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- EMDB-10859: Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial ATP sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10859
タイトルCryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial ATP synthase - Fo-subcomplex
マップデータLocal-resolution filtered full map of T. thermophila ATP synthase Fo-subcomplex
試料
  • 複合体: Mitochondrial ATP synthase, Fo-subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 21種
  • リガンド: x 8種
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfide oxidation, using sulfide:quinone oxidoreductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / FAD binding / hydrolase activity / ミトコンドリア / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Sulphide quinone-reductase / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. ...Sulphide quinone-reductase / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Oxidoreductase, putative / 膜貫通型タンパク質 / Transmembrane protein, putative / 膜貫通型タンパク質 / Alpha/beta hydrolase / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / 膜貫通型タンパク質 ...Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Oxidoreductase, putative / 膜貫通型タンパク質 / Transmembrane protein, putative / 膜貫通型タンパク質 / Alpha/beta hydrolase / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / 膜貫通型タンパク質 / 膜貫通型タンパク質 / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 膜貫通型タンパク質 / Ymf56 / Ymf66
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kock Flygaard R / Muhleip A / Amunts A
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2020
タイトル: Type III ATP synthase is a symmetry-deviated dimer that induces membrane curvature through tetramerization.
著者: Rasmus Kock Flygaard / Alexander Mühleip / Victor Tobiasson / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we ...Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we characterized the unique type III mitochondrial ATP synthase in its dimeric and tetrameric form. The cryo-EM structure of a ciliate ATP synthase dimer reveals an unusual U-shaped assembly of 81 proteins, including a substoichiometrically bound ATPTT2, 40 lipids, and co-factors NAD and CoQ. A single copy of subunit ATPTT2 functions as a membrane anchor for the dimeric inhibitor IF. Type III specific linker proteins stably tie the ATP synthase monomers in parallel to each other. The intricate dimer architecture is scaffolded by an extended subunit-a that provides a template for both intra- and inter-dimer interactions. The latter results in the formation of tetramer assemblies, the membrane part of which we determined to 3.1 Å resolution. The structure of the type III ATP synthase tetramer and its associated lipids suggests that it is the intact unit propagating the membrane curvature.
履歴
登録2020年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2020年11月11日-
現状2020年11月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ynx
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ynx
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local-resolution filtered full map of T. thermophila ATP synthase Fo-subcomplex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.055942725 - 0.1592571
平均 (標準偏差)0.00029939073 (±0.0032668915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 498.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z498.000498.000498.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0560.1590.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10859_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_10859_half_map_1.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_10859_half_map_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial ATP synthase, Fo-subcomplex

全体名称: Mitochondrial ATP synthase, Fo-subcomplex
要素
  • 複合体: Mitochondrial ATP synthase, Fo-subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: subunit a
    • タンパク質・ペプチド: subunit b
    • タンパク質・ペプチド: subunit d
    • タンパク質・ペプチド: subunit f
    • タンパク質・ペプチド: subunit i/j
    • タンパク質・ペプチド: subunit k
    • タンパク質・ペプチド: subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT3
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT4
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT5
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT6
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT7
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT8
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT9
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT10
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT11
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT12
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT13
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT1
    • タンパク質・ペプチド: Inhibitor of F1 (IF1)
    • タンパク質・ペプチド: ATPTT2
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PHOSPHATE IONリン酸塩
  • リガンド: Ubiquinone-8ユビキノン
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

+
超分子 #1: Mitochondrial ATP synthase, Fo-subcomplex

超分子名称: Mitochondrial ATP synthase, Fo-subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

+
分子 #1: subunit a

分子名称: subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 52.561461 KDa
配列文字列: MGRENVLPVH NDVYEDFVFT TPYFQPESTF KSVPKLFSDI LLGGVEWVYT TSESVLAYDY KLWYLWSGVS NLDESFDMFF NQYWALSLS TSVFQLFYAV ILDRYLSVLF QNTPYTNDWF RMMLHSKETA LIWLYHPELS WHINGLNQFF TYFYGGILEF V YFDKSNPD ...文字列:
MGRENVLPVH NDVYEDFVFT TPYFQPESTF KSVPKLFSDI LLGGVEWVYT TSESVLAYDY KLWYLWSGVS NLDESFDMFF NQYWALSLS TSVFQLFYAV ILDRYLSVLF QNTPYTNDWF RMMLHSKETA LIWLYHPELS WHINGLNQFF TYFYGGILEF V YFDKSNPD MCILVHTLWI HLLILFLIFT GFVTILFSFY GNPNTEENTI DSDYLAASGT VEAEKEITSI DDYLGLVFAI AY VFGVFFY VHGWTSMLSH AVLLLSCYSI IIMFLFILGM PTLLLYDFGI FFLAYLKGAG KYISSVAEMM FDYTACLVFY IRI LAQWIR VVLMVVTFIS LSHYVSDFDI TNSALIGSEN QSDSMNELNT NFSMTYYILT VLPGKFIYWI YEILHTFFVV CSQF VAFFA IVFWLFLFLY TFFIIEKHED FFSKKREERK KKLKELWNLK N

+
分子 #2: subunit b

分子名称: subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 43.910102 KDa
配列文字列: MHSTLRVFTK NNCLSFTNMN RFSTAAQVAQ ANYSKFRADY SASVAAFQQR IKTIEKENTG SMKKPMAKAY EHPYNSEHHP LNFSAVKIA ETFHDFIGPE QVSPHYESFA MSRKFLLTFW GGFFVLNFGM ATVDLNWIMK STYIPWIFWF QLMYFYVEGK N SMFMPLLQ ...文字列:
MHSTLRVFTK NNCLSFTNMN RFSTAAQVAQ ANYSKFRADY SASVAAFQQR IKTIEKENTG SMKKPMAKAY EHPYNSEHHP LNFSAVKIA ETFHDFIGPE QVSPHYESFA MSRKFLLTFW GGFFVLNFGM ATVDLNWIMK STYIPWIFWF QLMYFYVEGK N SMFMPLLQ RFYRRAAANE IFTMEAFYHE NIENKLRNLM RITKGQLEYW DIHTSYGEIR ADSINNFLAN EYLRLQSHIT SR ALNILKQ AQAYETMNQA ALLQKLIDDA TSAIDNALKG DKKAEVLARS LDSAIDGLSK GYMDYQNDPL LPLILSSIEA NVK KITTLS AQEQANLIGL TAEQLKSIKE NDVRARKEFL ESQPKLDNNL KNIESVKKIL ATWGK

+
分子 #3: subunit d

分子名称: subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 26.747951 KDa
配列文字列: MSMLAKIAKN VVKTQALKNT TAAQTPSFQA PGNQDKILKW ISTLSNKATT GESRSYCTQL SSLVSFYNKQ HVEQIPTIDF NEWKSVIST QGLVDKVKEN YESLIKEQYN TDAISKQISS ASSKALDDIE NELSFHAAIW LNAYADYTMF LFELEEYNDP N DYLMHENF ...文字列:
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+
分子 #4: subunit f

分子名称: subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 24.265398 KDa
配列文字列: MSLHEKMQTD YLWVKDHSQA DSWAKARTHG YNYIAHTVPN KKERYEMIWR SMGKSTDWEL EKFRLGKKFP DRGNKRRWFK NLFRLIKNP MGYIFWKTYK ARLAKPSLIV TSMFIGFTLG FIKLKAQSIA YSKKQYATLR AGKNIEGSGQ VHFGYHDQKW G MPAIPMFQ ...文字列:
MSLHEKMQTD YLWVKDHSQA DSWAKARTHG YNYIAHTVPN KKERYEMIWR SMGKSTDWEL EKFRLGKKFP DRGNKRRWFK NLFRLIKNP MGYIFWKTYK ARLAKPSLIV TSMFIGFTLG FIKLKAQSIA YSKKQYATLR AGKNIEGSGQ VHFGYHDQKW G MPAIPMFQ LMYYELPGNS IVVNPCRNQN YRLYFEMRKK LGILPA

+
分子 #5: subunit i/j

分子名称: subunit i/j / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 24.395543 KDa
配列文字列: MNPIQKAWLK ILEPVSYVIN EKMAKRTGII GKLGRFFAIG PREYGVHPIN RMFIFMNRKY MAFQAVALHR YSFVKSLTHN GFHMLRVFR HFAFVLPATV LAGLGLFVYW GDDNKCYSPD RFPYLKKRAG DMALPLNSLN QRTSAHYIEI NAIYGAEMMK R YHKVWENI ...文字列:
MNPIQKAWLK ILEPVSYVIN EKMAKRTGII GKLGRFFAIG PREYGVHPIN RMFIFMNRKY MAFQAVALHR YSFVKSLTHN GFHMLRVFR HFAFVLPATV LAGLGLFVYW GDDNKCYSPD RFPYLKKRAG DMALPLNSLN QRTSAHYIEI NAIYGAEMMK R YHKVWENI IEERSKATDQ EKKTRYAHPS YQYSPLPVVS IPNVLNPLNL Q

+
分子 #6: subunit k

分子名称: subunit k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 20.963871 KDa
配列文字列:
MWYKYFSKQS WNLRVWRKAN LKYNQDDFGM TQPKYIARFG DFRFRLVRTE GALRGCMFFV GFGCFSIINY LYGRYGYIIN ESSQKRAAQ DLLDNDMAAD KILFKNRVGA PTRPLRSLDD MMAFLSGSAT YDQLADYASY NHAMDVNQDQ QAGLDSWMSE K DKNMVKYY QRSLGKKVEG I

+
分子 #7: subunit 8

分子名称: subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 12.299238 KDa
配列文字列:
MITILDYLFL LDLNDDLTRK AVFEQVIIFI FIYCTMNFLA WSTVVELIWP THFFNRRHSS SQEFIRFRTY TEVLLKISAY NDFFYVLNN YYYNQKLILK N

+
分子 #8: ATPTT3

分子名称: ATPTT3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 34.719633 KDa
配列文字列: MINRSTAFIS KNLRQANLTQ SSLAMKTQYN QMGFSSDNPY NKRWEYKWKH SYYTYPRDYE HTEVRKPQDS KDVPPIYFAY YKDFVDRWL PGMNMWWQRR HRIFDKFNVY FLPGMSLFFY QFADLALGFK IMAAFPLFLA YTRIRDKTLD PDFKETYLRD M IYQNPEIT ...文字列:
MINRSTAFIS KNLRQANLTQ SSLAMKTQYN QMGFSSDNPY NKRWEYKWKH SYYTYPRDYE HTEVRKPQDS KDVPPIYFAY YKDFVDRWL PGMNMWWQRR HRIFDKFNVY FLPGMSLFFY QFADLALGFK IMAAFPLFLA YTRIRDKTLD PDFKETYLRD M IYQNPEIT KYFNEETIHV LDYEFEYLPG YLCPEKFPEY QNKTWQFFNT DTAQAEGFFK FGDVESGATM TLKFKTMPIP GK FRYQVGE PFYFYDLRAE IKCDGVYKEV VLVDEKESLK KIRPFLFLI

+
分子 #9: ATPTT4

分子名称: ATPTT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 32.484051 KDa
配列文字列: MQQRKKIYLR QKRKIYIQLK NKEKKKNNQF IQKREKMGYK IRNKSIFWTR AGWKNNWHPK NFNAPRPSYG EFTMGIRCRN DHHSFLRYV QTYRNMSRHC KQYFLGDKQL EETFILGLRS LFLVPYDSQC LTDQIKHGGE RRFVDQLDRD FELISYNTHP Y QLFTYTVR ...文字列:
MQQRKKIYLR QKRKIYIQLK NKEKKKNNQF IQKREKMGYK IRNKSIFWTR AGWKNNWHPK NFNAPRPSYG EFTMGIRCRN DHHSFLRYV QTYRNMSRHC KQYFLGDKQL EETFILGLRS LFLVPYDSQC LTDQIKHGGE RRFVDQLDRD FELISYNTHP Y QLFTYTVR NEHLAWKNEQ YEKIQKGEKT FEQELLDYLD EQVLAEKAKL RDGQNFSIER MTEIALHVFR KARAGKVRPA QD VRGPDGN VNDFLEQRRP FEHPNPTGVT H

+
分子 #10: ATPTT5

分子名称: ATPTT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 31.674639 KDa
配列文字列: MSENKAPGQI YAYDIHNTHY PYVNIKQDSQ TQLLASFRRS IASINPFSYR QVPSQDRAAF GLRWGNAWYA PNPYPNGIHF DRVFPTHYD PLAETNRTKA NLQLIKYAPG NYSTLVVTSE KLPRPCIRTI QNYRRCQMVN GTEKCNSEAQ DILAICPNWA L DHMKEKVR ...文字列:
MSENKAPGQI YAYDIHNTHY PYVNIKQDSQ TQLLASFRRS IASINPFSYR QVPSQDRAAF GLRWGNAWYA PNPYPNGIHF DRVFPTHYD PLAETNRTKA NLQLIKYAPG NYSTLVVTSE KLPRPCIRTI QNYRRCQMVN GTEKCNSEAQ DILAICPNWA L DHMKEKVR FYTKALAINN QTYIRAMQVE EYNQGRTVAD VAPKTWIHGT RQHLRPDTMW ADDRYTNITQ TEINEAIKRV EA RKAREHE KKPVEQANVN ANTGEQPVRV EKSLYP

