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- PDB-8tj5: Inner spoke ring of the yeast NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tj5
タイトルInner spoke ring of the yeast NPC
要素
  • Nucleoporin 59ヌクレオポリン
  • Nucleoporin NIC96
  • Nucleoporin NSP1
  • Nucleoporin NUP157
  • Nucleoporin NUP170
  • Nucleoporin NUP188
  • Nucleoporin NUP192
  • Nucleoporin NUP49/NSP49
  • Nucleoporin NUP53
  • Nucleoporin NUP57
  • Spoke connector
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / nuclear pore complex (核膜孔) / nucleocytoplasmic transport / nucleoporin (ヌクレオポリン) / membrane protein (膜タンパク質) / translocase (輸送酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / : / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel ...response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / : / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore complex assembly / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / nuclear localization sequence binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / regulation of mitotic nuclear division / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / ribosomal small subunit export from nucleus / heterochromatin formation / 核膜孔 / nuclear periphery / molecular condensate scaffold activity / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / single-stranded DNA binding / 核膜 / amyloid fibril formation / 細胞周期 / 細胞分裂 / chromatin binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nucleoporin, NUP53 / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III ...RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nucleoporin, NUP53 / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin Nup188 / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NSP1 / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP170 / Nucleoporin NUP157 / Nucleoporin NUP192 / Nucleoporin NUP57 / Nucleoporin NUP188 / Nucleoporin NUP49/NSP49 / Nucleoporin NUP53 / Nucleoporin ASM4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Akey, C.W. / Echeverria, I. / Ouch, C. / Fernandez-Martinez, J. / Rout, M.P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM45377 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM112108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM117212 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Implications of a multiscale structure of the yeast nuclear pore complex.
著者: Christopher W Akey / Ignacia Echeverria / Christna Ouch / Ilona Nudelman / Yi Shi / Junjie Wang / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Michael P Rout /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from ...Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from cryogenic electron microscopy and AlphaFold2 models. Key features of the inner and outer rings were integrated into a comprehensive model. We resolved flexible connectors that tie together the core scaffold, along with equatorial transmembrane complexes and a lumenal ring that anchor this channel within the pore membrane. The organization of the nuclear double outer ring reveals an architecture that may be shared with ancestral NPCs. Additional connections between the core scaffold and the central transporter suggest that under certain conditions, a degree of local organization is present at the periphery of the transport machinery. These connectors may couple conformational changes in the scaffold to the central transporter to modulate transport. Collectively, this analysis provides insights into assembly, transport, and NPC evolution.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
7: Spoke connector
3: Spoke connector
8: Spoke connector
4: Spoke connector
a: Spoke connector
b: Spoke connector
k: Spoke connector
c: Spoke connector
m: Spoke connector
d: Spoke connector
e: Spoke connector
f: Spoke connector
g: Spoke connector
l: Spoke connector
h: Spoke connector
n: Spoke connector
j: Spoke connector
i: Spoke connector
Y: Nucleoporin NUP170
Z: Nucleoporin NUP157
A: Nucleoporin NSP1
B: Nucleoporin NUP57
C: Nucleoporin NUP49/NSP49
D: Nucleoporin NSP1
E: Nucleoporin NUP57
F: Nucleoporin NUP49/NSP49
M: Nucleoporin NUP192
N: Nucleoporin NUP188
Q: Nucleoporin NIC96
R: Nucleoporin NIC96
U: Nucleoporin NUP53
V: Nucleoporin 59
0: Nucleoporin NUP170
1: Nucleoporin NUP157
G: Nucleoporin NSP1
H: Nucleoporin NUP57
I: Nucleoporin NUP49/NSP49
J: Nucleoporin NSP1
K: Nucleoporin NUP57
L: Nucleoporin NUP49/NSP49
O: Nucleoporin NUP192
P: Nucleoporin NUP188
S: Nucleoporin NIC96
T: Nucleoporin NIC96
W: Nucleoporin NUP53
X: Nucleoporin 59


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,852,49246
ポリマ－2,852,49246
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 18分子 7384abkcmdefglhnji

#1: タンパク質・ペプチド
Spoke connector


分子量: 3166.895 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303

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タンパク質 , 10種, 28分子 Y0Z1ADGJBEHKCFILMONPQRSTUWVX

#2: タンパク質 Nucleoporin NUP170 / Nuclear pore protein NUP170


分子量: 169651.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11 / 参照: UniProt: P38181
#3: タンパク質 Nucleoporin NUP157 / Nuclear pore protein NUP157


分子量: 156827.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 株: 15 trp1-1 leu2-3 / 参照: UniProt: P40064
#4: タンパク質
Nucleoporin NSP1 / Nuclear pore protein NSP1 / Nucleoskeletal-like protein / p110


分子量: 86611.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 株: 112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5 / 参照: UniProt: P14907
#5: タンパク質
Nucleoporin NUP57 / Nuclear pore protein NUP57


分子量: 57547.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: P48837
#6: タンパク質
Nucleoporin NUP49/NSP49 / Nuclear pore protein NUP49/NSP49


分子量: 49174.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: Q02199
#7: タンパク質 Nucleoporin NUP192 / Nuclear pore protein NUP192


分子量: 191718.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: P47054
#8: タンパク質 Nucleoporin NUP188 / Nuclear pore protein NUP188


分子量: 188753.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: P52593
#9: タンパク質
Nucleoporin NIC96 / 96 kDa nucleoporin-interacting component / Nuclear pore protein NIC96


分子量: 96291.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: P34077
#10: タンパク質 Nucleoporin NUP53 / Nuclear pore protein NUP53


分子量: 52688.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: Q03790
#11: タンパク質 Nucleoporin 59 / ヌクレオポリン / Nuclear pore protein NUP59


分子量: 58853.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: W303 / 参照: UniProt: Q05166

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nuclear Pore Complex核膜孔 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Protein A tagged Mlp1 pullout of NPC / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 18 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11,15 trp1-1 leu2-3,112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5
細胞内の位置: nuclear envelope / Organelle: nucleus
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: One step affinity purified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Preliminary grid screening done manually with individual images of low magnification montages of candidate meshes.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 37651 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 / 詳細: 3218 images retained after triage
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1GautomatchGautomatch_v0.56_sm61_cu7.5粒子像選択low resolution model used for picking
2SerialEM画像取得
4GctfGctf-v0.1.06_sm_20_cu7.5_x86_64CTF補正initial CTF estimate per micrograph
5RELION3.0.7CTF補正per particle CTF estimate
8UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
10MDFFモデル精密化
11Coot0.8.9.2モデル精密化
12RELION3.0.7初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当non-uniform refinement
14RELION3.0.7分類
15cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction applied in RELION during the alignment and reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 26049
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208392 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Multibody extracted spoke image stack processed in CryoSPARC
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Rigid body docking of 3D map of Nucleoporins in the spoke complex with Chimera followed by flexible fitting and rebuilding in Coot.
原子モデル構築詳細: none / Source name: Other / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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