+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30946 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Staphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | amylopullulanase / ![]() | |||||||||
機能・相同性 | Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li D / Li X | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Staphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu 著者: Li D / Li X | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 90 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.9 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30946_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30946_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : The octamer of glycoside hydrolase family 57.
全体 | 名称: The octamer of glycoside hydrolase family 57. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: The octamer of glycoside hydrolase family 57.
超分子 | 名称: The octamer of glycoside hydrolase family 57. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Glycoside hydrolase, family 57
分子 | 名称: Glycoside hydrolase, family 57 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 43588 / DSM 3639 / JCM 9404 / F1 |
分子量 | 理論値: 75.983641 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: LEVLDKYSSL IKPKLINNIE AYMVFDKPAH KPNAEAKIYV LLNNHGSRRD IHYKIVSIDR NREVFSKRIN VDEKKFLIET ISIETPDKP GRFCYKLFID NEQIDNTCFL VGDPSSREQM YFTIVWHHHQ APNYLPDGRI HGPWAYIYVW SDLLKPYGKG P YHYHSVML ...文字列: LEVLDKYSSL IKPKLINNIE AYMVFDKPAH KPNAEAKIYV LLNNHGSRRD IHYKIVSIDR NREVFSKRIN VDEKKFLIET ISIETPDKP GRFCYKLFID NEQIDNTCFL VGDPSSREQM YFTIVWHHHQ APNYLPDGRI HGPWAYIYVW SDLLKPYGKG P YHYHSVML NIHPHFKATY NLSPSLLRQW QIAVEKGVEF VNGEKYDPNH EKIRLVEETL NNYREALFKG QIDVLTSIYA HT IGGFLTD VLGATNIVEE EIRYGKEVTS KIMGNNYNPQ GIWTPEMAFS MKLIPIYYDL DIKYTVLDDK FHFFHAEGNK DSQ YEPYMV IDTESKKYIT VFFRDHDLSD ILGFRNNFYS EPHAWRNAYE FALRVAEKWF DKNVKVLTIA LDGENWMSFS VNPP LTAYF LDKMIIYLET LSDNKFIKLS TLREIYNKVP ANRILTNIPT NSWLGTFRKW RGEVPQHEEY WIKTYSVYRK LLAYE EMIG GRDEFSNEAR WALWHALDSD YWWAEFWLPK IIDTWLSVAE NILNNRINKI QIIDVRPASE FYEDEKAGLV VTIRNQ LEK EIRVSFAIGG TGFSSVNNDL ETVKMNPNSS YTRIIPVKAK FIGKHKMVVS AISKGLIIDS KIIDINVKPK LLPNPRL EH HHHHH UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate |
グリッド | 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-7e1y: |