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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27430 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae cytochrome c oxidase (Complex IV) extracted in lipid nanodiscs | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cytochrome c oxidase (シトクロムcオキシダーゼ) / Complex IV (シトクロムcオキシダーゼ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 細胞呼吸 ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport / ミトコンドリア / ミトコンドリア / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Godoy AS / Song Y / Cheruvara H / Quigley A / Oliva G | |||||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae cytochrome c oxidase (Complex IV) extracted in lipid nanodiscs 著者: Godoy AS / Song Y / Cheruvara H / Quigley A / Oliva G | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27430.map.gz | 229.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27430-v30.xml emd-27430.xml | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27430_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27430.png | 44.2 KB | ||
マスクデータ | emd_27430_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-27430.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_27430_additional_1.map.gz emd_27430_half_map_1.map.gz emd_27430_half_map_2.map.gz | 217.2 MB 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dh6MC 8dh7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.829 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27430_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_27430_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27430_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27430_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Complex IV
+超分子 #1: Complex IV
+分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1
+分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2
+分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3
+分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
+分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
+分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
+分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
+分子 #8: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
+分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
+分子 #10: CALCIUM ION
+分子 #11: MAGNESIUM ION
+分子 #12: COPPER (II) ION
+分子 #13: HEME-A
+分子 #14: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #15: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.011775103 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |