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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8spo | ||||||
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タイトル | Tetramerized activation of MapSPARTA bound with NAD+ | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shen, Z.F. / Yang, X.Y. / Fu, T.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Oligomerization-mediated activation of a short prokaryotic Argonaute. 著者: Zhangfei Shen / Xiao-Yuan Yang / Shiyu Xia / Wei Huang / Derek J Taylor / Kotaro Nakanishi / Tian-Min Fu / ![]() 要旨: Although eukaryotic and long prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) cleave nucleic acids, some short pAgos lack nuclease activity and hydrolyse NAD(P) to induce bacterial cell death. Here we present ...Although eukaryotic and long prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) cleave nucleic acids, some short pAgos lack nuclease activity and hydrolyse NAD(P) to induce bacterial cell death. Here we present a hierarchical activation pathway for SPARTA, a short pAgo consisting of an Argonaute (Ago) protein and TIR-APAZ, an associated protein. SPARTA progresses through distinct oligomeric forms, including a monomeric apo state, a monomeric RNA-DNA-bound state, two dimeric RNA-DNA-bound states and a tetrameric RNA-DNA-bound active state. These snapshots together identify oligomerization as a mechanistic principle of SPARTA activation. The RNA-DNA-binding channel of apo inactive SPARTA is occupied by an auto-inhibitory motif in TIR-APAZ. After the binding of RNA-DNA, SPARTA transitions from a monomer to a symmetric dimer and then an asymmetric dimer, in which two TIR domains interact through charge and shape complementarity. Next, two dimers assemble into a tetramer with a central TIR cluster responsible for hydrolysing NAD(P). In addition, we observe unique features of interactions between SPARTA and RNA-DNA, including competition between the DNA 3' end and the auto-inhibitory motif, interactions between the RNA G2 nucleotide and Ago, and splaying of the RNA-DNA duplex by two loops exclusive to short pAgos. Together, our findings provide a mechanistic basis for the activation of short pAgos, a large section of the Ago superfamily. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 785.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 628.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40680MC ![]() 8fexC ![]() 8ffiC ![]() 8sp0C ![]() 8sp3C ![]() 8squC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 AEIMBFLN
#1: タンパク質 | 分子量: 53139.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LX92_01810 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 58091.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LX92_01809 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 8分子 CGJODHKP
#3: RNA鎖 | ![]() 分子量: 6651.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #4: DNA鎖 | 分子量: 7675.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Activated MapSPARTA bound with NAD / タイプ: COMPLEX 詳細: Upon guide RNA-mediated target ssDNA binding, tetramerized MapSPARTA bound with NAD Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: NONE |
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3次元再構成![]() | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 847718 / 対称性のタイプ: POINT |