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- EMDB-14870: Monomeric PSI of Chlamydomonas reinhardtii at 2.31 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14870
タイトルMonomeric PSI of Chlamydomonas reinhardtii at 2.31 A resolution
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
  • リガンド: x 14種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily ...Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic ...Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Naschberger A / Amunts A
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchARC19-0051 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
German Federal Ministry for Education and ResearchNRW 28 313-WO44A ドイツ
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483- 207/2018 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2022
タイトル: Algal photosystem I dimer and high-resolution model of PSI-plastocyanin complex.
著者: Andreas Naschberger / Laura Mosebach / Victor Tobiasson / Sebastian Kuhlgert / Martin Scholz / Annemarie Perez-Boerema / Thi Thu Hoai Ho / André Vidal-Meireles / Yuichiro Takahashi / Michael ...著者: Andreas Naschberger / Laura Mosebach / Victor Tobiasson / Sebastian Kuhlgert / Martin Scholz / Annemarie Perez-Boerema / Thi Thu Hoai Ho / André Vidal-Meireles / Yuichiro Takahashi / Michael Hippler / Alexey Amunts /
要旨: Photosystem I (PSI) enables photo-electron transfer and regulates photosynthesis in the bioenergetic membranes of cyanobacteria and chloroplasts. Being a multi-subunit complex, its macromolecular ...Photosystem I (PSI) enables photo-electron transfer and regulates photosynthesis in the bioenergetic membranes of cyanobacteria and chloroplasts. Being a multi-subunit complex, its macromolecular organization affects the dynamics of photosynthetic membranes. Here we reveal a chloroplast PSI from the green alga Chlamydomonas reinhardtii that is organized as a homodimer, comprising 40 protein subunits with 118 transmembrane helices that provide scaffold for 568 pigments. Cryogenic electron microscopy identified that the absence of PsaH and Lhca2 gives rise to a head-to-head relative orientation of the PSI-light-harvesting complex I monomers in a way that is essentially different from the oligomer formation in cyanobacteria. The light-harvesting protein Lhca9 is the key element for mediating this dimerization. The interface between the monomers is lacking PsaH and thus partially overlaps with the surface area that would bind one of the light-harvesting complex II complexes in state transitions. We also define the most accurate available PSI-light-harvesting complex I model at 2.3 Å resolution, including a flexibly bound electron donor plastocyanin, and assign correct identities and orientations to all the pigments, as well as 621 water molecules that affect energy transfer pathways.
履歴
登録2022年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.12362681 - 0.32069665
平均 (標準偏差)5.9569298e-05 (±0.004625395)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14870_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14870_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14870_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii

全体名称: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii光化学系I
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic (Lhca4)
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii

超分子名称: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量実験値: 700 KDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 83.239203 KDa
配列文字列: MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV ...文字列:
MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV MAAAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLGGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPVNKLL DAGVDPKEIP LP HDLLLNR AIMADLYPSF AKGIAPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HVAIAVLFLV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHRGPFTGE GHVGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHTW IGGF CIVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWIQNTHFLA PQLTAPNALA ATSLTWGGDL VAVGGKVAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVT ASGVSHITGG NFAQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIISVG

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 82.184266 KDa
配列文字列: MATKLFPKFS QGLAQDPTTR RIWYGLAMAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLSIIFL WTSGNLFHVA WQGNFEQWVT DPVHIRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNISTS GVYQWWYTIG MRTNQDLYVG SVFLALVSAI FLFAGWLHLQ P NFQPSLSW ...文字列:
MATKLFPKFS QGLAQDPTTR RIWYGLAMAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLSIIFL WTSGNLFHVA WQGNFEQWVT DPVHIRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNISTS GVYQWWYTIG MRTNQDLYVG SVFLALVSAI FLFAGWLHLQ P NFQPSLSW FKDAESRLNH HLSGLFGVSS LAWTGHLVHV AIPESRGQHV GWDNFLSVLP HPQGLTPFFT GNWAAYAQSP DT ASHVFGT AQGSGQAILT FLGGFHPQTQ SLWLTDMAHH HLAIAVIFIV AGHMYRTNFG IGHRMQAILE AHTPPSGSLG AGH KGLFDT VNNSLHFQLG LALASVGTIT SLVAQHMYSL PPYAFQAIDF TTQAALYTHH QYIAGFIMCG AFAHGAIFFI RDYD PEQNK GNVLARMLDH KEALISHLSW VSLFLGFHTL GLYVHNDVMQ AFGTPEKQIL IEPVFAQWIQ AAHGKALYGF DFLLS SKTS AAFANGQSLW LPGWLDAINN NQNSLFLTIG PGDFLVHHAI ALGLHTTTLI LVKGALDARG SKLMPDKKDF GYSFPC DGP GRGGTCDISA YDAFYLAVFW MLNTIGWVTF YWHWKHLTLW QGNVAQFDES STYLMGWLRD YLWLNSSQLI NGYNPFG MN SLSVWAWTFL FGHLIYATGF MFLISWRGYW QELIETLVWA HEKTPLANLV YWKDKPVALS IVQARLVGLA HFSVGYIF T YAAFLIASTS GRFG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.869325 KDa
配列文字列:
MAHIVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKASQMA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG SESTRSMGLS Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.372887 KDa
配列文字列: MAVMMRTQAP AATRASSRVA VAARPAARRA VVVRAEAEAA PAAAKKAAEK PAWTVPTLNP DTPSPIFGGS TGGLLRKAQT EEFYVITWE AKKEQIFEMP TGGAAIMRQG PNLLKFGKKE QCLALTTQLR NKFKLTPCFY RVFPDGKVQY LHPADGVYPE K VNAGRVGA ...文字列:
MAVMMRTQAP AATRASSRVA VAARPAARRA VVVRAEAEAA PAAAKKAAEK PAWTVPTLNP DTPSPIFGGS TGGLLRKAQT EEFYVITWE AKKEQIFEMP TGGAAIMRQG PNLLKFGKKE QCLALTTQLR NKFKLTPCFY RVFPDGKVQY LHPADGVYPE K VNAGRVGA NQNMRRIGQN VNPIKVKFSG RMMSPAEI

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.786395 KDa
配列文字列:
MQALSSRVNI AAKPQRAQRL VVRAEEVKAA PKKEVGPKRG SLVKILRPES YWFNQVGKVV SVDQSGVRYP VVVRFENQNY AGVTTNNYA LDEVVAAK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 24.088936 KDa
配列文字列: MALTMRNPAV KASSRVAPSS RRALRVACQA QKNETASKVG TALAASALAA AVSLSAPSAA MADIAGLTPC SESKAYAKLE KKELKTLEK RLKQYEADSA PAVALKATME RTKARFANYA KAGLLCGNDG LPHLIADPGL ALKYGHAGEV FIPTFGFLYV A GYIGYVGR ...文字列:
MALTMRNPAV KASSRVAPSS RRALRVACQA QKNETASKVG TALAASALAA AVSLSAPSAA MADIAGLTPC SESKAYAKLE KKELKTLEK RLKQYEADSA PAVALKATME RTKARFANYA KAGLLCGNDG LPHLIADPGL ALKYGHAGEV FIPTFGFLYV A GYIGYVGR QYLIAVKGEA KPTDKEIIID VPLATKLAWQ GAGWPLAAVQ ELQRGTLLEK EENITVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.236007 KDa
配列文字列:
MQTLASRPSL RASARVAPRR APRVAVVTKA ALDPQIVISG STAAFLAIGR FVFLGYQRRE ANFDSTVGPK TTGATYFDDL QKNSTIFAT NDPAGFNIID VAGWGALGHA VGFAVLAINS LQGANLS

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.586388 KDa
配列文字列:
MALRAVSAKS AVRPTVARAS VKPVAALKPA QKMALAGAAS VALLAASSSS AEASQVIATV ASAAQGYPFV PPSWAPSVFV PLTGLVLPA IAMATLFVYI EKEAPSS

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分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.645372 KDa
配列文字列:
(AME)KDFTTYLST APVIATIWFT FTAGLLIEIN RYFPDPLVFS

+
分子 #10: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 20.300539 KDa
配列文字列: MAVAMRSSTG LRATAARRQM PLGLGRVSTV RVCAADTKKA QVISPVNGDP FVGMLETPVT SAPIVATYLS NLPAYRTGVA PVLRGVEIG LAHGFLLAGP FIKLGPLRNV PETAEIAGSL SAAGLVLILA LCLSIYGSAQ FQSTPSIGVK TLSGRSVARD P LFSADGWS ...文字列:
MAVAMRSSTG LRATAARRQM PLGLGRVSTV RVCAADTKKA QVISPVNGDP FVGMLETPVT SAPIVATYLS NLPAYRTGVA PVLRGVEIG LAHGFLLAGP FIKLGPLRNV PETAEIAGSL SAAGLVLILA LCLSIYGSAQ FQSTPSIGVK TLSGRSVARD P LFSADGWS EFAAGFLVGG EAGVAWAYVC TQILPYYS

