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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Roco protein from C. tepidum in the GTP state bound to an activating Nanobody | ||||||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Galicia C / Fislage M / Versees W | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the GTP-driven monomerization and activation of a bacterial LRRK2 homolog using allosteric nanobodies. 著者: Christian Galicia / Giambattista Guaitoli / Marcus Fislage / Christian Johannes Gloeckner / Wim Versées / ![]() ![]() 要旨: Roco proteins entered the limelight after mutations in human LRRK2 were identified as a major cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a large and complex protein combining a GTPase and ...Roco proteins entered the limelight after mutations in human LRRK2 were identified as a major cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a large and complex protein combining a GTPase and protein kinase activity, and disease mutations increase the kinase activity, while presumably decreasing the GTPase activity. Although a cross-communication between both catalytic activities has been suggested, the underlying mechanisms and the regulatory role of the GTPase domain remain unknown. Several structures of LRRK2 have been reported, but structures of Roco proteins in their activated GTP-bound state are lacking. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy to solve the structure of a bacterial Roco protein (CtRoco) in its GTP-bound state, aided by two conformation-specific nanobodies: Nb and Nb. This structure presents CtRoco in an active monomeric state, featuring a very large GTP-induced conformational change using the LRR-Roc linker as a hinge. Furthermore, this structure shows how Nb and Nb collaborate to activate CtRoco in an allosteric way. Altogether, our data provide important new insights into the activation mechanism of Roco proteins, with relevance to LRRK2 regulation, and suggest new routes for the allosteric modulation of their GTPase activity. #1: ![]() タイトル: Structural insights in the GTP-driven monomerization and activation of a bacterial LRRK2 homologue using allosteric nanobodies 著者: Galicia C / Guaitoli G / Fislage M / Gloeckner CJ / Versees W | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 31.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 50.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2415 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18879_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18879_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CtRoco in the active GTP state bound to the activating Nanobody N...
全体 | 名称: CtRoco in the active GTP state bound to the activating Nanobody NbRoco1 |
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要素 |
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-超分子 #1: CtRoco in the active GTP state bound to the activating Nanobody N...
超分子 | 名称: CtRoco in the active GTP state bound to the activating Nanobody NbRoco1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: CtRoco
分子 | 名称: CtRoco / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: CtRoco bound to GTPgammaS / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAMGSMSDLD VIRQIEQELG MQLEPVDKLK WYSKGYKLDK DQRVTAIGLY DCGSDTLDRI IQP LESLKS LSELSLSSNQ ITDISPLASL NSLSMLWLDR NQITDIAPLA SLNSLSMLWL FGNKISDIAP L ESLKSLTE LQLSSNQITD IAPLASLKSL TELSLSGNNI ...文字列: GAMGSMSDLD VIRQIEQELG MQLEPVDKLK WYSKGYKLDK DQRVTAIGLY DCGSDTLDRI IQP LESLKS LSELSLSSNQ ITDISPLASL NSLSMLWLDR NQITDIAPLA SLNSLSMLWL FGNKISDIAP L ESLKSLTE LQLSSNQITD IAPLASLKSL TELSLSGNNI SDIAPLESLK SLTELSLSSN QITDIAPLAS L KSLTELSL SSNQISDIAP LESLKSLTEL QLSRNQISDI APLESLKSLT ELQLSSNQIT DIAPLASLKS L TELQLSRN QISDIAPLES LNSLSKLWLN GNQITDIAPL ASLNSLTELE LSSNQITDIA PLASLKSLS TLWLSSNQIS DIAPLASLES LSELSLSSNQ ISDISPLASL NSLTGFDVRR NPIKRLPETI TGFDMEIL W NDFSSSGFIT FFDNPLESPP PEIVKQGKEA VRQYFQSIEE ARSKGEALVH LQEIKVHLIG DGMA GKTSL LKQLIGETFD PKESQTHGLN VVTKQAPNIK GLENDDELKE CLFHFWDFGG QEIMHASH Q FFMTRSSVYM LLLDSRTDSN KHYWLRHIEK YGGKSPVIVV MNKIDENPSY NIEQKKINER FPA IENRFH RISCKNGDGV ESIAKSLKSA VLHPDSIYGT PLAPSWIKVK EKLVEATTAQ RYLNRTEVE KICNDSGITD PGERKTLLGY LNNLGIVLYF EALDLSEIYV LDPHWVTIGV YRIINSSKTK NGHLN TSAL GYILNEEQIR CDEYDPAKNN KFTYTLLEQR YLLDIMKQFE LCYDEGKGLF IIPSNLPTQI D NEPEITEG EPLRFIMKYD YLPSTIIPRL MIAMQHQILD RMQWRYGMVL KSQDHEGALA KVVAE TKDS TITIAIQGEP RCKREYLSII WYEIKKINAN FTNLDVKEFI PLPGHPDELV EYKELLGLEK MG RDEYVSG KLEKVFSVSK MLDSVISKEE RNKERLMGDI NIKLENIGNP TIPIHQQVEV NVSQETV QH VENLQGFFEN LKADILREAE LEIDDPKERK RLANELELAE NAITKMDAAV KSGKNKLKPD V KDRLGEFI DNLANENSRL RKGIALVMNG AEKVQKLARY YNNVAPFFDL PSVPPVLLGK EKT |
-分子 #2: NbRoco1
分子 | 名称: NbRoco1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCANSGLTFS TYTMGWFRQA PGKEREFVAA IRWSGTSTYY QDHADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSLK PEDTAVYYCA ASRLRAGVKA PSEYDYWGQG TQVTVSSHHH HHHEPEA |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.08 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |