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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28386 | |||||||||
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タイトル | Cryo-ET 3D reconstruction of an individual tri-nucleosome particle in 5 mM NaCl and 20 mM HEPES buffer --- Particle #096 | |||||||||
マップデータ | Cryo-ET 3D reconstruction of an individual tri-nucleosome particle in 5 mM NaCl and 20 mM HEPES buffer --- Particle #096 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleosome Array / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Zhang M / Celis CD / Liu JF / Bustamante C / Ren G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Individual-molecule 3D structures reveal nucleosome array dynamics and regulations 著者: Zhang M / Celis CD / Liu JF / Bustamante C / Ren G | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28386.map.gz | 27.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28386-v30.xml emd-28386.xml | 7.4 KB 7.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28386.png | 20.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28386.cif.gz | 3.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28386 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-ET 3D reconstruction of an individual tri-nucleosome particle in 5 mM NaCl and 20 mM HEPES buffer --- Particle #096 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.4 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Trinucleosome array
全体 | 名称: Trinucleosome array |
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要素 |
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-超分子 #1: Trinucleosome array
超分子 | 名称: Trinucleosome array / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 5 mM NaCl, 20 mM HEPES, 1 mM DTT, 1 mM EDTA |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277 K |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 5.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 35 |
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-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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