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万見
- EMDB-15487: SDBC and SOD assembly, composite map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15487
タイトルSDBC and SOD assembly, composite map
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: SDBC and SOD assembly, composite map
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Farci D / Piano D
資金援助 ポーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Polish National Science CentrePRO-2017/26/E/NZ1/00344 ポーランド
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: The SDBC is active in quenching oxidative conditions and bridges the cell envelope layers in Deinococcus radiodurans.
著者: Domenica Farci / André T Graça / Luca Iesu / Daniele de Sanctis / Dario Piano /
要旨: Deinococcus radiodurans is known for its remarkable ability to withstand harsh stressful conditions. The outermost layer of its cell envelope is a proteinaceous coat, the S-layer, essential for ...Deinococcus radiodurans is known for its remarkable ability to withstand harsh stressful conditions. The outermost layer of its cell envelope is a proteinaceous coat, the S-layer, essential for resistance to and interactions with the environment. The S-layer Deinoxanthin-binding complex (SDBC), one of the main units of the characteristic multilayered cell envelope of this bacterium, protects against environmental stressors and allows exchanges with the environment. So far, specific regions of this complex, the collar and the stalk, remained unassigned. Here, these regions are resolved by cryo-EM and locally refined. The resulting 3D map shows that the collar region of this multiprotein complex is a trimer of the protein DR_0644, a Cu-only superoxide dismutase (SOD) identified here to be efficient in quenching reactive oxygen species. The same data also showed that the stalk region consists of a coiled coil that extends into the cell envelope for ∼280 Å, reaching the inner membrane. Finally, the orientation and localization of the complex are defined by in situ cryo-electron crystallography. The structural organization of the SDBC couples fundamental UV antenna properties with the presence of a Cu-only SOD, showing here coexisting photoprotective and chemoprotective functions. These features suggests how the SDBC and similar protein complexes, might have played a primary role as evolutive templates for the origin of photoautotrophic processes by combining primary protective needs with more independent energetic strategies.
履歴
登録2022年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15487.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 703 pix.
= 575.054 Å		0.82 Å/pix.
x 642 pix.
= 525.156 Å		0.82 Å/pix.
x 642 pix.
= 525.156 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.818 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-0.4256629 - 0.75490254
平均 (標準偏差)-0.00034609254 (±0.007647016)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-1-62
サイズ642642703
Spacing642642703
セルA: 525.156 Å / B: 525.156 Å / C: 575.054 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SDBC and SOD assembly, composite map

全体名称: SDBC and SOD assembly, composite map
要素
  • 複合体: SDBC and SOD assembly, composite map

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超分子 #1: SDBC and SOD assembly, composite map

超分子名称: SDBC and SOD assembly, composite map / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: This map is a composite map of the maps with deposition codes EMD-15382 and EMD-15384, and it is the composite map for the model with deposition code PDB-8AGD. The map has to be used as a ...詳細: This map is a composite map of the maps with deposition codes EMD-15382 and EMD-15384, and it is the composite map for the model with deposition code PDB-8AGD. The map has to be used as a consensus map of the full structure (PDB-8AGD).
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
分子量理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: This map is a composite map of the maps with deposition codes EMD-15382 and EMD-15384, and it is the composite map for the model with deposition code PDB-8AGD. This map is a composite map of ...詳細: This map is a composite map of the maps with deposition codes EMD-15382 and EMD-15384, and it is the composite map for the model with deposition code PDB-8AGD. This map is a composite map of the maps with deposition codes EMD-15382 and EMD-15384, and it is the composite map for the model with deposition code PDB-8AGD. The map has to be used as a consensus map of the full structure (PDB-8AGD).
使用した粒子像数: 252122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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