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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26320 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the pancreatic ATP-sensitive potassium channel in the apo form with Kir6.2-CTD in the down conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | KATP channel (ATP感受性カリウムチャネル) / SUR1 / Kir6.2 / ATP (アデノシン三リン酸) / sulfonylurea receptor / potassium transport / metabolic sensor / trafficking defects / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of insulin secretion / ATP感受性カリウムチャネル / ABC-family proteins mediated transport / response to resveratrol / ventricular cardiac muscle tissue development / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / cell body fiber / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / CAMKK-AMPK signaling cascade ...Regulation of insulin secretion / ATP感受性カリウムチャネル / ABC-family proteins mediated transport / response to resveratrol / ventricular cardiac muscle tissue development / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / cell body fiber / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / CAMKK-AMPK signaling cascade / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / inward rectifier potassium channel activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / nervous system process / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inorganic cation transmembrane transport / 活動電位 / ankyrin binding / Ion homeostasis / response to ATP / response to testosterone / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / regulation of insulin secretion / axolemma / 介在板 / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity / potassium ion transmembrane transport / 横行小管 / heat shock protein binding / regulation of membrane potential / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of protein localization to plasma membrane / 筋鞘 / potassium ion transport / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / response to estradiol / presynaptic membrane / 核膜 / cellular response to tumor necrosis factor / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / glutamatergic synapse / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Shyng SL / Sung MW / Driggers CM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Mechanism of pharmacochaperoning in a mammalian K channel revealed by cryo-EM. 著者: Gregory M Martin / Min Woo Sung / Zhongying Yang / Laura M Innes / Balamurugan Kandasamy / Larry L David / Craig Yoshioka / Show-Ling Shyng / 要旨: ATP-sensitive potassium (K) channels composed of a pore-forming Kir6.2 potassium channel and a regulatory ABC transporter sulfonylurea receptor 1 (SUR1) regulate insulin secretion in pancreatic β- ...ATP-sensitive potassium (K) channels composed of a pore-forming Kir6.2 potassium channel and a regulatory ABC transporter sulfonylurea receptor 1 (SUR1) regulate insulin secretion in pancreatic β-cells to maintain glucose homeostasis. Mutations that impair channel folding or assembly prevent cell surface expression and cause congenital hyperinsulinism. Structurally diverse K inhibitors are known to act as pharmacochaperones to correct mutant channel expression, but the mechanism is unknown. Here, we compare cryoEM structures of a mammalian K channel bound to pharmacochaperones glibenclamide, repaglinide, and carbamazepine. We found all three drugs bind within a common pocket in SUR1. Further, we found the N-terminus of Kir6.2 inserted within the central cavity of the SUR1 ABC core, adjacent the drug binding pocket. The findings reveal a common mechanism by which diverse compounds stabilize the Kir6.2 N-terminus within SUR1's ABC core, allowing it to act as a firm 'handle' for the assembly of metastable mutant SUR1-Kir6.2 complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26320.map.gz | 1.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26320-v30.xml emd-26320.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26320.png | 113.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26320.cif.gz | 4.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26320 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26320 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uqrMC 7tysC 7tytC 7u1eC 7u1qC 7u1sC 7u24C 7u2xC 7u6yC 7u7mC 7uaaC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.826 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KATP-ATP-CTDup
全体 | 名称: KATP-ATP-CTDup |
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要素 |
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-超分子 #1: KATP-ATP-CTDup
超分子 | 名称: KATP-ATP-CTDup / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) |
-超分子 #2: Kir6.2
超分子 | 名称: Kir6.2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Adenovirus-based infection of INS-1 cells |
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由来(天然) | 生物種: Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) |
-超分子 #3: SUR1
超分子 | 名称: SUR1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Adenovirus-based infection of INS-1 cells |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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得られたモデル | PDB-7uqr: |