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- EMDB-26308: Cryo-EM structure of the pancreatic ATP-sensitive potassium chann... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26308
タイトルCryo-EM structure of the pancreatic ATP-sensitive potassium channel bound to ATP and glibenclamide with Kir6.2-CTD in the down conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: KATP-GBC-ATP-CTDdown
    • 複合体: Kir6.2
      • タンパク質・ペプチド: Kir6.2
    • 複合体: SUR1ABCC8
      • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 8 (SUR1)
キーワードKATP channel (ATP感受性カリウムチャネル) / SUR1 / Kir6.2 / glibenclamide (グリベンクラミド) / GBC / GBM / sulfonylurea receptor / potassium transport / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / metabolic sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of insulin secretion / ATP感受性カリウムチャネル / ABC-family proteins mediated transport / response to resveratrol / ventricular cardiac muscle tissue development / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / cell body fiber / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / CAMKK-AMPK signaling cascade ...Regulation of insulin secretion / ATP感受性カリウムチャネル / ABC-family proteins mediated transport / response to resveratrol / ventricular cardiac muscle tissue development / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / cell body fiber / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / CAMKK-AMPK signaling cascade / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / inward rectifier potassium channel activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / nervous system process / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inorganic cation transmembrane transport / 活動電位 / ankyrin binding / Ion homeostasis / response to ATP / response to testosterone / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / regulation of insulin secretion / axolemma / 介在板 / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity / potassium ion transmembrane transport / 横行小管 / heat shock protein binding / regulation of membrane potential / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of protein localization to plasma membrane / 筋鞘 / potassium ion transport / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / response to estradiol / presynaptic membrane / 核膜 / cellular response to tumor necrosis factor / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / glutamatergic synapse / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / ABC transporter transmembrane region ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin E-set / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 / ATP-binding cassette sub-family C member 8
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Shyng SL / Sung MW / Driggers CM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK066485-13 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Mechanism of pharmacochaperoning in a mammalian K channel revealed by cryo-EM.
著者: Gregory M Martin / Min Woo Sung / Zhongying Yang / Laura M Innes / Balamurugan Kandasamy / Larry L David / Craig Yoshioka / Show-Ling Shyng /
要旨: ATP-sensitive potassium (K) channels composed of a pore-forming Kir6.2 potassium channel and a regulatory ABC transporter sulfonylurea receptor 1 (SUR1) regulate insulin secretion in pancreatic β- ...ATP-sensitive potassium (K) channels composed of a pore-forming Kir6.2 potassium channel and a regulatory ABC transporter sulfonylurea receptor 1 (SUR1) regulate insulin secretion in pancreatic β-cells to maintain glucose homeostasis. Mutations that impair channel folding or assembly prevent cell surface expression and cause congenital hyperinsulinism. Structurally diverse K inhibitors are known to act as pharmacochaperones to correct mutant channel expression, but the mechanism is unknown. Here, we compare cryoEM structures of a mammalian K channel bound to pharmacochaperones glibenclamide, repaglinide, and carbamazepine. We found all three drugs bind within a common pocket in SUR1. Further, we found the N-terminus of Kir6.2 inserted within the central cavity of the SUR1 ABC core, adjacent the drug binding pocket. The findings reveal a common mechanism by which diverse compounds stabilize the Kir6.2 N-terminus within SUR1's ABC core, allowing it to act as a firm 'handle' for the assembly of metastable mutant SUR1-Kir6.2 complexes.
履歴
登録2022年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26308.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26308.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.399 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-6.105782 - 9.164749
平均 (標準偏差)0.000000000008044 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin754975
サイズ81107122
Spacing12281107
セルA: 170.67801 Å / B: 113.319 Å / C: 149.69301 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KATP-GBC-ATP-CTDdown

全体名称: KATP-GBC-ATP-CTDdown
要素
  • 複合体: KATP-GBC-ATP-CTDdown
    • 複合体: Kir6.2
      • タンパク質・ペプチド: Kir6.2
    • 複合体: SUR1ABCC8
      • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 8 (SUR1)

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超分子 #1: KATP-GBC-ATP-CTDdown

超分子名称: KATP-GBC-ATP-CTDdown / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Cricetus cricetus (クロハラハムスクー)

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超分子 #2: Kir6.2

超分子名称: Kir6.2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Adenovirus-based infection of INS-1 cells
由来(天然)生物種: Cricetus cricetus (クロハラハムスクー)

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超分子 #3: SUR1

超分子名称: SUR1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Adenovirus-based infection of INS-1 cells
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Kir6.2

分子名称: Kir6.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Kir6.2 tetramer / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PTEPRYRTRE RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWP HTLLIFTMSF LCSWLLFAMV WWLIAFAHGD LAPGEGTNVP CVTSIHSFSS A FLFSIEVQ VTIGFGGRMV TEECPLAILI LIVQNIVGLM INAIMLGCIF ...文字列:
MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PTEPRYRTRE RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWP HTLLIFTMSF LCSWLLFAMV WWLIAFAHGD LAPGEGTNVP CVTSIHSFSS A FLFSIEVQ VTIGFGGRMV TEECPLAILI LIVQNIVGLM INAIMLGCIF MKTAQAHRRA ET LIFSKHA VITLRHGRLC FMLRVGDLRK SMIISATIHM QVVRKTTSPE GEVVPLHQVD IPM ENGVGG NSIFLVAPLI IYHVIDSNSP LYDLAPSDLH HHQDLEIIVI LEGVVETTGI TTQA RTSYL ADEILWGQRF VPIVAEEDGR YSVDYSKFGN TVKVPTPLCT ARQLDEDRSL LDALT LASS RGPLRKRSVA VAKAKPKFSI SPDSLS

UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11

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分子 #2: ATP-binding cassette sub-family C member 8 (SUR1)

分子名称: ATP-binding cassette sub-family C member 8 (SUR1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: SUR1 subunit / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetus cricetus (クロハラハムスクー)
組換発現生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: MPLAFCGTEN HSAAYRVDQG VLNNGCFVDA LNVVPHVFLL FITFPILFIG WGSQSSKVHI HHSTWLHFP GHNLRWILTF ILLFVLVCEI AEGILSDGVT ESRHLHLYMP AGMAFMAAIT S VVYYHNIE TSNFPKLLIA LLIYWTLAFI TKTIKFVKFY DHAIGFSQLR ...文字列:
MPLAFCGTEN HSAAYRVDQG VLNNGCFVDA LNVVPHVFLL FITFPILFIG WGSQSSKVHI HHSTWLHFP GHNLRWILTF ILLFVLVCEI AEGILSDGVT ESRHLHLYMP AGMAFMAAIT S VVYYHNIE TSNFPKLLIA LLIYWTLAFI TKTIKFVKFY DHAIGFSQLR FCLTGLLVIL YG MLLLVEV NVIRVRRYIF FKTPREVKPP EDLQDLGVRF LQPFVNLLSK GTYWWMNAFI KTA HKKPID LRAIAKLPIA MRALTNYQRL CVAFDAQARK DTQSPQGARA IWRALCHAFG RRLI LSSTF RILADLLGFA GPLCIFGIVD HLGKENHVFQ PKTQFLGVYF VSSQEFLGNA YVLAV LLFL ALLLQRTFLQ ASYYVAIETG INLRGAIQTK IYNKIMHMST SNLSMGEMTA GQICNL VAI DTNQLMWFFF LCPNLWTMPV QIIVGVILLY YILGVSALIG AAVIILLAPV QYFVATK LS QAQRTTLEHS NERLKQTNEM LRGMKLLKLY AWESIFCSRV EVTRRKEMTS LRAFAVYT S ISIFMNTAIP IAAVLITFVG HVSFFKESDL SPSVAFASLS LFHILVTPLF LLSSVVRST VKALVSVQKL SEFLSSAEIR EEQCAPREPA PQGQAGKYQA VPLKVVNRKR PAREEVRDLL GPLQRLAPS MDGDADNFCV QIIGGFFTWT PDGIPTLSNI TIRIPRGQLT MIVGQVGCGK S SLLLATLG EMQKVSGAVF WNSNLPDSEG EDPSSPERET AAGSDIRSRG PVAYASQKPW LL NATVEEN ITFESPFNKQ RYKMVIEACS LQPDIDILPH GDQTQIGERG INLSGGQRQR ISV ARALYQ QTNVVFLDDP FSALDVHLSD HLMQAGILEL LRDDKRTVVL VTHKLQYLPH ADWI IAMKD GTIQREGTLK DFQRSECQLF EHWKTLMNRQ DQELEKETVM ERKASEPSQG LPRAM SSRD GLLLDEEEEE EEAAESEEDD NLSSVLHQRA KIPWRACTKY LSSAGILLLS LLVFSQ LLK HMVLVAIDYW LAKWTDSALV LSPAARNCSL SQECDLDQSV YAMVFTLLCS LGIVLCL VT SVTVEWTGLK VAKRLHRSLL NRIILAPMRF FETTPLGSIL NRFSSDCNTI DQHIPSTL E CLSRSTLLCV SALTVISYVT PVFLVALLPL AVVCYFIQKY FRVASRDLQQ LDDTTQLPL VSHFAETVEG LTTIRAFRYE ARFQQKLLEY TDSNNIASLF LTAANRWLEV CMEYIGACVV LIAAATSIS NSLHRELSAG LVGLGLTYAL MVSNYLNWMV RNLADMEIQL GAVKRIHALL K TEAESYEG LLAPSLIPKN WPDQGKIQIQ NLSVRYDSSL KPVLKHVNTL ISPGQKIGIC GR TGSGKSS FSLAFFRMVD MFEGRIIIDG IDIAKLPLHT LRSRLSIILQ DPVLFSGTIR FNL DPEKKC SDSTLWEALE IAQLKLVVKA LPGGLDAIIT EGGENFSQGQ RQLFCLARAF VRKT SIFIM DEATASIDMA TENILQKVVM TAFADRTVVT IAHRVHTILS ADLVMVLKRG AILEF DKPE TLLSQKDSVF ASFVRADK

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7073

初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 13000

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6baa

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6baa

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6baa

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6baa

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6pz9

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7u6y:
Cryo-EM structure of the pancreatic ATP-sensitive potassium channel in the presence of glibenclamide and ATP with Kir6.2-CTD in the down conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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