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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8szc | ||||||
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タイトル | Heterodimeric ABC transporter BmrCD in the inward-facing conformation bound to substrate and ATP: BmrCD_IF-1HT/ATP | ||||||
![]() | (Probable multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein ...) x 2 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, Q. / Mchaourab, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Asymmetric conformations and lipid interactions shape the ATP-coupled cycle of a heterodimeric ABC transporter. 著者: Qingyu Tang / Matt Sinclair / Hale S Hasdemir / Richard A Stein / Erkan Karakas / Emad Tajkhorshid / Hassane S Mchaourab / ![]() 要旨: Here we used cryo-electron microscopy (cryo-EM), double electron-electron resonance spectroscopy (DEER), and molecular dynamics (MD) simulations, to capture and characterize ATP- and substrate-bound ...Here we used cryo-electron microscopy (cryo-EM), double electron-electron resonance spectroscopy (DEER), and molecular dynamics (MD) simulations, to capture and characterize ATP- and substrate-bound inward-facing (IF) and occluded (OC) conformational states of the heterodimeric ATP binding cassette (ABC) multidrug exporter BmrCD in lipid nanodiscs. Supported by DEER analysis, the structures reveal that ATP-powered isomerization entails changes in the relative symmetry of the BmrC and BmrD subunits that propagates from the transmembrane domain to the nucleotide binding domain. The structures uncover asymmetric substrate and Mg binding which we hypothesize are required for triggering ATP hydrolysis preferentially in one of the nucleotide-binding sites. MD simulations demonstrate that multiple lipid molecules differentially bind the IF versus the OC conformation thus establishing that lipid interactions modulate BmrCD energy landscape. Our findings are framed in a model that highlights the role of asymmetric conformations in the ATP-coupled transport with general implications to the mechanism of ABC transporters. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 514.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 428.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40908MC ![]() 8fhkC ![]() 8fmvC ![]() 8fpfC ![]() 8t1pC ![]() 8t3kC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Probable multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein ... , 2種, 2分子 DC
#1: タンパク質 | 分子量: 77369.898 Da / 分子数: 1 / 変異: C154A,C256A,C351A,E592Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: yheH, BSU09720 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O07549, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
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#2: タンパク質 | 分子量: 67602.961 Da / 分子数: 1 / 変異: D500Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: yheI, BSU09710 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O07550, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
-非ポリマー , 4種, 25分子 ![](data/chem/img/POV.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HT1.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HT1.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-POV / ( ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-HT1 / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Heterodimeric BmrCD with ligands ATP and lipids / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107639 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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