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分子 #11: ATPTT6

分子名称: ATPTT6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 29.354383 KDa
配列文字列: MPVKEGQAKL WFSTKEEADA YDDKMISNIE LKSQDYEDEN FSPVFNRKTQ EYFLEPSEKF KSDFAELLRP LRSLSFNQVV DRYVLIPPN HTFYRNWTYE KFLGGFGLSY LILRELPLRN FYARVFVMYA FAAKVLDHLG NPFPFSGHGQ IVAAADRWNH W DVRCYDNV ...文字列:
MPVKEGQAKL WFSTKEEADA YDDKMISNIE LKSQDYEDEN FSPVFNRKTQ EYFLEPSEKF KSDFAELLRP LRSLSFNQVV DRYVLIPPN HTFYRNWTYE KFLGGFGLSY LILRELPLRN FYARVFVMYA FAAKVLDHLG NPFPFSGHGQ IVAAADRWNH W DVRCYDNV MKALKYIRIP TVQNNIPEAT RWYGRQPGHL LRADTYWIPN LVSQRFAKHQ PAHWDGTQNM PIFRLADPKH KD SYMVQFR

+
分子 #12: ATPTT7

分子名称: ATPTT7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 26.355104 KDa
配列文字列: MDNYFTAITL LGLRDQNLPP FKDARLQRYK SIKKMIDLIE TTTKLAPPMP VELFMLNPTD PEWDDDMTYP TITHATALYK SSALAGNLF LYAYNYNNFT ANIRLRTMRY LFPVVSLAIF GNIYWDYRSQ LVKVNLFDEY IQARAQELVK QNEYLLEHED V KRYVWWYE ...文字列:
MDNYFTAITL LGLRDQNLPP FKDARLQRYK SIKKMIDLIE TTTKLAPPMP VELFMLNPTD PEWDDDMTYP TITHATALYK SSALAGNLF LYAYNYNNFT ANIRLRTMRY LFPVVSLAIF GNIYWDYRSQ LVKVNLFDEY IQARAQELVK QNEYLLEHED V KRYVWWYE DLKETLARVH RQANNHKACD FKDSEIILQD FIRRYTNPKD NLPIKFHPQG QTF

+
分子 #13: ATPTT8

分子名称: ATPTT8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 21.782971 KDa
配列文字列:
MEGFIQNKRK KEKEGEEEEE SKEKRKQINQ LNKQKQEEEK IYQQKKDQKR KKYLYQRKEM TIFAETWEAS EYQYRNKANL KTLPVNHLG KLAELKFDFV EYKAHQLIAC HLYERMTIHC MNQYGLFKDF YRPECLDAQY YFKTCVELNA AYGIQKKFFP E HFVGSPYA RPVPQFQQLG L

+
分子 #14: ATPTT9

分子名称: ATPTT9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 18.199361 KDa
配列文字列:
MKQKINKLLK NKGVQDKYKY LSKLILLDQE IKGKIKRKNK KEKQKRKNKL ILEEMQNTTN IVHVPVHMGH THYFDYIDSF PKLKEGPTL EENHITNQKI LREQLISGQQ GLEQNLCLRN CFKLSQKRYI EFCLDRKCGG ADFQRAATIL GYTKN

+
分子 #15: ATPTT10

分子名称: ATPTT10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 17.425703 KDa
配列文字列:
MSNIFLELQD GDKTVYTHTS LIEESKQEQI QAIYDKVPQW TNGGRFLGFW LSMEAVNRVQ SVAKLPIYYR AGIVATSTLL GGLVSSLVF WKSGNENQVA KLANGAPVYL KKWEVPELSK LYFFLDDDNN FKPSLNHHAV TQGRQYYKIY QHN

+
分子 #16: ATPTT11

分子名称: ATPTT11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 17.410811 KDa
配列文字列:
MFRNILSLVT KPSKLSQKTF YNFAAAKNEV QVSKKQQQAG AKRDLTQYVE GQIVNRNQLT LKKQEDIEQY VLKLVRGYFR TTNKQGLNI NSVLQDHGLD EFDSIELAMQ VEEDLGYVIS AETIPVLNKV KHFVNYINHV EQFKAENGKA PIA

