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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1874 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional model of Salmonella's needle complex at subnanometer resolution | |||||||||
マップデータ | This in an image of a surface rendered, extracted volume of the IR1 from the needle complex from Salmonella typhimurium | |||||||||
試料 |
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キーワード | type III secretion / IR1 / inner membrane ring / C24-fold | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Schraidt O / Marlovits TC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2011 タイトル: Three-dimensional model of Salmonella's needle complex at subnanometer resolution. 著者: Oliver Schraidt / Thomas C Marlovits / 要旨: Type III secretion systems (T3SSs) are essential virulence factors used by many Gram-negative bacteria to inject proteins that make eukaryotic host cells accessible to invasion. The T3SS core ...Type III secretion systems (T3SSs) are essential virulence factors used by many Gram-negative bacteria to inject proteins that make eukaryotic host cells accessible to invasion. The T3SS core structure, the needle complex (NC), is a ~3.5 megadalton-sized, oligomeric, membrane-embedded complex. Analyzing cryo-electron microscopy images of top views of NCs or NC substructures from Salmonella typhimurium revealed a 24-fold symmetry for the inner rings and a 15-fold symmetry for the outer rings, giving an overall C3 symmetry. Local refinement and averaging showed the organization of the central core and allowed us to reconstruct a subnanometer composite structure of the NC, which together with confident docking of atomic structures reveal insights into its overall organization and structural requirements during assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1874.map.gz | 25.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1874-v30.xml emd-1874.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1874.jpg | 1.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1874 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1874_validation.pdf.gz | 244 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1874_full_validation.pdf.gz | 243.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1874_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1874 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This in an image of a surface rendered, extracted volume of the IR1 from the needle complex from Salmonella typhimurium | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Needle complex of the type III secretion system from Salmonella t...
全体 | 名称: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella typhimurium - periplasmic domain of the inner membrane associated ring IR1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella t...
超分子 | 名称: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella typhimurium - periplasmic domain of the inner membrane associated ring IR1 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 2 |
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-分子 #1: Protein PrgH
分子 | 名称: Protein PrgH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Protein PrgH / 集合状態: 24mer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 細胞中の位置: Membrane |
-分子 #2: Protein PrgK
分子 | 名称: Protein PrgK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Protein PrgK / 集合状態: 24mer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 細胞中の位置: Membrane |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 0.5M NaCl, 0.1% LDAO |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C24 (24回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid Body. Based on the homolog EscJ (PDB entry above) a model was built for PrgK (Swissmodel) which was subsequently used for the fitting experiment (rigid body, Chimera), each chain was fitted separately |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation |
得られたモデル | PDB-2y9j: |