRAE LVTLQLTIPL KSGDEVVTID FNEDVDVSQ LCVLLESENA RPDLWLSAAK VFVSKGNIAG SQEIIRKALQ SNVILDSSAS VTSLFHNFSF WLSLMEYVST N SREDQFLE ...文字列:
MKDHLIHNHH KHEHAHAEHD YKDDDDKEHL YFQGSSGSSG MSLLDQDYYL SALPEDKRAE LVTLQLTIPL KSGDEVVTID FNEDVDVSQ LCVLLESENA RPDLWLSAAK VFVSKGNIAG SQEIIRKALQ SNVILDSSAS VTSLFHNFSF WLSLMEYVST N SREDQFLE YASNSLQASN SLDSGLILNG IGNGVLYAKS RRYDEALKEF DNLLKKKSTN ILAILGKAQI LYKRQKYSQA LE LYQKALT INPLIVPDPR LGIGLCFWHL NNKQLAEQAW HNSLKVHPQN NLNTKILICL AKFDYCFNES KDDDEFTALY RES LEFLHS CLKEDAKHPL LLMVLASYYF SKEDYEKVEK LCNLVLKENS RNAAFVSASH FWLARVAYHK EDYVQAQKQF KQAE DSQNS NTLAKLGYAQ CLIARNEVGD ATIYLEKFFK ENQDSKSSEM MLLLGIIYSQ SGKSYYKAII FLEKYVAVCQ EENYP ILPE AYLVLSRVYE NKDLNVALDY LMKANDILGD KANVYVLNNL GIYHFFRNNV SQSSDFFAQS LEALNNVSPQ NKEALS ITL HYNKARVEEV SNQSEAEKLY SKLMEKCPGY TSNKIRYIYL LALKSNGNNY ADVQQLLDDF PSDLEVRSFY GWFLKRY GR KNGLKQDLES QHHKDTLINY DKHDCYALLS LGNIYATIAR EMKVTDQKQN EIKRQQYLRA AQFYHKVLSI DPKNIYAA Q GIAIIFSDKE RTGLALEIFK KVRDTVQDLG TFINLGHCFM EAKQFGKAIE SYTIALEKFS NGMDSKLLVL IGRAWYHRG FYEKSMDAYK KALEVSEQAY QLSKLPALRF NIVFIQFQIA DFVKSLPNTQ RDLTTLENAL SGLNDAIKSL LKLAELEQPP YPSEDLKAR ATMGSNTLRN QLERAIQDQQ DYEMSIQEKL RTARRKQQLD EEKRLEQEQR RLEEARKRQE AELIKRQELI K QAEEWNKM DIDAAKDNND VLSEDGGEGE KKTTKKRKRK QKVSEDIAPD LDRINEENGN TEDYDPILDN EEEENYDEKD SE NKENGQN GQNEEVYPES EGDDEDDVTN TKRQKRSKGI VDEEDSE

+
分子 #22: RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit

分子名称: RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
分子量理論値: 62.301246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MSDKEQDLDE DLLALAGAGS DSESNSAYSP EQEVSRKSKK IVNDSEDENN DSDGEQLLN PYPLEDKFKD EADRARLLGL SEMEREAILY ERSQEVIKLK EKHLLSLRAK QSQLEKTARE GPKSSKTNKL S ELKKQREQ ...文字列:
MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MSDKEQDLDE DLLALAGAGS DSESNSAYSP EQEVSRKSKK IVNDSEDENN DSDGEQLLN PYPLEDKFKD EADRARLLGL SEMEREAILY ERSQEVIKLK EKHLLSLRAK QSQLEKTARE GPKSSKTNKL S ELKKQREQ KSKRQRSDEY SDEEDDYRYE EVGDNDDVEM SDNYIDEDDA VFVEPKKSSR SQELSKPATL SDINKIIFGR TA MSKYWYY PEFDDVVKGM YLRLNTGSGG NGFSPYKVVE VLGSQRIKGS AYGLNSKENN CDMYLKVAFP NQKEMVRPLF VFS DSSITH PEFDLFLREL DAEGLSVMDL RDVDYKYHQL KEMSSRSLSN DEVNSIVKMK QSLSSNTGFN TVLKKAQLQE ELEE ARDAH DHERVARIEA ELKSIGAESV VASKASSSML KIDQRNKKLN NRFIRKAEMA AVEKRKLRGT SESDPFYRLA TTARM FYKS ANLGADDSNQ PKTKAELEEE AKQEKKLEMQ KLESMVKSNY RNGGLDRIIS KIDFDFDLEL

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分子 #23: Leo1

分子名称: Leo1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 52.387715 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MSQELEQNRH SGEESPDPVL DANTSDVDDD GLDLFGDDDD EQPEAKPGQL DDSSNDAEE DEQEKAGKPE AKVTSHTKSV YDNGETLDIS LPIHPKSHIP QGKQDRWVVK LPDFLDINAE PFDPRPFEMN V KTHEDKNQ ...文字列:
MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MSQELEQNRH SGEESPDPVL DANTSDVDDD GLDLFGDDDD EQPEAKPGQL DDSSNDAEE DEQEKAGKPE AKVTSHTKSV YDNGETLDIS LPIHPKSHIP QGKQDRWVVK LPDFLDINAE PFDPRPFEMN V KTHEDKNQ ELLDKLIAVN TVRWRYAKSE TGGIFKETNS QIIQWEDGTY SLRVGSEIFD MFTTNTDDNY LVSEHNEEGI LM TESTLSK SVKLVPASFQ STTHQKLAKA LSAKQKKESY ARSVVTKEDP EERQRRLESQ ENERYRLERR RKQAEEEEDY DSY AVSTSR SRPSRASQMY NAADEDDDDD DVAIGRTLAS RRNNGYEDDG FIIDDEEEEE AVENDSADEE SENEGDDDEE DDEE AAERL NRLKRAGASK YTNEGEQAQS EPVKSEEADN ASQRDDAPRK KRRVILDDDE EEEE

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分子 #24: RNAP II-associated protein

分子名称: RNAP II-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 46.04598 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSAMTSSKSR QDYIAKVRYQ NDLPAPPCPP KLLKYEIEKE APQKEFLKDS RLLSALFSKD NFRYLMNETS DGLDVNYLRI PGIIENEKS LGKLFSSYKN LAIENLHPDD RLLLVDPNKS ATLNEESPVF FLRRPQYVSD GEKINLQNFT NKRKHQDMED T NPRSQLHS ...文字列:
GSAMTSSKSR QDYIAKVRYQ NDLPAPPCPP KLLKYEIEKE APQKEFLKDS RLLSALFSKD NFRYLMNETS DGLDVNYLRI PGIIENEKS LGKLFSSYKN LAIENLHPDD RLLLVDPNKS ATLNEESPVF FLRRPQYVSD GEKINLQNFT NKRKHQDMED T NPRSQLHS VERTFDEVID PRNKNRLQSL IHPRKKIKAV KAWHFFPDTS TFDQVFHSLK FVGSASLSKD RPLNEQLGQV SE TDSTSVN ASILTSLFKP IEINPHNKWI SLYAVTDKLS AESFRKSFNS IKDDNIVNRH VIYDHIKDFD QMFRGHKKLF EDF AISFDD ISDRAFFVPI VGRLELKKKR IVPGLVDMVN RTNYAHIRMD LRNPSTQETA IRDSRREQYD PVNYSSIQEE

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分子 #25: Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p,...

分子名称: Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 44.760652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MSEPLIALRQ AIKDKKPVGV NEGETIGNAK VLNIGEKQYS LDAPTSFVIN GKEFNLKVI YQCWVFRDSS SADYITECEK ENIDGISFVE RSELISWLKG EITSSAFIKG EKVGITEENG KNEGETKSNN K RKLSDDPL ...文字列:
MKDHLIHNHH KHEHAHAEHL YFQGSSGSSG MSEPLIALRQ AIKDKKPVGV NEGETIGNAK VLNIGEKQYS LDAPTSFVIN GKEFNLKVI YQCWVFRDSS SADYITECEK ENIDGISFVE RSELISWLKG EITSSAFIKG EKVGITEENG KNEGETKSNN K RKLSDDPL LKEIASNERV LIDHNKVLRG LKPKDFSSVA KDCELRILKE KPANAKSSDS NGRSSTSVSS SSKDARNKEP II VLSPAAS SLVRMSNVKE FLQEGKFLDP SKEPASSSNL LAIQRKSSRF KTPIKLLVVD NVEKLFTKSE YWDRVVAIVT TGK DWQFKN YKYKDPQILF QKFNGFYFKY KGDAVPASVK SWNVKVLDID RVERFSDRQV VEQFWDTVEN TLVAKRYKS

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分子 #26: Histone H3.3

分子名称: Histone H3.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.643262 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMARTKQT ARKSTGGKAP RKQLATKAAR KSAPSTGGVK KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQ SAAIGALQEA SEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDIQ LARRIRGERA

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分子 #27: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.676703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKG GKGLGKGGAK RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMD VVYALKRQGR TLYGFGG

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分子 #28: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.447825 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKQ GGKARAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYSERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGRVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK

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分子 #29: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.217516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMPEPAKS APAPKKGSKK AVTKAQKKDG KKRKRSRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIAGE ASRLAHYNK RSTITSREIQ TAVRLLLPGE LAKHAVSEGT KAVTKYTSAK

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分子 #30: FACT complex subunit

