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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30440 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM analysis of the nonribosomal peptide synthetase, FmoA3 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sone K / Harada A / Kawai S / Urano N / Adachi N / Moriya T / Kawasaki M / Katsuyama Y / Senda T / Ohnishi Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Analyses of the Tridomain-Nonribosomal Peptide Synthetase FmoA3 for 4-Methyloxazoline Ring Formation. 著者: Yohei Katsuyama / Kaoru Sone / Ayaka Harada / Seiji Kawai / Naoki Urano / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Masato Kawasaki / Kazuo Shin-Ya / Toshiya Senda / Yasuo Ohnishi / ![]() 要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are attractive targets for bioengineering to generate useful peptides. FmoA3 is a single modular NRPS composed of heterocyclization (Cy), adenylation (A), and ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are attractive targets for bioengineering to generate useful peptides. FmoA3 is a single modular NRPS composed of heterocyclization (Cy), adenylation (A), and peptidyl carrier protein (PCP) domains. It uses α-methyl-l-serine to synthesize a 4-methyloxazoline ring, probably with another Cy domain in the preceding module FmoA2. Here, we determined the head-to-tail homodimeric structures of FmoA3 by X-ray crystallography (apo-form, with adenylyl-imidodiphosphate and α-methyl-l-seryl-AMP) and cryogenic electron microscopy single particle analysis, and performed site-directed mutagenesis experiments. The data revealed that α-methyl-l-serine can be accommodated in the active site because of the extra space around Ala688. The Cy domains of FmoA2 and FmoA3 catalyze peptide bond formation and heterocyclization, respectively. FmoA3's Cy domain seems to lose its donor PCP binding activity. The collective data support a proposed catalytic cycle of FmoA3. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 391.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 125.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 337.2 MB 337.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ltaC ![]() 6ltbC ![]() 6ltcC ![]() 6ltdC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.4 TB Data #1: Structural and functional analyses of the tridomain-nonribosomal peptide synthetase FmoA3 for 4-methyloxazoline ring formation [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_30440_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_30440_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of nonribosomal peptide synthetase, FmoA3
全体 | 名称: Structure of nonribosomal peptide synthetase, FmoA3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of nonribosomal peptide synthetase, FmoA3
超分子 | 名称: Structure of nonribosomal peptide synthetase, FmoA3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: FmoA3
分子 | 名称: FmoA3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTISVPGHGT LGAPDGAAAP GGEAAELPPL VPEPGDAGQP FPLTPTQQAL WVGRADAVDL GDIGCYGYFE WERPELDLA RYRRAWERLV AHHPGLRTVV RPDGTQHVLE RPGPVPITVE DLRQDPDAVR RLEESRAERG H RALDPGTW PMFDLRVVLL SGRVRVQLGI ...文字列: MTISVPGHGT LGAPDGAAAP GGEAAELPPL VPEPGDAGQP FPLTPTQQAL WVGRADAVDL GDIGCYGYFE WERPELDLA RYRRAWERLV AHHPGLRTVV RPDGTQHVLE RPGPVPITVE DLRQDPDAVR RLEESRAERG H RALDPGTW PMFDLRVVLL SGRVRVQLGI DLQLMDASSL FLNLFSDLVT LYDDPDAALA SQKLAFRDFA RW LEEDVRG GARWRADWAY WQERLDGLPP APDLPAARYG AQGPGKFERC MVRCPAEEFA LLRERALAHG LTE TELLVG AFAEVLRGWS SDPAFTLNVP VFQRFDVPGI EDVIGDYTNP ILLEARPEGR TVAERIVALA ARLR ADTRH ASVNGVEVLR ELARRRGLAA AAMPVVVTSL LGLPSAARSI TEFGTEVHSI TQTPQVSLDF QIRPE DGEL RLVWDHRSGA FAPGVVEGAF EAFLDLVGRM LADEPGHGVW EAPFADMRSR RDRAVWNETN DTAEPV PAV LLQERFFAQA RRTPDAEAVV ASGLRLTYDE LARHAYRIGN TLRERGVRPG DLVGVVMEKG WEQYAAV YG ILAAGGAYLP IDAASPRGRV ARLLESAGAG IVLTQSRLRD ELDLPAGTTV LRADTDFETA STAPLTPV Q GPDDPAYVIY TSGSTGEPKG VVVAHRGVAN LVRDVRRRFA VTPADRLLAL SGLHFDASVY DVFGPLACG ATVVVPPPFR RAEPDVWAEL VRDERVTFWN SVPVLLELLV GEAESRDDRP LATLRLAVVS GDWIPLDLPG RARAQAPGL RVVGSGGPTE TICWSLFHPI DAVDPQWTSI PYGKPIANQR YYIVDRDLRP RPTWARGEMA V ASPLGLAL GYLNDPERTA AKFVTLPGTG ERAYLTGDFG RLLPDGGIEI LGREDFQVKV AGQRIELGEI EA LLHRADG VRAAVVTAPR SSADVVRLQA FVVPETGARL SADALREHLS AELPAAMVPA AIRLLPELPL TAN GKVDRL ALARLAAAPE EAPEPEARTD YAPRTDVGLL AELVAACVAE LLGLDEVPTT GNFFRLGGDS LSGT RLASR LQDLLGAPVP IRTVFGNPVL GDLASAIAGD PAAGPQAIRV ARLLHTLEEP DEKPGEKPDA EPAGE PDAG SRT |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 8 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time was 15 seconds (blot force 25). | |||||||||
詳細 | This sample was mono-disperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1886 / 平均露光時間: 50.07 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |