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万見
- PDB-8owd: Lipidic amyloid-beta(1-40) fibril - polymorph L3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8owd
タイトルLipidic amyloid-beta(1-40) fibril - polymorph L3
要素Amyloid-beta A4 protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-beta (アミロイドβ) / fibril (フィブリル) / lipids (脂質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi-associated vesicle / クラスリン / heparin binding / 成長円錐 / perikaryon / エンドソーム / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular region / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular ...Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta A4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Frieg, B. / Han, M. / Giller, K. / Dienemann, C. / Riedel, D. / Becker, S. / Andreas, L.B. / Griesinger, C. / Schroeder, G.F.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Helmholtz Association ドイツ
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of lipidic fibrils of amyloid-β (1-40).
著者: Benedikt Frieg / Mookyoung Han / Karin Giller / Christian Dienemann / Dietmar Riedel / Stefan Becker / Loren B Andreas / Christian Griesinger / Gunnar F Schröder /
要旨: Alzheimer's disease (AD) is a progressive and incurable neurodegenerative disease characterized by the extracellular deposition of amyloid plaques. Investigation into the composition of these plaques ...Alzheimer's disease (AD) is a progressive and incurable neurodegenerative disease characterized by the extracellular deposition of amyloid plaques. Investigation into the composition of these plaques revealed a high amount of amyloid-β (Aβ) fibrils and a high concentration of lipids, suggesting that fibril-lipid interactions may also be relevant for the pathogenesis of AD. Therefore, we grew Aβ40 fibrils in the presence of lipid vesicles and determined their structure by cryo-electron microscopy (cryo-EM) to high resolution. The fold of the major polymorph is similar to the structure of brain-seeded fibrils reported previously. The majority of the lipids are bound to the fibrils, as we show by cryo-EM and NMR spectroscopy. This apparent lipid extraction from vesicles observed here in vitro provides structural insights into potentially disease-relevant fibril-lipid interactions.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-beta A4 protein
B: Amyloid-beta A4 protein
C: Amyloid-beta A4 protein
D: Amyloid-beta A4 protein
E: Amyloid-beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6795
ポリマ－21,6795
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 1 - 40 / Label seq-ID: 1 - 40

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC
d_4DD
d_5EE

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999395195468, 0.0347727367614, -0.000316311176061), (-0.0347724698403, 0.999394923742, 0.000813474096587), (0.000344406504301, -0.000801983182937, 0.999999619103)-4.43315440937, 4.54804817059, 4.72937597812
2given(0.997552266568, 0.0698435707074, 0.00336913872974), (-0.0698453856712, 0.997557738867, 0.000423941072078), (-0.00333130085492, -0.0006582221713, 0.999994234572)-9.30525676379, 9.43606277169, 9.84864257896
3given(0.99427437743, 0.106854596125, 0.000746775172275), (-0.106854603868, 0.994274656598, -2.96358375595E-5), (-0.000745666353423, -5.03302112729E-5, 0.999999720724)-13.3944276985, 14.7579158349, 14.0802535201
4given(0.989528808494, 0.144326716062, 0.00159254221805), (-0.144326719456, 0.989530083015, -0.000113396645659), (-0.00159223459871, -0.000117637146261, 0.999998725474)-17.7808883426, 20.3332043822, 18.8690451537

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Amyloid-beta A4 protein


分子量: 4335.852 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DM00

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: The L3 amyloid-beta(1-40) fibril in complex with lipids
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -2.07 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.67 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51100 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 82.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0121555
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.4382085
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1179220
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0047275
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.0814530
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000920806964385
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000761613002203
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706263575524
ens_1d_5AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000861350590484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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