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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26589 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Inactive NTSR1 Bound to SR48692 and Nb6 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled neurotensin receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / inositol phosphate catabolic process / G protein-coupled opioid receptor activity ...dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled neurotensin receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / inositol phosphate catabolic process / G protein-coupled opioid receptor activity / symmetric synapse / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / conditioned place preference / positive regulation of dopamine secretion / 知覚 / L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of arachidonic acid secretion / regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / maternal behavior / neuropeptide binding / receptor serine/threonine kinase binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of glutamate secretion / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / temperature homeostasis / eating behavior / response to lipid / regulation of membrane depolarization / behavioral response to cocaine / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / estrous cycle / neuropeptide signaling pathway / axon terminus / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / sensory perception of pain / 横行小管 / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / adult locomotory behavior / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / dendritic shaft / 学習 / 筋小胞体 / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / cellular response to glucose stimulus / response to nicotine / response to insulin / terminal bouton / cytoplasmic side of plasma membrane / synaptic vesicle membrane / response to estrogen / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / response to ethanol / defense response to virus / cellular response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / neuron projection / 免疫応答 / 脂質ラフト / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / 樹状突起 / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Robertson MJ / Skiniotis G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structure determination of inactive-state GPCRs with a universal nanobody. 著者: Michael J Robertson / Makaía M Papasergi-Scott / Feng He / Alpay B Seven / Justin G Meyerowitz / Ouliana Panova / Maria Claudia Peroto / Tao Che / Georgios Skiniotis / 要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite representing one of the largest classes of therapeutic targets, most inactive-state G protein-coupled receptors (GPCRs) have remained inaccessible for cryo-EM because their small size and membrane-embedded nature impedes projection alignment for high-resolution map reconstructions. Here we demonstrate that the same single-chain camelid antibody (nanobody) recognizing a grafted intracellular loop can be used to obtain cryo-EM structures of inactive-state GPCRs at resolutions comparable or better than those obtained by X-ray crystallography. Using this approach, we obtained structures of neurotensin 1 receptor bound to antagonist SR48692, μ-opioid receptor bound to alvimopan, apo somatostatin receptor 2 and histamine receptor 2 bound to famotidine. We expect this rapid, straightforward approach to facilitate the broad exploration of GPCR inactive states without the need for extensive engineering and crystallization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26589.map.gz | 118.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26589-v30.xml emd-26589.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26589.png | 102.4 KB | ||
その他 | emd_26589_additional_1.map.gz emd_26589_half_map_1.map.gz emd_26589_half_map_2.map.gz | 1.5 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26589 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8677 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26589_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26589_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26589_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of NTSR1 and Nb6
全体 | 名称: Complex of NTSR1 and Nb6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of NTSR1 and Nb6
超分子 | 名称: Complex of NTSR1 and Nb6 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: NTSR1
超分子 | 名称: NTSR1 / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Nb6
超分子 | 名称: Nb6 / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
-分子 #1: Neurotensin receptor 1
分子 | 名称: Neurotensin receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 47.084391 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAV YLALFVVGTV GNTVTLFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA G CRGYYFLR ...文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAV YLALFVVGTV GNTVTLFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA G CRGYYFLR DACTYATALN VASLSVERYL AICHPFKAKT LMSRSRTKKF ISAIWLASAL LAVPMLFTMG EQNRSADGQH AG GLVCTPT IHTATVKVVI QVNTFMSFIF PMVVISVLYT LMILRLKSVR LLSGSREKDR NLRRITRLVL AVVIAFVVCW LPY HVRRLM FCYISDEQWT PFLYDFYHYF YMVTNALFYV SSTINPILYN LVSANFRHIF LATLACLCPV WRRRRKRPAF SRKA DSVSS NHTLSSNATR ETLY |
-分子 #2: Nanobody 6
分子 | 名称: Nanobody 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 14.730255 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQVQLQESG GGLVQAGESL RLSCAASGTI FRLYDMGWYR RVSGNQRELV ASITSGGSTK YGDSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMSSLKP EDTAVYYCNA EYRTGIWEEL LDGWGQGTQV TVSSHHHHHH EPEA |
-分子 #3: 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3...
分子 | 名称: 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]adamantane-2-carboxylic acid タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: Q6Q |
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分子量 | 理論値: 587.065 Da |
Chemical component information | ChemComp-Q6Q: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 13 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.82 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 372987 |