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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13021 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 protein | |||||||||
マップデータ | 3D refinement map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / regulation of type I interferon production ...positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / regulation of type I interferon production / Processive synthesis on the lagging strand / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / DNA primase activity / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / viral genome replication / methyltransferase activity / Defective pyroptosis / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 核膜 / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / メチル化 / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / DNA複製 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / DNAポリメラーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA修復 / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / protein kinase binding / magnesium ion binding / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Kilkenny ML / Pellegrini L | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the interaction of SARS-CoV-2 virulence factor nsp1 with DNA polymerase α-primase. 著者: Mairi L Kilkenny / Charlotte E Veale / Amir Guppy / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Neil J Rzechorzek / Joseph D Maman / Luca Pellegrini / 要旨: The molecular mechanisms that drive the infection by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19)-are under intense ...The molecular mechanisms that drive the infection by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19)-are under intense current scrutiny to understand how the virus operates and to uncover ways in which the disease can be prevented or alleviated. Recent proteomic screens of the interactions between viral and host proteins have identified the human proteins targeted by SARS-CoV-2. The DNA polymerase α (Pol α)-primase complex or primosome-responsible for initiating DNA synthesis during genomic duplication-was identified as a target of nonstructural protein 1 (nsp1), a major virulence factor in the SARS-CoV-2 infection. Here, we validate the published reports of the interaction of nsp1 with the primosome by demonstrating direct binding with purified recombinant components and providing a biochemical characterization of their interaction. Furthermore, we provide a structural basis for the interaction by elucidating the cryo-electron microscopy structure of nsp1 bound to the primosome. Our findings provide biochemical evidence for the reported targeting of Pol α by the virulence factor nsp1 and suggest that SARS-CoV-2 interferes with Pol α's putative role in the immune response during the viral infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13021.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13021-v30.xml emd-13021.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13021.png | 102.7 KB | ||
その他 | emd_13021_additional_1.map.gz emd_13021_half_map_1.map.gz emd_13021_half_map_2.map.gz | 14.6 MB 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13021 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D refinement map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.304 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened map, calculated from the the two half...
ファイル | emd_13021_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map, calculated from the the two half maps using local, anisotropic sharpening in Phenix. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map #1
ファイル | emd_13021_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map #2
ファイル | emd_13021_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS ...
全体 | 名称: CryoEM structure of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 protein |
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要素 |
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-超分子 #1: CryoEM structure of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS ...
超分子 | 名称: CryoEM structure of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 310 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 / 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||
詳細 | The nsp1 protein was added in 10-fold stoichiometric excess |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): -2.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): -0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 2919 / 平均露光時間: 1.31 sec. / 平均電子線量: 46.91 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 709068 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: The initial 3D model was generated using a Stochastic Gradient Descent algorithm as implemented in Relion 3.1. |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: As implemented in Relion 3.1. |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: As implemented in Relion 3.1. |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 233476 |