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 11.214084 KDa
配列文字列:
MQALATRPSA IRPTKAARRS SVVVRADGFI GSSTNLIMVA STTATLAAAR FGLAPTVKKN TTAGLKLVDS KNSAGVISND PAGFTIVDV LAMGAAGHGL GVGIVLGLKG IGAL

+
分子 #12: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.923205 KDa
配列文字列: MALSMRTLSA RTAAPRGFSG RRVAAVSNGS RVTMKAGNWL PGSDAPAWLP DDLPGNYGFD PLSLGKEPAS LKRFTESEVI HGRWAMLGV AGSLAVELLG YGNWYDAPLW AVNGGKATWF GIEVPFDLNA LLAFEFVAMA AAEGQRGDAG GVVYPGGAFD P LGFAKDSS ...文字列:
MALSMRTLSA RTAAPRGFSG RRVAAVSNGS RVTMKAGNWL PGSDAPAWLP DDLPGNYGFD PLSLGKEPAS LKRFTESEVI HGRWAMLGV AGSLAVELLG YGNWYDAPLW AVNGGKATWF GIEVPFDLNA LLAFEFVAMA AAEGQRGDAG GVVYPGGAFD P LGFAKDSS KSGELKLKEI KNGRLAMVAF LGFVAQHAAT GKGPIAALGE HLANPWGANF ATNGISVPFF

+
分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 32.629486 KDa
配列文字列: MMLTKSAQAA FSGKVARPAK ANRARLVCRA EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQY SEVIHARWAM LGAAGCIAPE VLGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE L RRLQDFRY ...文字列:
MMLTKSAQAA FSGKVARPAK ANRARLVCRA EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQY SEVIHARWAM LGAAGCIAPE VLGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE L RRLQDFRY PGSMGQQYFL GLEAIFKGSG DAAYPGGPFF NLFNLGKTEA AMKELKLKEI KNGRLAMLAM LGYGAQAVMT GK GPFQNLV EHLADPVNNN ILTNFAGRVS GSSQPWRPHG WWRRRYRSVA ALALIRNRSV C

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分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.248869 KDa
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MALSMIAQRR AGAFSARQAP RAVRAQAAVR PVWFPGNPPP AHLDGSLAGD YGFDPLFLGQ EPQTLKWYVQ AELVHGRFAM LGAAGIILT SIGAKVGLGF PEWYDAGKVV VEKNNIDFPT LMVIQFYLMG WAETKRWYDF KNPGSQADGS FLGFTEEFKG L ENGYPGGR FFDPMGLSRG DAAKYQEYKQ KEVKNGRLAM IACLGFAAQY AATGKGPLDN LADHLADPNH VNFATNGVSI PI A

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.948812 KDa
配列文字列: MALTMKRSGV AARSASSRKS VVTCVARQSW LPGSQIPAHL DTPAAQALAG NFGFDPLGLG KDPVALRWYQ QAELIHCRTA MAGVAGILI PGLLTKAGAL NVPEWYDAGK VAIENSFAPW GSLLAVQLFL CGFVEAKRWQ DIRKPGSQGE PGSFLGFEAS L KGTSELGY ...文字列:
MALTMKRSGV AARSASSRKS VVTCVARQSW LPGSQIPAHL DTPAAQALAG NFGFDPLGLG KDPVALRWYQ QAELIHCRTA MAGVAGILI PGLLTKAGAL NVPEWYDAGK VAIENSFAPW GSLLAVQLFL CGFVEAKRWQ DIRKPGSQGE PGSFLGFEAS L KGTSELGY PGGPFDPLGL SKEADKWADW KLKEVKNGRL AMLAFLGFVA QKYATGAGPV DNLAAHLKDP WHVNYATNGV SL PFL

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic (Lhca4)