+
分子 #17: ATPTT12

分子名称: ATPTT12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 17.34382 KDa
配列文字列:
MSQDPKIVNP QLWPNPNKLR FADLYKYQGV EMKKINDSIK NYKAAKFYIG GILGGCLVFK FFIDAAVDKY IFGENGNGGK FLEMQTINS NYDYYYNRQF QRMRYLTEDP AGDDPLQKTK DEHLVDLGFI PKVFGANVEV RKRAPHDKYL

+
分子 #18: ATPTT13

分子名称: ATPTT13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 16.81625 KDa
配列文字列:
MNSLSSKKAN SLVFKSIRNF TLQWGSLAER PMVDRVMSTS TWPVPYYQRL FKAYPIREKK DKMSLLLSDI DIDDTNWYQA KDFLRGSFR GRQIVDYVEN NIASNTYILI QQDVANMAKA YVHDICGYID VANKENVRIL SKGDLI

+
分子 #19: ATPTT1

分子名称: ATPTT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 54.917816 KDa
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MIHCLRNIRT VSALQSKISY NLGGGNKRKK TSGDLDNYDV LFVGANLGGI CSNHFDKDTH GKYKCFVSFD QPINQIYSVR IPYEQQRVR KSEYIHFSKK SINQFTPSEM LAVKEILPEQ NAVVLSSGRR IGYNQLVLAT GLKHDFSQIK GFYEALEHPE H PVYANRDP ETWRSAQHKY SKYISNFKSG DGYFCIPEYP YAGEVECFNF FVSDEVWKWA QHHGALSPKH TFTIVNANEK FV HYCDSAD AFIKERLEKR GIRVEYNTKL LEVHQDGQKA TFINTKTGEK SVRDYNNLYS IVPSKRQEFL DKAGLTNGNG LLN VDHQTL QHKKYKNIFG LGDAADLPTT KTFWAGWYQI AVVRNNVKRN LQGQTLNAHY DGFSKVPLFT GHQTLTYVAH SYGG VGNWQ HLKHNNGGIL AWMRYRSWAK GMAKKFQDFY NGARLGPPYH KVLKSFPELP GSPESQQSSG ISKYFPTKTE NKAAH

+
分子 #20: Inhibitor of F1 (IF1)

分子名称: Inhibitor of F1 (IF1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 12.987691 KDa
配列文字列:
MNRSVNIAKN LIQTYRAMSV QSRFAFSTRE EEWLDKRTKS QEKVYFDQED RKAMKRLLEK LNTTSKFVED SEYLAPQNLE VENILKRYH INYTQALIDE LVDWKTGKN

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分子 #21: ATPTT2

分子名称: ATPTT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 54.34468 KDa
配列文字列: MKMEYLQSEE KKDAINKQIH KKEEKEEKEI KIKRKNKVKQ RIQIINQIKK YIEAKQQKKQ IQSKNQRKYK GRMINTRKQV FKCLWGAQP AYNFSRIINH LRGDPVYQDN TKDVSLRGTF LRGKYDDLPT MIFFTEACDL TANWIPFFTN PQYDILAHRN V WLLNPRNF ...文字列:
MKMEYLQSEE KKDAINKQIH KKEEKEEKEI KIKRKNKVKQ RIQIINQIKK YIEAKQQKKQ IQSKNQRKYK GRMINTRKQV FKCLWGAQP AYNFSRIINH LRGDPVYQDN TKDVSLRGTF LRGKYDDLPT MIFFTEACDL TANWIPFFTN PQYDILAHRN V WLLNPRNF GNSDRHPSFD LQEMSDDVMR FMYSQKISMA TLGGHGIGGK IALAVGCYHA ERVTGVFSID SSPMDQRYHE AF KEFKGYV NALTEINFKT WSDKDVKVFL KENIKDPKWR SIFTNNISKN AKTQSDSFNF EINYLNHNLN FNKADSLGNW AVK NGIYTG RAHFIFPEYS RWVHLATNTL PMHKVCARVK GFGHDIFYVQ GDENPLNHWV YDFENYANVV ASKLNKFLHS YDGV HALLK DRTEIGNFMI PDRIKSRNDS KHIYGDYSPA HLHHNWRFNH IYEKHDELDK KLNEQ

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分子 #22: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 30 / : CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

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分子 #23: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 6 / : PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

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分子 #24: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / : PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

+
分子 #25: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / : UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

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分子 #26: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / : ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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分子 #27: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / : MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #28: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 4 / : PEE
分子量理論値: 749.073 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM / Discrete optimized protein energy

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分子 #29: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / : NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.9 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 61157
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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