分子名称: FACT complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 115.220664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGMSEVKID PVAFKNRLGA IQRKLNSSNE IFQGITTLLV VVGSSDESNP YKKSTILHNW LLGYEFPATA LAITKNSITF LTSVGKAKY LTPLQNVTTV KILARNKDSE HNEALFDQFI DQLKSSVDDS KRLGVITKDK FTGSFYQDWL KKWDAAKSDF E LVDVATGL ...文字列:
GPGMSEVKID PVAFKNRLGA IQRKLNSSNE IFQGITTLLV VVGSSDESNP YKKSTILHNW LLGYEFPATA LAITKNSITF LTSVGKAKY LTPLQNVTTV KILARNKDSE HNEALFDQFI DQLKSSVDDS KRLGVITKDK FTGSFYQDWL KKWDAAKSDF E LVDVATGL SQATEYKDEE EQKFIRTASK ATVNMMTVFT DEVINIIDED LNFTNNQVVD KIENKIDDTK FWKTLEQNKS MK KLGGDFE IGQLDWCYRP IVQSGGKYEL KFSAESNDDK LTSGVILASL GLRYNSYCSN VSRTLLIDPS REINKNYDFL LEL RSYIMN QIKDGAVCKD VYAKALAMVN KDRPDLAKHF VKNIGSLIGL EFRDSTMVLN AKNDRVIHDG SVINLVLGFQ QLKD ESQPL GTYSLLIADT VRITGGEPIL LTDSPISRSE ISFYFKDEEG EDKKPRVKDE PTSRKIEKPE VSAPARGSKI LKSKL RNET TNTEEEKERL RKEIQKQLHE KIQKEGLARF NKSDAQDGNE NHAVFKRYES YVRESQIPSK VKNLRISIDP KAQTII LPI CGRPVPFHIN SFKNGSKNEE GDYMYIRLNF NSPGMGSSVK KTELPYEDGD DKEFVRSLTF RSTNKERMSE VFKAITE LK KTAVKRDQER KTMEDVVAQA QLVEFKGRPK KLENVFVRPA PDSKRVTGTL FIHQNGIRYQ SPVRSDHRVD ILFSNIKH L FFQPCKEELM VIIHCHLKTP LMIGKKKTFD VQFYREVSDV TVDETGNKKR RYRYGDEDEL EQEQEERRRK ALLDKEFRR FAEEISEASN GLLDLETPFR ELGFTGVPFR SSVLCLPTRD CLIQLIDTPF LVVTLEEIEV AHLERVQFGL KNFDLVFVFK DFSKPVVHI NTIPIEMLEF VKQWLTDVDI PYSEGAVNLN WGTIMKTIQA DPYEFFENGG WSFLGGGESD DEESEEEESE F QVSDEDPE DEDVSEEYSA AEDGSDFSEE DDSEGSIAGS EDESEEEFSD

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分子 #31: FACT complex subunit POB3

分子名称: FACT complex subunit POB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
分子量理論値: 60.29232 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGMSTVDFD TIFLNQSKAP GRFRITSSGL GWKPSSQVPT KGKTDPFLLP SGDILSVSWS RGYRGWELRV YTRNDKVIML DGFEQQDFQ QLKNEIQRTF NVNLEHKEHS LRGWNWGKTQ LTRAELVFNV NNRPAWEIPY SEISNSNLTG RHEISMELNP K TVDENHYE ...文字列:
GPGMSTVDFD TIFLNQSKAP GRFRITSSGL GWKPSSQVPT KGKTDPFLLP SGDILSVSWS RGYRGWELRV YTRNDKVIML DGFEQQDFQ QLKNEIQRTF NVNLEHKEHS LRGWNWGKTQ LTRAELVFNV NNRPAWEIPY SEISNSNLTG RHEISMELNP K TVDENHYE TLGDELVEVR LYVPGQIDKD EDSTEGQDTT EEAKSKSQLF YEQLKDKADF DTTSEAIVSF EDILFLTPRG RF EISMYAN NLRLRGQSYD YKIQNKNVLR IFSLPRLDDR HHLVILQVDP PLRQGQTRYP FLVMQFDRNE ELEVELNLSD EEY KSKYEG KLNRSYGTDS TYKILSHCLR GLTERRVITP GSFQSQHMQP GVNCSLKASE GQIYLLDKCL FFATKPCVYL PYSG IISVV TSRGTGQSTS RTFDIEVQFS GGSHTFANIN KDEQKPIEDF LKGQGVRVKN EKPAEFLGNA LVDDDDDSDD GDIAM GSAG EDDESVDEDF NAGSDSDVAE EYDSNAGSED EDSDASSGEP EKKKPKH

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分子 #14: DNA (198-MER)

分子名称: DNA (198-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 61.381906 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)

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分子 #16: DNA (198-MER)

分子名称: DNA (198-MER) / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 60.869977 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)

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分子 #15: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*GP*GP*UP...

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.008553 KDa
配列文字列:
UGUAAUCCCC UUGGCGGUU

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分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 10 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29919
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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