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic (Lhca4)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.729822 KDa
配列文字列: MAFVLAKSSA FGVAAKPVSR RSSVAVKASA VPENVKEARE WIDAWKSKSG GAKRDAALPS WMPGADLPGY LNGTLPGDFG FDPLYLGQD PVKLKWYAQA ELMNARFAML AVAGILVPEL LSNIGFSWPG AGVAWYDAGK FEYFAPASSL FGVQMLLFAW V EIRRYQDF ...文字列:
MAFVLAKSSA FGVAAKPVSR RSSVAVKASA VPENVKEARE WIDAWKSKSG GAKRDAALPS WMPGADLPGY LNGTLPGDFG FDPLYLGQD PVKLKWYAQA ELMNARFAML AVAGILVPEL LSNIGFSWPG AGVAWYDAGK FEYFAPASSL FGVQMLLFAW V EIRRYQDF VKPGSANQDP IFTNNKLPDG NEPGYPGGIF DPFGWSKGDI KSLKLKEIKN GRLAMLAFAG FIGQAYTTGT TP LKNLSTH LADPWSTTVW QNDLARL

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.257555 KDa
配列文字列: MAALMQKSAL SRPACSTRSS RRAVVVRAAA DRKLWAPGVV APEYLKGDLA GDYGWDPLGL GADPTALKWY RQSELQHARW AMLGVAGVL VQEIVKPDVY FYEAGLPQNL PEPFTNINMG GLLAWEFILM HWVEVRRWQD YKNFGSVNED PIFKGNKVPN P EMGYPGGI ...文字列:
MAALMQKSAL SRPACSTRSS RRAVVVRAAA DRKLWAPGVV APEYLKGDLA GDYGWDPLGL GADPTALKWY RQSELQHARW AMLGVAGVL VQEIVKPDVY FYEAGLPQNL PEPFTNINMG GLLAWEFILM HWVEVRRWQD YKNFGSVNED PIFKGNKVPN P EMGYPGGI FDPFGFSKGN LKELQTKEIK NGRLAMIAYM AFILQAQATG KGPLAALSAH LSNPFGNNIL KNIGTCTVPH SV DVQGLTI PLTCLWPGSQ

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.812373 KDa
配列文字列: MMLVAKNAVA ARPSARSARR SVVAKASSRP LWLPGSTPPA HLKGDLPGDF GFDPLGLGAN AESLKWFKES ELVHSRWAMA AVAGILVQE IVRPDVFWYN AGKEVESPLG PLGLLAVEFF LMHWVEVRRW QDLRKPGSVD QDPIFSQYKL PPHEVGYPGG V FAPFIPGD ...文字列:
MMLVAKNAVA ARPSARSARR SVVAKASSRP LWLPGSTPPA HLKGDLPGDF GFDPLGLGAN AESLKWFKES ELVHSRWAMA AVAGILVQE IVRPDVFWYN AGKEVESPLG PLGLLAVEFF LMHWVEVRRW QDLRKPGSVD QDPIFSQYKL PPHEVGYPGG V FAPFIPGD LAELKVKEIK NGRLAMLAFV GFVMAAQVTG KGPIAALQEH LADPWGTTIF SKAAVVPGQA VAPPCKIPAS VS YKGIEIP TPCFLQGLWP

+
分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.867277 KDa
配列文字列: MIAAKSQVAL GRRAPVRGQR VVAAASARPT WLPGLNPPAH LKGALAGDNG FDPLGLGQDE GRLKWYAEAE KTNGRWAMMA VAGILGQEL LGVTPAWWEA GAKEYDIPAQ ALTPIEFIVM GFLEIKRYQG FKQTGTSGFI NSFPFDPAGM NSPSMATKEV K NGRLAMVA ...文字列:
MIAAKSQVAL GRRAPVRGQR VVAAASARPT WLPGLNPPAH LKGALAGDNG FDPLGLGQDE GRLKWYAEAE KTNGRWAMMA VAGILGQEL LGVTPAWWEA GAKEYDIPAQ ALTPIEFIVM GFLEIKRYQG FKQTGTSGFI NSFPFDPAGM NSPSMATKEV K NGRLAMVA FIGFCVQALA TRTQPIEGLT AHLADPFGKN ITYYLTHLPE TLGSA

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #21: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 198 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #22: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 15 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #24: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 27 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #25: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #26: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 32 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 15 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #28: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 18 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #29: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #30: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 30 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #31: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 7 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #32: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #33: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 621 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74209
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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