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万見
- EMDB-13173: Proton-powered peptide transporter SbmA in lipid nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13173
タイトルProton-powered peptide transporter SbmA in lipid nanodisc
マップデータSbmA peptide transporter in nanodisc
試料
  • 複合体: Proton-driven peptide transporter SbmA in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: SbmA
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / : / toxin transmembrane transporter activity / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / ATPase-coupled transmembrane transporter activity ...secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / : / toxin transmembrane transporter activity / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / protein transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
SbmA/BacA-like / SbmA/BacA-like family / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide antibiotic transporter SbmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ghilarov D / Beis K
資金援助 ポーランド, 英国, 日本, 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2016/21/B/CC1/00274 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
Polish National Science Centre2019/35/D/NZ1/01770 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM/2016-3/23 ポーランド
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/H01778X/1 英国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)20am0101079 日本
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM31030 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of SbmA, a promiscuous transporter exploited by antimicrobial peptides.
著者: Dmitry Ghilarov / Satomi Inaba-Inoue / Piotr Stepien / Feng Qu / Elizabeth Michalczyk / Zuzanna Pakosz / Norimichi Nomura / Satoshi Ogasawara / Graham Charles Walker / Sylvie Rebuffat / So ...著者: Dmitry Ghilarov / Satomi Inaba-Inoue / Piotr Stepien / Feng Qu / Elizabeth Michalczyk / Zuzanna Pakosz / Norimichi Nomura / Satoshi Ogasawara / Graham Charles Walker / Sylvie Rebuffat / So Iwata / Jonathan Gardiner Heddle / Konstantinos Beis /
要旨: Antibiotic metabolites and antimicrobial peptides mediate competition between bacterial species. Many of them hijack inner and outer membrane proteins to enter cells. Sensitivity of enteric bacteria ...Antibiotic metabolites and antimicrobial peptides mediate competition between bacterial species. Many of them hijack inner and outer membrane proteins to enter cells. Sensitivity of enteric bacteria to multiple peptide antibiotics is controlled by the single inner membrane protein SbmA. To establish the molecular mechanism of peptide transport by SbmA and related BacA, we determined their cryo–electron microscopy structures at 3.2 and 6 Å local resolution, respectively. The structures show a previously unknown fold, defining a new class of secondary transporters named SbmA-like peptide transporters. The core domain includes conserved glutamates, which provide a pathway for proton translocation, powering transport. The structures show an outward-open conformation with a large cavity that can accommodate diverse substrates. We propose a molecular mechanism for antibacterial peptide uptake paving the way for creation of narrow-targeted therapeutics.
履歴
登録2021年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13173.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SbmA peptide transporter in nanodisc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-1.2080455 - 1.7428613
平均 (標準偏差)0.0010387368 (±0.026249897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.200275.200275.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.2081.7430.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proton-driven peptide transporter SbmA in lipid nanodisc

全体名称: Proton-driven peptide transporter SbmA in lipid nanodisc
要素
  • 複合体: Proton-driven peptide transporter SbmA in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: SbmA

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超分子 #1: Proton-driven peptide transporter SbmA in lipid nanodisc

超分子名称: Proton-driven peptide transporter SbmA in lipid nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43

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分子 #1: SbmA

分子名称: SbmA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFKSFFPKPG TFFLSAFVW A LIAVIFWQ AG GGDWVAR ITG ASGQIP ISAA RFWSL DFLIF YAYY IVCVGL FAL FWFIYSP HR WQYWSILG T ALIIFVTWF LVEVGVAVNA WYAPFYDLI Q TALSSPHK VT IEQFYRE VGV FLGIAL IAVV ISVLN ...文字列:
MFKSFFPKPG TFFLSAFVW A LIAVIFWQ AG GGDWVAR ITG ASGQIP ISAA RFWSL DFLIF YAYY IVCVGL FAL FWFIYSP HR WQYWSILG T ALIIFVTWF LVEVGVAVNA WYAPFYDLI Q TALSSPHK VT IEQFYRE VGV FLGIAL IAVV ISVLN NFFVS HYVF RWRTAM NEY YMANWQQ LR HIEGAAQR V QEDTMRFAS TLENMGVSFI NAIMTLIAF L PVLVTLSA HV PELPIIG HIP YGLVIA AIVW SLMGT GLLAV VGIK LPGLEF KNQ RVEAAYR KE LVYGEDDA T RATPPTVRE LFSAVRKNYF RLYFHYMYF N IARILYLQ VD NVFGLFL LFP SIVAGT ITLG LMTQI TNVFG QVRG AFQYLI NSW TTLVELM SI YKRLRSFE H ELDGDKIQE VTHTLS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF correction
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model generated by ab initio job in cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 62372
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial model generated by Buccaneer and refined by PHENIX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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